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- PDB-43ca: CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 43ca
タイトルCRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY WITH BOUND P-NITROPHENOL
要素
  • PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
  • PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
キーワードIMMUNOGLOBULIN / CATALYTIC ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex / antigen binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-NITROPHENOL / Ig heavy chain V region PJ14 / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Thayer, M.M. / Getzoff, E.D. / Roberts, V.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural basis for amide hydrolysis catalyzed by the 43C9 antibody.
著者: Thayer, M.M. / Olender, E.H. / Arvai, A.S. / Koike, C.K. / Canestrelli, I.L. / Stewart, J.D. / Benkovic, S.J. / Getzoff, E.D. / Roberts, V.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Catalytic antibody model and mutagenesis implicate arginine in transition-state stabilization.
著者: Roberts, V.A. / Stewart, J. / Benkovic, S.J. / Getzoff, E.D.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Site-directed mutagenesis of a catalytic antibody: an arginine and a histidine residue play key roles.
著者: Stewart, J.D. / Roberts, V.A. / Thomas, N.R. / Getzoff, E.D. / Benkovic, S.J.
履歴
登録1999年3月10日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
C: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
D: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
E: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
F: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
G: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,45412
ポリマ－100,8978
非ポリマー5564
水2,972165
1
A: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
B: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3633
ポリマ－25,2242
非ポリマー1391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
D: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3633
ポリマ－25,2242
非ポリマー1391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
F: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3633
ポリマ－25,2242
非ポリマー1391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))
H: PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3633
ポリマ－25,2242
非ポリマー1391
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.250, 110.860, 244.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.04082, 0.99916, -0.00256), (0.99913, 0.04084, 0.00901), (0.0091, -0.00219, -0.99996)-1.06637, 0.81899, 60.60689
2given(-0.13755, -0.85875, 0.49359), (-0.87524, -0.12792, -0.46646), (0.46372, -0.49617, -0.73402)43.66117, 143.29333, 37.76854
3given(-0.88101, -0.15082, -0.44841), (-0.07226, -0.8938, 0.4426), (-0.46754, 0.42234, 0.77655)110.16896, 71.012, 38.68391
4given(-0.04058, 0.99917, -0.00219), (0.99898, 0.04062, 0.01953), (0.0196, -0.0014, -0.99981)-1.00269, 0.51454, 60.11622
5given(-0.133, -0.86795, 0.47852), (-0.8673, -0.13176, -0.48004), (0.4797, -0.47886, -0.73524)44.42468, 143.49197, 35.68245
6given(-0.88177, -0.15436, -0.4457), (-0.07449, -0.8875, 0.45474), (-0.46576, 0.43418, 0.77108)110.11682, 70.72927, 38.28638
7given(-0.03765, 0.99929, -0.00085), (0.99916, 0.03766, 0.01636), (0.01638, -0.00024, -0.99987)-1.23821, 0.65705, 60.28713
8given(-0.13648, -0.86321, 0.48606), (-0.86931, -0.13093, -0.47661), (0.47505, -0.48758, -0.73253)44.12121, 143.41975, 36.32618
9given(-0.88224, -0.14713, -0.44723), (-0.07863, -0.89053, 0.44808), (-0.4642, 0.43048, 0.77409)110.09941, 71.34642, 38.13198

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要素

#1: 抗体
PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (LIGHT CHAIN))


分子量: 12434.939 Da / 分子数: 4 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ERZ9
#2: 抗体
PROTEIN (IMMUNOGLOBULIN (HEAVY CHAIN))


分子量: 12789.393 Da / 分子数: 4 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01820
#3: 化合物
ChemComp-NPO / P-NITROPHENOL


分子量: 139.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細THERE IS ONE P-NITROPHENOL FRAGMENT FOR EACH FV.
配列の詳細THE FV FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT, E. A. KABAT, T. T. WU, H. M. PERRY, K. S. ...THE FV FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT, E. A. KABAT, T. T. WU, H. M. PERRY, K. S. GOTTESMAN, C. FOELLER, SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, FIFTH EDITION, (1991), U.S. DEPARTMENT OF HEALTH AND HUMAN SERVICES, WASHINGTON,

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5, pH 7.00
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
170-80 %1reservoirNaCl
250 mMMOPS1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月1日
放射モノクロメーター: SI111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 52873 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Rsym value: 0.294 / % possible all: 0.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 3 % / Num. measured all: 158471 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Biso Wilson estimate: 53.1 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 2.38 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.3→35 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: THE FLEXIBLE LINKER BETWEEN THE LIGHT AND HEAVY CHAINS WAS NOT OBSERVED IN THE CRYSTAL STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2633 4.09 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs-51960 80.79 %-
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2---6.96 Å20 Å2
3----24.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7066 0 40 165 7271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 82 1.03 %
Rwork0.39 1651 -
obs--21.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAMH19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARHAPTEN.PROTOPHAPTEN.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 35 Å / Rfactor obs: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.437 / Rfactor Rwork: 0.39

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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