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万見
- PDB-3zyw: Crystal structure of the first glutaredoxin domain of human gluta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zyw
タイトルCrystal structure of the first glutaredoxin domain of human glutaredoxin 3 (GLRX3)
要素GLUTAREDOXIN-3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of the force of heart contraction / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / cell redox homeostasis / protein kinase C binding / Iron uptake and transport / Z disc ...negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of the force of heart contraction / iron-sulfur cluster assembly complex / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / iron-sulfur cluster binding / cell redox homeostasis / protein kinase C binding / Iron uptake and transport / Z disc / cell cortex / intracellular iron ion homeostasis / dendrite / RNA binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Monothiol glutaredoxin-related / Glutaredoxin, PICOT-like / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Vollmar, M. / Johansson, C. / Cocking, R. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Vollmar, M. / Johansson, C. / Cocking, R. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the First Glutaredoxin Domain of Human Glutaredoxin 3 (Glrx3)
著者: Vollmar, M. / Johansson, C. / Cocking, R. / Krojer, T. / Muniz, J.R.C. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Oppermann, U.
履歴
登録2011年8月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAREDOXIN-3
B: GLUTAREDOXIN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7967
ポリマ－25,4852
非ポリマー3105
水7,386410
1
A: GLUTAREDOXIN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8673
ポリマ－12,7431
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLUTAREDOXIN-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9294
ポリマ－12,7431
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.524, 87.052, 90.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 GLUTAREDOXIN-3 / PKC-INTERACTING COUSIN OF THIOREDOXIN / PICOT / PKC-THETA-INTERACTING PROTEIN / PKCQ-INTERACTING ...PKC-INTERACTING COUSIN OF THIOREDOXIN / PICOT / PKC-THETA-INTERACTING PROTEIN / PKCQ-INTERACTING PROTEIN / THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 2


分子量: 12742.636 Da / 分子数: 2 / 断片: GLUTAREDOXIN DOMAIN, RESIDUES 130-232 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-CTHF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: O76003
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細STARTING MET0 IN CHAIN B AS WELL AS TERMINAL RESIDUES ALA233 GLU234 ASN235 LEU236 TYR237 PHE238 ...STARTING MET0 IN CHAIN B AS WELL AS TERMINAL RESIDUES ALA233 GLU234 ASN235 LEU236 TYR237 PHE238 GLN239 ARE DUE TO CONSTRUCT DESIGN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M BIS-TRIS PH 5.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→19.62 Å / Num. obs: 23870 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.84→1.94 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YAN

2yan


解像度: 1.84→18.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 3.773 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24974 1215 5.1 %RANDOM
Rwork0.19975 ---
obs0.20241 22530 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.264 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20 Å2
2--2.62 Å20 Å2
3----0.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→18.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 0 20 410 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221872
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.9852529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87233253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5875237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.79725.45588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51215350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.93156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.843→1.89 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 52 -
Rwork0.314 1205 -
obs--75.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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