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- PDB-3zxc: E69 deletion mutant single insulin-like growth factor binding dom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zxc
タイトルE69 deletion mutant single insulin-like growth factor binding domain protein (SIBD-1) from Cupiennius salei
要素SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1
キーワードSIGNALING / IGFBP / SINGLE INSULIN-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


insulin-like growth factor binding / regulation of cell growth / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin-like growth factor binding protein-related protein (IGFBP-rP), MAC25 / Omega-AgatoxinV - #20 / Omega-AgatoxinV / Insulin-like growth factor-binding protein, IGFBP / Insulin-like growth factor-binding protein (IGFBP) N-terminal domain profile. / Insulin growth factor-binding protein homologues / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Single insulin-like growth factor-binding domain protein-1
類似検索 - 構成要素
生物種CUPIENNIUS SALEI (クモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Widmer, C. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Native and Recombinant Single Insulin-Like Growth Factor-Binding Domain Protein (Sibd-1) from the Central American Hunting Spider Cupiennius Salei (Ctenidae).
著者: Trachsel, C. / Widmer, C. / Kampfer, U. / Buhr, C. / Baumann, T. / Kuhn-Nentwig, L. / Schurch, S. / Schaller, J. / Baumann, U.
履歴
登録2011年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1
B: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1944
ポリマ－16,0762
非ポリマー1182
水4,360242
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-24.6 kcal/mol
Surface area8630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.460, 49.460, 121.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1 / E69 DELETION MUTANT / SIBD-1


分子量: 8038.088 Da / 分子数: 2
断片: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING DOMAIN RESIDUES 20-97
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: E69 DELETION MUTANT / 由来: (組換発現) CUPIENNIUS SALEI (クモ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4V4F9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.91 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 2.2 M SODIUM CHLORIDE, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→100 Å / Num. obs: 34438 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2.16 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 17.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.4→35.007 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 61-66 IN CHAIN A, 64-67 IN CHAIN B ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 1722 5 %
Rwork0.1594 --
obs0.161 34397 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.16 Å2 / ksol: 0.457 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5121 Å20 Å20 Å2
2--1.5121 Å20 Å2
3----3.0242 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 8 242 1286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081082
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1181454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.059663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.44120.3081360.25272585X-RAY DIFFRACTION96
1.4412-1.48770.25481430.212716X-RAY DIFFRACTION100
1.4877-1.54090.20251430.17442707X-RAY DIFFRACTION100
1.5409-1.60260.21041430.1562707X-RAY DIFFRACTION100
1.6026-1.67550.20131420.14442689X-RAY DIFFRACTION100
1.6755-1.76390.19831440.142744X-RAY DIFFRACTION100
1.7639-1.87440.20311440.1462733X-RAY DIFFRACTION100
1.8744-2.01910.18051440.14492726X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.22220.18851450.14422766X-RAY DIFFRACTION100
2.2222-2.54370.21321460.15742756X-RAY DIFFRACTION100
2.5437-3.20450.18811480.16032826X-RAY DIFFRACTION100
3.2045-35.01770.16811440.16422720X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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