+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 461d | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A "HYDRAT-ION SPINE" IN A B-DNA MINOR GROOVE | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DODECAMER DUPLEX / TYPE 2 RB+ FORM CRYSTAL | 機能・相同性 | RUBIDIUM ION / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() Tereshko, V. / Minasov, G. / Egli, M. | ![]() ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999 | タイトル: A "Hydrat-Ion Spine" in a B-DNA minor groove 著者: Tereshko, V. / Minasov, G. / Egli, M. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 31.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 372 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
---|
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3681.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-RB / | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: SITTING DROPLETS CONTAINING 1.2 MM OLIGONUCLEOTIDE, 20 MM RB CACODYLATE PH 6.9, 6.2 MM MAGNESIUM ACETATE, 3.2 MM SPERMINE TETRACHLORIDE AGAINST RESERVOIR OF 40% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING ...詳細: SITTING DROPLETS CONTAINING 1.2 MM OLIGONUCLEOTIDE, 20 MM RB CACODYLATE PH 6.9, 6.2 MM MAGNESIUM ACETATE, 3.2 MM SPERMINE TETRACHLORIDE AGAINST RESERVOIR OF 40% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月17日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 10813 / Num. obs: 10813 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.094 / % possible all: 96.1 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.1 % |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 0
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |