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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zxb | ||||||
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タイトル | Wild type single insulin-like growth factor binding domain protein (SIBD-1) from Cupiennius salei | ||||||
要素 | SINGLE INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR-BINDING DOMAIN PROTEIN-1 | ||||||
キーワード | SIGNALING / IGFBP / INSULIN BINDING DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 insulin-like growth factor binding / regulation of cell growth / 自然免疫系 / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CUPIENNIUS SALEI (クモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å | ||||||
データ登録者 | Widmer, C. / Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2012 タイトル: Structural and Biochemical Characterization of Native and Recombinant Single Insulin-Like Growth Factor-Binding Domain Protein (Sibd-1) from the Central American Hunting Spider Cupiennius Salei (Ctenidae). 著者: Trachsel, C. / Widmer, C. / Kampfer, U. / Buhr, C. / Baumann, T. / Kuhn-Nentwig, L. / Schurch, S. / Schaller, J. / Baumann, U. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3zxb.cif.gz | 111 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3zxb.ent.gz | 90.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3zxb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zxb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8167.202 Da / 分子数: 4 断片: INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR BINDING DOMAIN, RESIDUES 20-97 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CUPIENNIUS SALEI (クモ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G4V4F9 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 詳細: 1.4 M SODIUM CITRATE, 0.1 M TRIS, 2 % GLYCEROL, PH 8. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.495 |
反射 | 解像度: 2.55→100 Å / Num. obs: 13082 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.96 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.55→2.7 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ZXC 解像度: 2.55→51.366 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.14 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: RESIDUES 59-69 IN CHAIN A, 60-69 IN CHAIN B, 61-69 IN CHAIN C, 59-69 IN CHAIN D ARE DISORDERED.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 85.545 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55→51.366 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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