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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 433d | ||||||||||||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A 14 BASE PAIR RNA DUPLEX WITH NONSYMMETRICAL TANDEM G.U WOBBLE BASE PAIRS | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / TANDEM NONSYMMETRICAL G.U WOBBLE BASE PAIR | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Trikha, J. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. | ![]() ![]() タイトル: Crystal structure of a 14 bp RNA duplex with non-symmetrical tandem GxU wobble base pairs. 著者: Trikha, J. / Filman, D.J. / Hogle, J.M. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 385.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 385.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 4479.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 4969 / Num. obs: 4969 / % possible obs: 84.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.028 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.051 / % possible all: 44 |
反射 | *PLUS % possible obs: 85.6 % / Num. measured all: 18099 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 44 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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