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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zzg
タイトルCrystal structure of the amino acid kinase domain from Saccharomyces cerevisiae acetylglutamate kinase without ligands
要素ACETYLGLUTAMATE KINASE
キーワードTRANSFERASE / ARGININE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Urea cycle / ornithine biosynthetic process / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / mitochondrial matrix ...Urea cycle / ornithine biosynthetic process / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / mitochondrial matrix / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bifunctional acetylglutamate kinase/N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-Acetyl-L-glutamate kinase, fungal-type / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain / NAT, N-acetyltransferase, of N-acetylglutamate synthase / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Acetylglutamate kinase family ...Bifunctional acetylglutamate kinase/N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase / N-Acetyl-L-glutamate kinase, fungal-type / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain / NAT, N-acetyltransferase, of N-acetylglutamate synthase / Vertebrate-like NAGS Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, type 1 / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase, active site / Semialdehyde dehydrogenase, dimerisation domain / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase active site. / Acetylglutamate kinase family / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Semialdehyde dehydrogenase, NAD-binding / Semialdehyde dehydrogenase, NAD binding domain / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Amino acid kinase family / NAD(P)-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ARG5,6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者de Cima, S. / Gil-Ortiz, F. / Crabeel, M. / Fita, I. / Rubio, V.
引用ジャーナル: Plos One / : 2012
タイトル: Insight on an Arginine Synthesis Metabolon from the Tetrameric Structure of Yeast Acetylglutamate Kinase
著者: De Cima, S. / Gil-Ortiz, F. / Crabeel, M. / Fita, I. / Rubio, V.
履歴
登録2011年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLGLUTAMATE KINASE
B: ACETYLGLUTAMATE KINASE
C: ACETYLGLUTAMATE KINASE
D: ACETYLGLUTAMATE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,0604
ポリマ-136,0604
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-31.8 kcal/mol
Surface area48020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.086, 100.531, 188.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13A
23C
14B
24D
15A
25C
16B
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A58 - 98
2113C58 - 98
1123B58 - 92
2123D58 - 92
1133A99 - 272
2133C99 - 272
1143B99 - 272
2143D99 - 272
1153A273 - 360
2153C273 - 360
1163B273 - 360
2163D273 - 360

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.3757, -0.06453, 0.9245), (-0.007006, -0.9973, -0.07246), (0.9267, -0.0337, 0.3743)-18.32, 44.08, 14.01
2given(0.5614, -0.02194, -0.8272), (-0.01461, -0.9998, 0.0166), (-0.8274, 0.002763, -0.5616)54.53, 38.52, 101.6
3given(-0.9762, 0.05225, -0.2103), (0.04651, 0.9984, 0.03212), (0.2116, 0.02157, -0.9771)52.96, -1.424, 100.8

-
要素

#1: タンパク質
ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / NAG KINASE / AGK / PROTEIN ...N-ACETYLGLUTAMATE KINASE / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 5-PHOSPHOTRANSFERASE / NAG KINASE / AGK / PROTEIN ARG5\ / 6\ / MITOCHONDRIAL


分子量: 34015.039 Da / 分子数: 4 / 断片: AMINO ACID KINASE DOMAIN, RESIDUES 58-356 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
: SIGMA 1278B / プラスミド: PYK6-AAK / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q01217, acetylglutamate kinase

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 50 MM NA-ACETATE, PH 4.6, 0.2 M NA-MALONATE AND 2% PEG 8000,, CONTAINING 24MM N-ACETYLGLUTAMATE (NAG); PREVIOUS TO FREEZING, CRYSTAL WAS WASHED 6 HOURS IN ...詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 50 MM NA-ACETATE, PH 4.6, 0.2 M NA-MALONATE AND 2% PEG 8000,, CONTAINING 24MM N-ACETYLGLUTAMATE (NAG); PREVIOUS TO FREEZING, CRYSTAL WAS WASHED 6 HOURS IN CRYSTALLIZATION BUFFER WITHOUT NAG. 25% GLYCEROL WAS USED AS CRYOPROTECTOR

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→20 Å / Num. obs: 28023 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 79.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZZF
解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 40.766 / SU ML: 0.345 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.429 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24521 1398 5 %RANDOM
Rwork0.21189 ---
obs0.21357 26458 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.447 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.3 Å20 Å20 Å2
2---4.04 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8978 0 0 0 8978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0229106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0781.97912308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.821315102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74951156
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X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.961548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
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X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5854.53051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A220tight positional0.020.05
12C220tight positional0.020.05
21B178tight positional0.030.05
22D178tight positional0.030.05
31A1023tight positional0.030.05
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41B1023tight positional0.020.05
42D1023tight positional0.020.05
51A471tight positional0.020.05
52C471tight positional0.020.05
61B465tight positional0.020.05
62D465tight positional0.020.05
11A285loose positional0.025
12C285loose positional0.025
21B240loose positional0.035
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41B1182loose positional0.025
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51A599loose positional0.025
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61B598loose positional0.055
62D598loose positional0.055
11A220tight thermal0.040.5
12C220tight thermal0.040.5
21B178tight thermal0.050.5
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61B465tight thermal0.030.5
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11A285loose thermal0.0410
12C285loose thermal0.0410
21B240loose thermal0.0510
22D240loose thermal0.0510
31A1194loose thermal0.0410
32C1194loose thermal0.0410
41B1182loose thermal0.0510
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61B598loose thermal0.0310
62D598loose thermal0.0310
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 105 -
Rwork0.296 1873 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9376-1.8746-0.436614.8117-0.756414.37110.01950.8233-0.8455-0.51040.3414-0.19430.37350.2054-0.3610.2112-0.0757-0.08540.3515-0.17870.412219.315-2.16147.191
210.1067-4.3053-2.29813.3742-0.11047.2515-0.28240.34130.01620.00810.63510.35540.253-0.6072-0.35270.2144-0.0164-0.1220.2566-0.02850.120214.61340.13751.096
311.4031.365.28145.7497-1.90547.5494-0.2917-0.4760.19670.4210.2259-0.2336-0.23020.50970.06580.32180.0636-0.14090.2916-0.16720.243325.76541.29159.023
49.17280.38520.56519.5957-2.30667.7999-0.0467-0.9921-0.55730.39890.36580.3836-0.0103-0.6345-0.31910.28650.0379-0.03080.51070.00120.474119.66-1.17861.007
52.39420.03510.65754.4257-0.49742.4863-0.45120.4243-0.352-0.77930.47330.31750.277-0.2728-0.02210.5291-0.4087-0.06660.4563-0.10310.29771.2269.86829.917
62.52720.74290.8853.40520.22183.6884-0.32580.42760.1924-0.72330.4270.12840.0926-0.2888-0.10120.456-0.2658-0.11150.41560.07480.28037.74232.35726.463
70.90030.40890.88093.32940.15175.6928-0.1141-0.31180.19860.7510.18790.2919-0.058-0.0098-0.07380.52850.2485-0.0590.4107-0.16580.316529.8129.56583.84
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917.6158-0.0237-10.79926.17150.247526.4539-0.43291.3317-1.7646-1.18250.74850.19060.9792-0.7382-0.31560.493-0.2982-0.06540.2923-0.21630.5276-2.62-15.17627.01
1022.41021.49373.38444.3316-2.817919.2694-0.54991.88442.7334-0.58070.69731.138-1.0652-0.6619-0.14740.3955-0.1458-0.37370.27750.44730.97316.78257.49723.541
1132.08887.97095.67640.89794.48239.29210.6836-3.5193.8001-0.2594-0.8551.1449-4.7532-0.96710.17141.09340.12990.02760.5955-0.9921.499730.44254.68388.293
129.4746-3.8073-2.49287.1727-6.039522.2266-0.4009-1.4754-1.59950.4620.15920.23610.80221.50860.24170.69910.30510.19960.37550.29040.580738.085-18.2183.662
135.03633.4673.424810.43115.087120.7494-0.3580.4816-1.0284-1.12850.9963-0.5231-0.15070.8346-0.63840.5682-0.31350.06890.2526-0.23640.54326.602-7.23929.788
1416.17230.77025.9699.44150.84477.221-0.22360.0071.0832-0.52080.19921.4728-0.6144-0.58040.02450.3491-0.0951-0.1170.19580.13340.52365.86748.91432.716
1520.66916.902613.56647.62198.704118.9268-0.26290.18880.88070.03540.375-0.2252-1.05170.46-0.11210.59770.0935-0.16960.118-0.210.411933.17546.56479.214
166.92561.4293-2.89644.6598-2.244219.4345-0.3907-0.4069-1.1370.63620.33870.19020.87820.02070.05190.60910.240.15260.13150.19520.560129.943-9.63878.737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A62 - 98
2X-RAY DIFFRACTION2B63 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3C62 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4D63 - 98
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8X-RAY DIFFRACTION8D99 - 272
9X-RAY DIFFRACTION9A273 - 303
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14X-RAY DIFFRACTION14B304 - 353
15X-RAY DIFFRACTION15C304 - 353
16X-RAY DIFFRACTION16D304 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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