PDB-3zzo: Crystal structure of the CG11501 protein in P212121 spacegroup

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zzo

タイトル

Crystal structure of the CG11501 protein in P212121 spacegroup

要素

CG11501

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNE RESPONSE

機能・相同性

機能・相同性情報

immune system process / cytokine activity / response to bacterium / defense response to virus / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

Coste, F. / Roussel, A.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Diedel, a Marker of the Immune Response of Drosophila Melanogaster.
著者: Coste, F. / Kemp, C. / Bobezeau, V. / Hetru, C. / Kellenberger, C. / Imler, J.-L. / Roussel, A.

履歴

登録	2011年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zzo.cif.gz	53.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zzo.ent.gz	42.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zzo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/3zzo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zzrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hjx-d 2vqh-1 2vqk-d 2vql-1 2ope-4 1n5h-d 4lw9-7 6cjz-d 2vqh-2 4yx2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CG11501

ヘテロ分子

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.916, 44.576, 59.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CG11501 / RH38110P 分子量: 10583.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PMT/V5-HIS A / 細胞株 (発現宿主): S2 発現宿主: DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q9VAK8
#2: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE MUTATION S75P SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE MIGHT BE DUE TO AN ERROR INTO THE SEQUENCE DATABASE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: 50MM NA-ACETATE PH5.5, 200MM NASCN, 18-25% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9834
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月25日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SILICON (1 1 1) CHANNEL- CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9834 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→19 Å / Num. obs: 28072 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 11.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.15→1.21 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.15→18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 0.875 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.032 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15129	1422	5.1 %	RANDOM
R_work	0.12892	-	-	-
obs	0.13006	26611	97.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	711	0	7	144	862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	756
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.018	0.02	521
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.595	1.937	1023
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.325	3	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.869	5	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.081	24.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.353	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.229	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.518	1.5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.644	1.5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.223	2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.202	3	290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.259	4.5	275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.538	3	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	95	-
R_work	0.201	1860	-
obs	-	-	94.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8956	0.4099	-0.0871	0.1298	-0.0367	0.6149	0.0035	-0.0518	-0.0499	-0.0045	-0.0127	-0.017	0.0155	0.0346	0.0092	0.0488	0.0015	-0.0005	0.0633	0.0071	0.0417	15.354	19.632	19.029
2	0.7476	-0.1346	1.0714	0.1662	-0.1194	1.6236	0.0274	-0.0122	-0.041	-0.0101	-0.0046	0.0013	0.0317	-0.0175	-0.0229	0.0474	-0.0005	-0.0005	0.0566	0.0005	0.0391	2.094	16.943	8.38
3	0.7283	-0.1386	0.7828	0.0211	-0.1045	1.2497	-0.0276	0.0619	-0.007	-0.0034	-0.0083	0.0052	-0.0753	0.0645	0.036	0.0521	-0.0053	-0.0025	0.0601	0.0013	0.0348	2.034	23.658	-0.725
4	7.639	12.1698	7.5386	21.4926	11.5596	6.1591	0.3864	0.3859	-0.5587	0.3123	0.2243	-0.4889	0.4746	0.3124	-0.6107	0.1412	-0.0094	-0.077	0.084	-0.0378	0.0559	0.414	12.017	-1.778
5	0.9723	0.2748	0.4616	0.4621	0.4213	0.4149	-0.0006	0.0083	-0.0056	0.0041	0.0092	-0.0134	0.0051	0.009	-0.0085	0.0485	-0.0023	0.0024	0.0575	0.0026	0.0345	7.382	21.811	9.007
6	0.5415	0.0532	-0.032	0.0797	-0.021	0.1763	-0.0033	-0.0452	-0.0159	0.0041	0.0028	0.0076	0.0013	-0.0005	0.0005	0.0471	0.0008	0.0019	0.0603	0.0017	0.0371	21.779	23.774	16.734
7	1.3847	0.31	0.0586	0.0761	-0.0057	0.1916	0.0115	-0.0804	0.0278	-0.0013	-0.0041	0.006	-0.0042	-0.0052	-0.0074	0.0452	0.0014	0.0004	0.0614	-0.0047	0.0384	9.313	26.886	18.014
8	0.4412	-0.2433	0.2099	0.343	-0.0947	0.1458	-0.0049	0.0109	0.0174	-0.0053	-0.0177	-0.009	-0.005	0.0031	0.0226	0.0476	0.0004	-0.0003	0.0569	-0.0003	0.038	0.32	28.872	10.8
9	0.2677	-0.3492	0.3507	0.9584	-0.6245	1.0393	-0.0078	-0.0094	-0.0175	-0.0251	-0.0114	-0.0178	-0.031	-0.0318	0.0192	0.0504	0.0025	0.0022	0.0535	-0.0016	0.0335	-2.684	21.804	6.769
10	2.9223	-2.5642	1.5813	7.2552	-3.084	1.2961	-0.0422	0.067	0.0906	0.0985	-0.06	-0.2278	-0.0389	0.0312	0.1022	0.0463	-0.0017	0.0035	0.051	0.0023	0.0381	8.348	11.045	18.981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	37 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	49 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	54 - 65
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	66 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	85 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	94 - 101
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	102 - 110
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	111 - 117

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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