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万見
- PDB-3zzq: Engineered 12-subunit Bacillus subtilis trp RNA-binding attenuati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zzq
タイトルEngineered 12-subunit Bacillus subtilis trp RNA-binding attenuation protein (TRAP)
要素TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of termination of DNA-templated transcription / negative regulation of translational initiation / DNA-templated transcription termination / RNA binding
類似検索 - 分子機能
TRAP-like / Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Transcription attenuation protein MtrB
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Chen, C. / Smits, C. / Dodson, G.G. / Shevtsov, M.B. / Merlino, N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: How to Change the Oligomeric State of a Circular Protein Assembly: Switch from 11-Subunit to 12-Subunit Trap Suggests a General Mechanism
著者: Chen, C. / Smits, C. / Dodson, G.G. / Shevtsov, M.B. / Merlino, N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,29718
ポリマ－42,8476
非ポリマー2,45112
水5,441302
1
A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
D: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
E: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
F: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,59536
ポリマ－85,69312
非ポリマー4,90124
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area26770 Å2
ΔGint-94.6 kcal/mol
Surface area29770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.348, 146.348, 146.348
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2007-

HOH

21F-2005-

HOH

31F-2006-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB / TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN / TRAP / TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN


分子量: 7141.097 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 7-71 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE LAST FOUR RESIDUES ARE REMOVED IN B.SUBTILIS TRAP. K71STOP CODON
由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P19466
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 51357 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.4 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0058精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QAW

1qaw


解像度: 1.75→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.576 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1904 1030 2 %RANDOM
Rwork0.17272 ---
obs0.17307 51357 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.549 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3012 0 180 302 3494
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0511.9354594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88535467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6595429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71124.539152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43215617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9061514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.203 78 -
Rwork0.192 3760 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9897-0.08330.48170.2372-0.14220.2347-0.0555-0.0948-0.10370.02120.0170.0016-0.0063-0.02020.03850.06180.01670.01690.02540.01060.0694-6.4553-27.5941-55.1534
20.8949-0.69920.5851.092-0.5911.091-0.0746-0.00820.00110.0850.0540.11410.0555-0.07370.02060.0552-0.00070.02660.0289-0.00050.0467-19.4541-20.501-55.1892
30.1361-0.33020.181.3574-0.76960.9669-0.0375-0.00670.01180.10240.03430.1448-0.0415-0.02290.00320.03970.00080.01320.05130.00090.0747-27.1347-8.0244-55.1721
40.16930.0834-0.08642.0383-0.55240.31010.0073-0.02910.02430.0966-0.04930.1106-0.0060.00470.0420.0248-0.01490.01070.0616-0.01490.0568-27.58916.5368-55.2805
50.89860.6239-0.44770.9861-0.45830.85290.0467-0.09830.10160.0027-0.07590.02-0.0188-0.03570.02930.0233-0.0021-0.0020.0569-0.0260.0427-20.545519.4664-55.1714
62.04640.4828-0.82020.351-0.03640.46980.0593-0.08330.15240.0029-0.0281-0.0008-0.01240.0087-0.03120.05710.00150.01060.0304-0.02220.0831-8.063427.1604-55.1703
70.2080.0302-0.02030.44730.02890.10530.0006-0.01030.00890.0089-0.01860.0874-0.008-0.01960.0180.0413-0.00080.0050.0649-0.00610.042-20.78132.2179-59.1739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5E7 - 91
6X-RAY DIFFRACTION6F7 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7A2001 - 2005
8X-RAY DIFFRACTION7A2007
9X-RAY DIFFRACTION7A2009 - 2025
10X-RAY DIFFRACTION7A2027 - 2054
11X-RAY DIFFRACTION7B2001 - 2007
12X-RAY DIFFRACTION7B2009 - 2028
13X-RAY DIFFRACTION7B2029 - 2051
14X-RAY DIFFRACTION7C2001 - 2006
15X-RAY DIFFRACTION7C2009 - 2055
16X-RAY DIFFRACTION7D2001 - 2020
17X-RAY DIFFRACTION7D2022 - 2047
18X-RAY DIFFRACTION7E2001 - 2008
19X-RAY DIFFRACTION7E2010 - 2047
20X-RAY DIFFRACTION7F2001 - 2005
21X-RAY DIFFRACTION7F2007 - 2009
22X-RAY DIFFRACTION7F2011 - 2023
23X-RAY DIFFRACTION7F2025 - 2027
24X-RAY DIFFRACTION7F2029 - 2048

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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