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- PDB-3zzl: Bacillus halodurans trp RNA-binding attenuation protein (TRAP): a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zzl
タイトルBacillus halodurans trp RNA-binding attenuation protein (TRAP): a 12- subunit assembly
要素TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / PROTEIN ENGINEERING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
TRAP-like / Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Transcription attenuation protein MtrB
類似検索 - 構成要素
生物種BACILLUS HALODURANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Chen, C. / Smits, C. / Dodson, G.G. / Shevtsov, M.B. / Merlino, N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: How to Change the Oligomeric State of a Circular Protein Assembly: Switch from 11-Subunit to 12-Subunit Trap Suggests a General Mechanism
著者: Chen, C. / Smits, C. / Dodson, G.G. / Shevtsov, M.B. / Merlino, N. / Gollnick, P. / Antson, A.A.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8509
ポリマ－23,6253
非ポリマー1,2256
水4,143230
1
A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子

A: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
B: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
C: TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,40036
ポリマ－94,49812
非ポリマー4,90124
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area29060 Å2
ΔGint-85.6 kcal/mol
Surface area32510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.857, 109.857, 45.657
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTION ATTENUATION PROTEIN MTRB / TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN / TRAP / TRYPTOPHAN RNA-BINDING ATTENUATOR PROTEIN


分子量: 7874.849 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: POLYPEPTIDE INCLUDING RESIDUE 7-76
由来: (組換発現) BACILLUS HALODURANS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KCC6
#2: 化合物
ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→30 Å / Num. obs: 31492 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.67→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 4.232 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21536 1038 3.2 %RANDOM
Rwork0.17942 ---
obs0.18051 31492 98.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.46 Å20 Å20 Å2
2---1.46 Å20 Å2
3---2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1659 0 90 230 1979
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221892
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.9142564
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.68433155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.535238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07823.87898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.38315348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0971512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7811.51110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1831.5457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4222.51805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4744782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9368743
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.714 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 63 -
Rwork0.274 2045 -
obs--88.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5380.7263-0.12373.9158-1.01791.4893-0.03340.23430.0549-0.49170.06570.40310.1311-0.0562-0.03220.09450.0108-0.06870.06420.01150.068127.35669.081515.9842
21.33660.05270.25953.5167-0.70591.5333-0.03260.2001-0.0328-0.46070.02610.28170.0225-0.07930.00660.0823-0.0128-0.05560.0612-0.01090.049626.3323-5.92715.9787
32.0244-0.64850.70791.9147-0.38120.92810.02580.2561-0.177-0.25080.00330.04360.03420.0852-0.02910.07-0.0332-0.01190.0721-0.02310.024733.218-19.394915.9358
40.60650.015-0.03732.1316-0.08920.5317-0.00170.09270.0075-0.0707-0.0020.24140.0027-0.08480.00370.1525-0.002-0.02310.1977-0.00120.18328.4194-7.772119.406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4A2001 - 2082
5X-RAY DIFFRACTION4B2001 - 2090
6X-RAY DIFFRACTION4C2001 - 2058

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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