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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 43c9 | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY | ||||||
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![]() | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thayer, M.M. / Getzoff, E.D. / Roberts, V.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for amide hydrolysis catalyzed by the 43C9 antibody. 著者: Thayer, M.M. / Olender, E.H. / Arvai, A.S. / Koike, C.K. / Canestrelli, I.L. / Stewart, J.D. / Benkovic, S.J. / Getzoff, E.D. / Roberts, V.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994 タイトル: Catalytic antibody model and mutagenesis implicate arginine in transition-state stabilization. 著者: Roberts, V.A. / Stewart, J. / Benkovic, S.J. / Getzoff, E.D. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994 タイトル: Site-directed mutagenesis of a catalytic antibody: an arginine and a histidine residue play key roles. 著者: Stewart, J.D. / Roberts, V.A. / Thomas, N.R. / Getzoff, E.D. / Benkovic, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 486 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 12434.939 Da / 分子数: 4 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 12846.444 Da / 分子数: 4 / 断片: FV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE FV FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT, E. A. KABAT, T. T. WU, H. M. PERRY, K. S. ...THE FV FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5 | ||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 65372 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 0.564 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 234292 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: WITH THE EXCEPTION OF THE LAST LINKER RESIDUE (RESIDUE 0 IN CHAINS B, D, F, AND H), THE FLEXIBLE LINKER BETWEEN THE LIGHT AND HEAVY CHAINS WAS NOT OBSERVED IN THE CRYSTAL STRUCTURE.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 3.24 % / Rfactor Rwork: 0.21 / Rfactor obs: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 54.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.396 / Rfactor Rwork: 0.354 |