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- PDB-430d: STRUCTURE OF SARCIN/RICIN LOOP FROM RAT 28S RRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 430d
タイトルSTRUCTURE OF SARCIN/RICIN LOOP FROM RAT 28S RRNA
要素SARCIN/RICIN LOOP FROM RAT 28S R-RNA
キーワードRNA / U-RNA / DOUBLE HELIX / HAIRPIN / BLUNT STEM / TETRALOOP MISMATCHED / BASE TRIPLE / RIBONUCLEIC ACID
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / MAD PHASING METHOD / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Correll, C.C. / Munishkin, A. / Chan, Y.L. / Ren, Z. / Wool, I.G. / Steitz, T.A.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the ribosomal RNA domain essential for binding elongation factors.
著者: Correll, C.C. / Munishkin, A. / Chan, Y.L. / Ren, Z. / Wool, I.G. / Steitz, T.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: The Conformation of the Sarcin/Ricin Loop from 28S Ribosomal RNA
著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B. / Chan, Y.L. / Wool, I.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Sarcin/Ricin Loop, a Modular RNA
著者: Szewczak, A.A. / Moore, P.B.
#3: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998
タイトル: Comparison of the Crystal and Solution Structure of Two RNA Oligonucleotides
著者: Rife, J.P. / Stallings, S.C. / Correll, C.C. / Dallas, A. / Steitz, T.A. / Moore, P.B.
履歴
登録1998年10月4日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年5月3日Group: Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SARCIN/RICIN LOOP FROM RAT 28S R-RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,67410
ポリマ－9,4561
非ポリマー2199
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.830, 56.830, 107.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6122

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要素

#1: RNA鎖 SARCIN/RICIN LOOP FROM RAT 28S R-RNA


分子量: 9455.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.17 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
25 mM1dropMgCl2
350 mMMOPS1drop
43.0-3.2 Mammonium sulfate1reservoir
550 mMMOPS1reservoir
620 mM1reservoirMgCl2
71 mMspermine1reservoir
82 mM1reservoirCoCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: SILICON 111 BENDING MIRRO
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 5854 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 59.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.217 / % possible all: 88.8
反射
*PLUS
Num. obs: 6036 / % possible obs: 92.7 % / Num. measured all: 22518

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: MAD PHASING METHOD / 解像度: 2.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 30991867.71 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 646 9.9 %RANDOM
Rwork0.28 ---
obs0.28 6036 92.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 60.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.48 Å23.31 Å20 Å2
2--1.48 Å20 Å2
3----2.97 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 621 10 9 640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d30.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.092 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.593 48 10.4 %
Rwork0.519 414 -
obs--90.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION2MG.PARAMMG.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3BR.PARAMBR.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor obs: 0.28 / Rfactor Rfree: 0.33
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg30.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.36
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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