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万見
- PDB-446d: STRUCTURE OF THE OLIGONUCLEOTIDE D(CGTATATACG) AS A SITE SPECIFIC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 446d
タイトルSTRUCTURE OF THE OLIGONUCLEOTIDE D(CGTATATACG) AS A SITE SPECIFIC COMPLEX WITH NICKEL IONS
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / TRIPLE HELIX / NICKEL BINDING
機能・相同性NICKEL (II) ION / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Abrescia, N.G.A. / Malinina, L. / Gonzaga, L.F. / Huynh-Dinh, T. / Neidle, S. / Subirana, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1999
タイトル: Structure of the oligonucleotide d(CGTATATACG) as a site-specific complex with nickel ions.
著者: Abrescia, N.G. / Malinina, L. / Fernandez, L.G. / Huynh-Dinh, T. / Neidle, S. / Subirana, J.A.
履歴
登録1999年1月15日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,70413
ポリマ－12,1764
非ポリマー5289
水1,09961
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4408
ポリマ－6,0882
非ポリマー3526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2645
ポリマ－6,0882
非ポリマー1763
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.460, 52.460, 101.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3044.017 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 mMDNA duplex1drop
24 %MPD1drop
310 mM1dropNiCl2
48 %MPD1reservoir
525 mMNa cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: FOCUSING MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 3841 / % possible obs: 99.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.405 / % possible all: 69.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 3015 / % possible obs: 94.2 % / Num. measured all: 59339 / Rmerge(I) obs: 0.064

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 3→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 258 -
Rwork0.204 --
obs0.204 2427 82.33 %
all-3015 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 762 9 61 832
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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