PDB-3zxb: Wild type single insulin-like growth factor binding domain protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zxb

タイトル

Wild type single insulin-like growth factor binding domain protein (SIBD-1) from Cupiennius salei

要素

SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

キーワード

SIGNALING / IGFBP / INSULIN BINDING DOMAIN

機能・相同性

機能・相同性情報

insulin-like growth factor binding / regulation of signal transduction / regulation of cell growth / innate immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CUPIENNIUS SALEI (クモ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Widmer, C. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Native and Recombinant Single Insulin-Like Growth Factor-Binding Domain Protein (Sibd-1) from the Central American Hunting Spider Cupiennius Salei (Ctenidae).
著者: Trachsel, C. / Widmer, C. / Kampfer, U. / Buhr, C. / Baumann, T. / Kuhn-Nentwig, L. / Schurch, S. / Schaller, J. / Baumann, U.

履歴

登録	2011年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年8月8日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zxb.cif.gz	111 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zxb.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zxb_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zxb_full_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示
XML形式データ	3zxb_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	3zxb_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zxcSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a83-d 3so6-d 5aj8-2 4d70-2 7bx9-d 6z6i-3 2lt2-d 4s2v-d 6cwl-2 6ul3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

B: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

C: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

D: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

32.7 kDa, 4 ポリマー
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1

A: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

B: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 2 ポリマー
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2

C: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

D: SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.247, 62.247, 169.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1 / SIBD-1 分子量: 8167.202 Da / 分子数: 4 断片: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 20-97 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CUPIENNIUS SALEI (クモ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4V4F9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 詳細: 1.4 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS, 2 % GLYCEROL, PH 8.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.495
反射	解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 13082 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.96 / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.9
反射シェル	解像度: 2.55→2.7 Å / 冗長度: 7.8 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZXC

3zxc

解像度: 2.55→51.366 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.14 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: RESIDUES 59-69 IN CHAIN A, 60-69 IN CHAIN B, 61-69 IN CHAIN C, 59-69 IN CHAIN D ARE DISORDERED.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2504	653	5 %
R_work	0.2241	-	-
obs	0.2257	13035	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 85.545 Å² / k_sol: 0.354 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	15.3196 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	15.3196 Å²	0 Å²
3-	-	-	-30.6393 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→51.366 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1895	0	0	41	1936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1971
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.425	2648
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.986	1206
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	274
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	363

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5505-2.8072	0.3063	160	0.3053	3033	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8072-3.2133	0.3119	159	0.2774	3027	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2133-4.0482	0.2469	162	0.2337	3079	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0482-51.3767	0.2252	171	0.193	3232	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5251	0.319	1.2116	-0.0475	0.3517	3.0698	-0.6763	-0.733	0.0301	0.5087	0.2572	-0.2491	-1.8177	-0.5467	0.3031	0.9301	0.2783	0.0739	0.6441	0.1333	0.5526	-23.5237	31.6321	27.786
2	5.5082	0.4543	-3.2587	2.3885	0.1497	2.018	0.666	0.8814	-0.3003	0.0037	-0.4093	-0.1011	-0.5137	-0.7384	-0.0526	0.529	-0.0264	-0.0111	0.6741	0.0216	0.4215	-24.2382	31.5899	37.1754
3	3.0258	2.2462	0.1684	6.8453	-1.6524	1.0066	0.5275	-1.3914	0.5104	-1.1281	-0.184	0.6966	0.5243	1.0739	-0.1782	0.3963	-0.073	-0.0573	0.5026	-0.1839	0.3726	-14.4867	28.1702	40.9723
4	7.0303	-0.7687	-0.4718	3.3951	-1.1044	2.5137	-0.5101	-0.5604	0.5498	-0.3526	0.9624	-0.144	0.4452	0.0084	-0.1858	0.4574	0.0126	-0.0813	0.4689	-0.0796	0.4337	-20.9943	31.8455	49.9004
5	2.2638	1.677	-0.3832	7.5967	3.5757	3.6555	0.2222	0.4418	1.2856	0.8584	-0.0379	0.7175	1.9537	1.3515	-0.0278	0.6685	0.2424	-0.0372	0.642	0.0311	0.4975	-13.3756	19.4939	45.3468
6	3.2512	0.6737	2.5692	6.277	-1.0655	6.5541	-1.2221	0.3184	-0.6735	-0.0417	0.5192	-1.1707	-0.7253	-0.6027	0.8106	1.1982	-0.0021	0.2227	0.2847	-0.1015	0.4017	-21.2965	16.4864	32.4742
7	4.4843	0.2728	-2.0771	1.2783	0.7136	5.9238	0.8656	1.2098	0.1207	-0.2693	-0.4774	0.0173	-0.836	0.4686	-0.693	0.7458	-0.1372	0.1194	0.6083	-0.0832	0.3512	-18.7178	20.0113	29.8487
8	0.8456	-0.631	0.3778	0.5047	0.168	1.0009	-0.0837	0.0432	0.3616	-0.1504	-0.2069	-0.4126	-0.5124	-0.3061	0.1349	0.2303	0.1033	0.1401	0.6482	0.0154	0.4175	-14.0795	22.8687	22.7632
9	5.4728	2.1956	1.415	3.0944	0.3678	9.7303	-1.0444	-0.4913	-0.1715	0.0507	0.2686	1.1189	-2.8035	-2.6921	0.4592	0.9342	0.3589	0.1084	1.144	0.1415	0.5019	-9.2058	53.0647	38.5494
10	0.9185	0.0694	-0.5121	2.5242	-0.4385	0.3014	-0.5848	0.6412	-0.092	0.0465	0.3052	0.1527	0.1361	-0.4226	0.1034	0.5448	-0.2981	-0.0474	0.653	0.0876	0.2988	-8.4109	45.2076	52.4811
11	1.7782	1.2164	-1.996	1.7046	-2.0122	2.5792	-0.5735	-0.4836	0.8223	-1.1613	0.4202	0.0599	0.2336	0.1179	-0.3074	0.8787	-0.0736	-0.0388	0.3809	-0.0218	0.433	-4.3563	51.4216	58.0464
12	4.955	2.0417	5.5352	4.9211	2.4783	8.584	0.1833	1.2495	0.7943	0.5402	0.1874	0.3985	1.4217	1.7131	-0.0205	0.47	-0.0367	0.1636	0.3353	-0.1247	0.0425	-2.3426	51.2981	67.1914
13	1.4928	-0.3684	-1.9693	1.1485	1.8452	4.8091	0.0322	-0.6239	0.2203	0.5964	-0.3408	-0.0417	0.9565	0.6585	0.019	0.8304	-0.1448	-0.0543	0.9799	-0.1342	0.6815	10.1019	49.8759	59.8726
14	4.5005	0.3482	-2.9818	0.2371	-0.3488	2.0466	-0.3515	2.2587	-0.46	-0.2903	0.5887	-0.6672	-0.2688	-1.7145	-0.0487	0.6602	-0.3111	0.1746	0.9459	-0.0175	0.8984	3.3508	37.1147	47.0102
15	7.8264	-0.8135	0.5813	8.2813	2.397	5.8527	-1.0338	-0.7649	1.4939	-0.4367	0.44	1.2093	0.261	0.9951	0.1644	0.4092	0.1646	-0.0853	0.4953	-0.2073	0.5733	8.7717	45.9468	50.1777
16	0.9282	-0.9129	-0.2489	2.1008	1.6405	1.7923	-0.2498	-0.4316	0.337	-0.1419	0.7918	-0.0991	0.2405	0.2481	-0.3794	0.8439	-0.1463	0.0222	0.4257	-0.0211	0.256	3.1504	50.2649	37.1699

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 1:18)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 19:38)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 39:48)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 49:78)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN B AND RESID 1:13)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN B AND RESID 14:26)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 27:39)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 40:78)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN C AND RESID 1:12)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN C AND RESID 13:39)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN C AND RESID 40:55)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN C AND RESID 56:78)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN D AND RESID 1:10)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN D AND RESID 11:21)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN D AND RESID 22:32)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN D AND RESID 33:78)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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