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- PDB-474d: A NOVEL END-TO-END BINDING OF TWO NETROPSINS TO THE DNA DECAMER D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 474d
タイトルA NOVEL END-TO-END BINDING OF TWO NETROPSINS TO THE DNA DECAMER D(CCCCCIIIII)2
要素DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
キーワードDNA / B-DNA/RNA / DOUBLE HELIX / DOUBLE DRUG IN MINOR GROOVE / COMPLEXED WITH DRUG / MODIFIED / MISMATCHED
機能・相同性NETROPSIN / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chen, X. / Rao, S.T. / Sekar, K. / Sundaralingam, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1998
タイトル: A novel end-to-end binding of two netropsins to the DNA decamers d(CCCCCIIIII)2, d(CCCBr5CCIIIII)2and d(CBr5CCCCIIIII)2.
著者: Chen, X. / Mitra, S.N. / Rao, S.T. / Sekar, K. / Sundaralingam, M.
履歴
登録1998年1月14日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9258
ポリマ－12,2034
非ポリマー1,7224
水68538
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9634
ポリマ－6,1022
非ポリマー8612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9634
ポリマ－6,1022
非ポリマー8612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.660, 32.770, 37.710
Angle α, β, γ (deg.)86.01, 84.37, 68.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*CP*(CBR)P*CP*IP*IP*IP*IP*I)-3')


分子量: 3050.807 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NT / NETROPSIN / ネトロプシン


分子量: 430.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26N10O3 / コメント: 抗生剤, 抗ウイルス剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NETROPSIN11
3NA CACODYLATE11
4[CO(NH3)6]CL311
5WATER12
6NETROPSIN12
7NA CACODYLATE12
8[CO(NH3)6]CL312
9MPD12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.3 mMoligonucleotide1drop
20.3 mMnetropsin1drop
30.4 mMsodium cacodylate1drop
40.06 mMcobaltic hexamine chloride1drop
560 %MPD1reservoir
61
71
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 8747 / % possible obs: 73 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.045
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 4284 / % possible obs: 73 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 2.04 % / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MSCデータ削減
MSCデータスケーリング
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 193 5 %
Rwork0.19 --
obs-3883 73 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 788 128 38 954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 8 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.199 / Rfactor Rfree: 0.292 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg18.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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