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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 431d | ||||||||||||||||||
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タイトル | 5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3' | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / EXTENDED HYDRATION SPINE / TRIPLET FORMATION / ATOMIC RESOLUTION / DOUBLE BACKBONE CONFORMATION | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Vlieghe, D. / Turkenburg, J.P. / Van Meervelt, L. | ![]() ![]() タイトル: B-DNA at atomic resolution reveals extended hydration patterns. 著者: Vlieghe, D. / Turkenburg, J.P. / Van Meervelt, L. #1: ![]() タイトル: Parallel and Antiparallel (G-Gc)2 Triple Helix Fragments in a Crystal Structure 著者: Vlieghe, D. / Van Meervelt, L. / Dautant, A. / Gallois, B. / Precigoux, G. / Kennard, O. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 37.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 377 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.31 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 289. K / pH: 6 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→15 Å / Num. all: 17760 / Num. obs: 17760 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 11.71 / % possible all: 94.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 63114 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: UDJ049 USED AS STARTING MODEL FOR REFINEMENT 解像度: 1.15→10 Å / Num. parameters: 4811 / Num. restraintsaints: 12226 / 交差検証法: NONE StereochEM target val spec case: ALL OTHER CHEMICALLY EQUIVALENT BOND DISTANCES AND ANGLES WERE RESTRAINED TO BE SIMILAR BY SAME DISTANCE RESTRAINTS. 立体化学のターゲット値: DISTANCES AND ANGLES WITHIN THE BASES WERE RESTRAINED TO TARGET VALUES (TAYLOR AND KENNARD). 詳細: SIGMAS USED BOND LENGTHS (TARGET + SIMILAR) 0.03; ANGLE DISTANCES (TARGET + SIMILAR) 0.05; PLANE RESTRAINT FOR BASES 0.02; CHIRAL VOLUME RESTRAINT (A**3) 0.2; ANTI-BUMPING RESTRAINT FOR ...詳細: SIGMAS USED BOND LENGTHS (TARGET + SIMILAR) 0.03; ANGLE DISTANCES (TARGET + SIMILAR) 0.05; PLANE RESTRAINT FOR BASES 0.02; CHIRAL VOLUME RESTRAINT (A**3) 0.2; ANTI-BUMPING RESTRAINT FOR SOLVENT MOLECULES 0.03; ISOR RESTRAINT FOR 28 SOLVENTS 0.1, FOR 15 SOLVENTS AND 21 DNA ATOMS 0.05, FOR 3 SOLVENTS 0.025; RIGID- BOND ADP COMPONENTS 0.010; SIMILAR ADP COMPONENTS 0.062
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER,J.MOL.BIOL.91(1973)201-222. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 527.61 / Occupancy sum non hydrogen: 208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-93 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.015 |