PDB-3zxp: Structural and Functional Analyses of the Bro1 Domain Protein BROX

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zxp

タイトル

Structural and Functional Analyses of the Bro1 Domain Protein BROX

要素

BRO1 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN BROX

キーワード

PROTEIN TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

mitotic nuclear membrane reassembly / nuclear envelope / nuclear membrane / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.495 Å

データ登録者

Zhai, Q. / Landesman, M.B. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structure of the Bro1 Domain Protein Brox and Functional Analyses of the Alix Bro1 Domain in HIV-1 Budding.
著者: Zhai, Q. / Landesman, M.B. / Robinson, H. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.

履歴

登録	2011年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zxp.cif.gz	462.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zxp.ent.gz	387.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxp	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1cun-d 6cmv-d 4una-d 4un9-d 4unb-d 4zpp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BRO1 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN BROX

B: BRO1 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN BROX

C: BRO1 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN BROX

138 kDa, 3 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	228.064, 67.164, 103.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	BRO1 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN BROX / BRO1 DOMAIN- AND CAAX MOTIF-CONTAINING PROTEIN / BROX 分子量: 46074.441 Da / 分子数: 3 / 断片: BRO1, RESIDUES 1-401 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q5VW32
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

BRO1 DOMAIN-CONTAINING PROTEIN BROX / BRO1 DOMAIN- AND CAAX MOTIF-CONTAINING PROTEIN / BROX

分子量: 46074.441 Da / 分子数: 3 / 断片: BRO1, RESIDUES 1-401 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET151/D-TOPO / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: Q5VW32

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.6 / 詳細: 22% PEG 1500, 0.1M MMT 6.6

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.54178
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月14日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 54427 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 51.46 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
PHENIX	位相決定
REFMAC	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.495→27.374 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.48 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: RESIDUES 379-389 ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2474	2710	5.1 %
R_work	0.2014	-	-
obs	0.2037	53119	97.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.585 Å² / k_sol: 0.345 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0127 Å²	0 Å²	-4.8156 Å²
2-	-	2.2112 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8213 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.495→27.374 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9269	0	0	30	9299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9499
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	12861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.165	3525
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	1397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1648

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4951-2.5405	0.4195	130	0.3256	2333	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5405-2.5893	0.3873	131	0.3021	2638	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5893-2.6421	0.304	142	0.27	2619	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6421-2.6995	0.3176	154	0.2751	2650	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6995-2.7623	0.3207	157	0.258	2581	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7623-2.8313	0.3383	135	0.2502	2645	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8313-2.9077	0.2713	158	0.2469	2628	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9077-2.9932	0.3084	127	0.2359	2643	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9932-3.0897	0.3276	143	0.2451	2675	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0897-3.2	0.333	140	0.2388	2657	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2-3.3279	0.2444	158	0.2329	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3279-3.4791	0.2534	130	0.2184	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4791-3.6621	0.2779	124	0.2134	2700	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6621-3.8909	0.2483	146	0.2094	2705	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8909-4.1904	0.2267	149	0.1843	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1904-4.6102	0.2052	147	0.1501	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6102-5.2732	0.1969	133	0.1528	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2732-6.6281	0.2403	164	0.2061	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
6.6281-27.376	0.1656	142	0.1507	2734	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2734	-0.0209	0.265	0.3964	-0.1424	0.1101	-0.019	-0.091	0.33	-0.1605	-0.1354	-0.0994	-0.3556	0.1444	0.3898	0.601	-0.1331	-0.0034	0.2237	-0.0397	0.3104	61.7575	48.8516	5.6234
2	0.2356	-0.1514	-0.1486	0.2938	0.0062	0.1407	-0.0729	0.0292	-0.0345	-0.0912	-0.0745	0.1999	-0.3665	-0.1006	-0.8676	0.7781	0.1834	-0.1208	0.0742	-0.0048	0.2657	47.8672	49.8721	-9.0636
3	0.1119	0.1399	0.0104	0.2124	0.1089	0.3481	-0.0607	0.1693	-0.011	-0.1841	-0.1123	0.0045	-0.3276	0.1857	-0.5831	0.6295	-0.0531	0.0721	-0.0064	0.1365	-0.0105	57.0145	42.705	-6.224
4	0.2541	0.0876	0.0897	0.2208	0.0409	0.4292	-0.0761	-0.1354	-0.0747	-0.1886	-0.0024	0.0646	-0.2754	0.2725	-0.0019	0.4505	-0.0171	-0.0012	0.1727	-0.0212	0.2585	60.798	36.5304	0.6243
5	0.3831	-0.1024	0.3611	0.1864	-0.1374	0.404	-0.1515	-0.0268	0.0259	0.0354	-0.0317	-0.1692	-0.4036	0.3692	-0.0262	0.2642	-0.1258	-0.011	0.2419	0.0325	0.2075	72.3243	37.936	19.5833
6	0.2393	-0.0583	-0.1054	0.1439	0.0809	0.1759	-0.0083	-0.1189	-0.2536	0.0065	0.0561	0.0445	-0.1817	0.0163	-0	0.4217	-0.0685	-0.1075	0.3834	0.0088	0.366	73.7967	34.2721	34.4301
7	0.0768	0.1102	0.0699	0.1404	0.0882	0.0551	-0.1023	0.0387	0.0627	-0.1069	-0.097	0.0279	0.0357	-0.0923	0	0.5177	0.0521	-0.0815	0.2094	-0.047	0.2968	45.1257	38.7533	-14.4178
8	0.0363	-0.0113	0.0048	0.0209	0.0006	0.0007	0.001	0.015	0.0439	-0.0547	0.1531	-0.1074	0.0449	0.0061	-0.0008	0.7807	-0.1097	-0.1573	0.4677	0.0909	0.5541	65.5332	55.9899	-4.0132
9	0.2696	-0.1088	-0.062	0.223	0.1538	0.425	-0.2796	-0.1105	0.0429	0.2537	0.1155	-0.1289	-0.215	-0.2386	-0.0942	0.5201	0.1119	-0.0154	0.5274	0.1053	0.5536	15.504	38.4409	60.5702
10	0.0247	0.0142	-0.0138	0.0644	0.0558	0.0665	-0.1287	-0.3693	0.1927	0.2848	-0.0376	-0.0022	-0.1887	-0.1194	-0.0001	0.6017	0.1347	0.0545	0.6511	-0.0692	0.5019	11.7756	34.4642	77.1558
11	0.0138	-0.0001	-0.0105	0.0187	0.0088	0.0121	0.1708	0.1712	-0.0138	0.1758	0.2593	-0.0132	0.2385	0.0429	-0.0007	0.6421	0.0504	0.0569	0.8502	0.0829	0.6942	6.7205	15.2374	77.9797
12	0.151	-0.2012	0.1975	0.3039	-0.1336	0.5732	-0.1118	-0.1404	-0.0007	0.1955	0.13	0.0412	-0.0683	-0.2884	-0.0001	0.2346	0.0152	0.0635	0.4033	0.0546	0.4849	15.0418	31.0677	62.5958
13	0.1379	-0.1485	0.0774	0.1664	-0.1448	0.4655	-0.0714	0.0193	-0.1281	-0.0128	-0.0359	-0.078	0.1683	-0.0544	0	0.2672	-0.0737	0.0201	0.3764	0.0361	0.4101	24.6334	28.1637	48.5841
14	0.1192	0.0925	-0.0439	0.0908	-0.1375	0.5622	-0.0139	0.0947	0.0206	-0.1565	0.0547	0.0972	-0.1261	-0.3416	0.003	0.3118	0.0162	0.0054	0.4755	0.0585	0.4682	27.4101	34.0754	36.73
15	0.4071	0.1937	0.2243	0.2588	-0.1448	0.4698	-0.0674	0.0372	0.0409	0.0572	0.1017	0.2305	0.024	0.0032	-0	0.4136	-0.0152	0.0828	0.3407	0.0489	0.4442	38.1403	35.2392	33.9248
16	0.165	0.1747	0.1379	0.188	0.1509	0.1203	0.2118	-0.1317	0.2144	0.0108	0.0864	-0.0181	-0.0877	-0.2745	0.1571	0.3259	0.0546	0.1654	0.4165	0.1933	0.4011	12.4051	27.8304	73.3163
17	0.2694	0.4669	-0.4367	1.3296	-0.2894	1.1681	0.3024	-0.0722	0.331	0.0476	-0.0219	0.2037	-0.2523	-0.0642	0.5666	0.3038	0.1093	-0.0034	0.6186	-0.1964	0.4037	90.5025	37.8232	73.9482
18	0.0255	0.0318	-0.0234	0.0396	-0.0305	0.0387	0.0933	-0.0678	0.2207	-0.1645	-0.1298	-0.0369	-0.2885	0.3109	-0	0.4014	-0.0578	-0.0456	0.5227	-0.163	0.5989	114.8717	39.3264	70.0183
19	0.4226	0.2733	-0.0195	0.2158	-0.1007	0.3922	-0.0521	-0.4679	0.167	0.0288	0.0175	-0.0073	-0.0483	0.0392	-0.0001	0.2392	0.0333	-0.0525	0.4408	-0.0478	0.3848	99.7995	33.828	69.3552
20	0.499	0.0132	-0.2478	0.2515	0.143	0.2088	-0.1762	-0.2374	-0.0681	0.0388	0.1395	-0.0543	-0.1809	-0.0398	0.0001	0.262	0.0425	-0.0385	0.3822	0.016	0.368	87.958	28.2082	66.7482
21	0.2767	0.1249	-0.1322	0.1952	0.0599	0.1582	0.0226	-0.2501	-0.1237	0.0568	-0.0034	0.0481	0.051	-0.1587	-0.0001	0.3024	-0.0065	0.0125	0.4608	0.0537	0.3113	73.6574	26.5567	66.1938
22	0.5273	0.1774	-0.1525	0.4302	0.0301	0.299	-0.0242	-0.5416	0.189	0.1358	0.0674	0.0938	-0.0413	-0.0337	-0.0524	0.2788	0.061	0.0414	0.6562	-0.007	0.2707	64.8199	29.7881	70.8401
23	0.2409	-0.1256	-0.0989	0.1685	0.0013	0.2706	-0.256	-0.1372	0.0795	0.0307	0.2657	-0.0249	-0.0938	-0.2782	0	0.3713	0.1153	0.0516	0.5527	0.05	0.6148	56.1115	30.9364	63.9706
24	0.1217	0.0601	-0.0318	0.3263	-0.2732	0.2274	-0.1265	-0.1699	0.1291	-0.0139	-0.015	0.026	-0.016	0.1335	-0.0062	0.1524	0.0374	-0.0165	0.4486	-0.1804	0.299	105.2556	31.4132	65.8978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID -3:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 20:67)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 68:137)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 138:182)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 183:307)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 308:351)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 352:378)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 390:401)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID -1:20)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 21:70)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 71:83)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 84:168)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 169:230)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 231:298)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 299:349)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 350:398)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 2:18)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 19:45)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 46:135)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 136:197)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN C AND RESID 198:234)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN C AND RESID 235:300)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN C AND RESID 301:347)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(CHAIN C AND RESID 348:397)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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