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- PDB-3zx0: NTPDase1 in complex with Heptamolybdate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zx0
タイトルNTPDase1 in complex with Heptamolybdate
要素ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
キーワードHYDROLASE / DOMAIN ROTATION / POLYOXOMETALLATE / METAL CLUSTER / PURINERGIC SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to proline / CDP phosphatase activity / ITPase activity / apyrase / apyrase activity / purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / nucleoside diphosphate catabolic process / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity ...response to proline / CDP phosphatase activity / ITPase activity / apyrase / apyrase activity / purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / nucleoside diphosphate catabolic process / UDP phosphatase activity / nucleoside diphosphate phosphatase activity / IDP phosphatase activity / cellular response to aluminum ion / ADP phosphatase activity / CTPase activity / GDP phosphatase activity / ADP catabolic process / cellular response to interferon-alpha / negative regulation of dopamine secretion / response to L-arginine / negative regulation of ATP biosynthetic process / response to auditory stimulus / response to caffeine / response to ATP / basement membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / synaptic membrane / caveola / response to gamma radiation / platelet activation / platelet aggregation / synaptic vesicle / cellular response to tumor necrosis factor / basolateral plasma membrane / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / GTPase activity / neuronal cell body / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GDA1/CD39 family of nucleoside phosphatases signature. / Exopolyphosphatase. Domain 2 / Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 / GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Chem-MO7 / Ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / : 2012
タイトル: Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N.
履歴
登録2011年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
C: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
D: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,88641
ポリマ-202,3724
非ポリマー5,51537
00
1
A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,81917
ポリマ-101,1862
非ポリマー2,63315
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
D: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,06724
ポリマ-101,1862
非ポリマー2,88122
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.807, 80.267, 164.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.92, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22B
32C
42D
13A
23B
33C
43D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A46 - 171
2113B46 - 171
3113C46 - 171
4113D46 - 171
1123A172 - 190
2123B172 - 190
3123C172 - 190
4123D172 - 190
1224A442 - 462
2224B442 - 462
3224C442 - 462
4224D442 - 462
1133A205 - 227
2133B205 - 227
3133C205 - 227
4133D205 - 227
1234A235 - 441
2234B235 - 441
3234C235 - 441
4234D235 - 441

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.905536, 0.418689, 0.068588), (0.366288, 0.68992, 0.624375), (0.214098, 0.590517, -0.778108)33.50219, -47.43243, 139.99446
3given(-0.995601, 0.023051, 0.090817), (-0.076128, -0.764064, -0.640633), (0.054623, -0.644728, 0.762458)41.47931, 46.15157, 95.8955
4given(0.935875, -0.268297, -0.228376), (-0.256671, -0.963203, 0.079747), (-0.241369, -0.016015, -0.970301)12.00969, 49.11057, 100.27267

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要素

#1: タンパク質
ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / NTPDASE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / ECTO-ATPDASE 1 / ECTO-ATPASE 1 / ECTO-APYRASE / ...NTPDASE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / ECTO-ATPDASE 1 / ECTO-ATPASE 1 / ECTO-APYRASE / LYMPHOID CELL ACTIVATION ANTIGEN / CD39


分子量: 50592.953 Da / 分子数: 4 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 38-189,206-477 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A PUTATIVE MEMBRANE INTERACTION LOOP 190TQEQSWLNFISDSQKQA206 WAS REPLACED BY A SHORTER LINKER KTPGGS
由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET45B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P97687, apyrase
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : C2H4O2
#4: 化合物
ChemComp-MO7 / bis(mu4-oxo)-bis(mu3-oxo)-octakis(mu2-oxo)-dodecaoxo-heptamolybdenum (VI) / HEPTAMOLYBDATE [Mo(VI)7O24]6-


分子量: 1055.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mo7O24
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Na
配列の詳細THE LOOP T190 TO A206 WAS REPLACED WITH THE SEQUENCE KTPGGS OF GB EDL94186.1. THE RESIDUES 80, 220, ...THE LOOP T190 TO A206 WAS REPLACED WITH THE SEQUENCE KTPGGS OF GB EDL94186.1. THE RESIDUES 80, 220, AND 227 MATCH THE GENBANK SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.2 / 詳細: 3.8M NACL, 100MM NAACETAT PH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89461
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89461 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.15 Å / Num. obs: 57453 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 65.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 28.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CJ1
解像度: 2.5→145.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 25.855 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.773 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25718 1157 2 %RANDOM
Rwork0.21336 ---
obs0.21426 56295 87.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.05 Å20 Å2-0.61 Å2
2--3.73 Å20 Å2
3----5.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→145.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12189 0 178 0 12367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0212793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5442.02417535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07251559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.3424.49539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.055152059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.4391525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
21A141medium positional0.690.5
22B141medium positional0.70.5
23C141medium positional0.470.5
24D141medium positional0.440.5
31A1540medium positional0.410.5
32B1540medium positional0.410.5
33C1540medium positional0.380.5
34D1540medium positional0.340.5
11A408loose positional0.085
12B408loose positional0.085
13C408loose positional0.095
14D408loose positional0.145
21A80loose positional0.735
22B80loose positional0.985
23C80loose positional0.635
24D80loose positional0.615
31A58loose positional0.565
32B58loose positional0.315
33C58loose positional0.285
34D58loose positional0.315
11A459tight thermal2.110.5
12B459tight thermal1.480.5
13C459tight thermal1.570.5
14D459tight thermal1.930.5
21A76tight thermal0.920.5
22B76tight thermal1.750.5
23C76tight thermal1.550.5
24D76tight thermal1.640.5
31A88tight thermal1.470.5
32B88tight thermal2.40.5
33C88tight thermal1.760.5
34D88tight thermal2.410.5
21A141medium thermal3.622
22B141medium thermal2.932
23C141medium thermal1.812
24D141medium thermal2.352
31A1540medium thermal3.272
32B1540medium thermal2.912
33C1540medium thermal2.92
34D1540medium thermal2.642
11A408loose thermal2.7410
12B408loose thermal2.3510
13C408loose thermal2.1110
14D408loose thermal3.810
21A80loose thermal1.7910
22B80loose thermal2.6210
23C80loose thermal1.9610
24D80loose thermal2.3510
31A58loose thermal1.4310
32B58loose thermal3.1510
33C58loose thermal2.0410
34D58loose thermal2.2910
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 16 -
Rwork0.301 709 -
obs--15.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4472.0278-1.97565.7018-1.39345.2832-0.61180.3749-0.6877-0.32190.0635-0.50751.57430.01030.54830.9849-0.17040.13790.8152-0.08550.466132.1883-9.897396.8742
24.7516-2.16993.12515.4577-3.93548.8636-0.11040.6232-0.4608-0.37560.05530.10941.6915-0.69690.05510.8037-0.51330.0561.0889-0.16070.479914.6563-5.379395.9533
34.47381.45311.4431.69531.14215.6369-0.40540.67550.3177-0.26190.35210.2143-0.184-0.84180.05330.4493-0.0304-0.09040.62610.10580.402523.757114.6418103.9925
46.05990.8487-0.81054.47941.58968.9037-0.3988-0.0177-0.7284-0.24660.06260.21840.9998-0.83190.33620.6898-0.11790.22250.45890.17590.6145.9432-0.404956.7012
59.03983.44761.94124.5169-0.32695.6903-0.4638-0.4358-1.8232-0.46470.297-0.63421.0443-0.18720.16680.85550.16230.34570.43310.24591.043622.842-4.242159.2769
62.6820.0663-0.88244.6032-1.32265.1792-0.0557-0.9161-0.2824-0.0421-0.0403-0.4382-0.27470.52360.0960.46290.05720.04920.6050.04660.479422.90418.482765.267
74.64940.61371.29673.93221.72767.4008-0.003-0.3230.57450.7833-0.11640.3583-0.863-0.96680.11950.9030.18520.19690.33090.02340.461513.870542.162935.7798
811.3437-0.4387-0.01775.24841.15210.93750.3146-0.11831.02041.0159-0.2101-0.5805-0.995-0.0206-0.10450.7454-0.0457-0.04170.03780.03980.461830.569139.394930.3068
92.70310.6599-2.04552.3093-1.47564.8483-0.16650.2638-0.15720.28920.050.09760.3979-0.48060.11650.4078-0.00580.03540.171-0.03030.336520.333818.470225.0924
102.78360.8831-0.67585.6882-1.13513.40540.06240.12020.3586-0.0215-0.1986-0.3671-0.29720.10720.13630.16-0.0174-0.05240.37870.06620.305234.501352.0865-5.896
118.9117-1.4117-3.0754.8702-2.35837.51960.3341-0.1560.88610.21260.00610.4374-0.9194-0.5185-0.34020.25390.1146-0.03850.37480.0190.44417.787651.701-0.7812
121.58910.2397-0.84672.55240.10115.9348-0.17120.2531-0.1581-0.32020.05270.20620.5475-0.73560.11850.2176-0.1298-0.06390.46590.03680.386519.494630.1503-9.9186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A46 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2A172 - 190
3X-RAY DIFFRACTION2A442 - 462
4X-RAY DIFFRACTION3A205 - 441
5X-RAY DIFFRACTION4B46 - 171
6X-RAY DIFFRACTION5B172 - 190
7X-RAY DIFFRACTION5B442 - 466
8X-RAY DIFFRACTION6B205 - 441
9X-RAY DIFFRACTION7C47 - 171
10X-RAY DIFFRACTION8C172 - 190
11X-RAY DIFFRACTION8C442 - 465
12X-RAY DIFFRACTION9C205 - 441
13X-RAY DIFFRACTION10D46 - 171
14X-RAY DIFFRACTION11D172 - 190
15X-RAY DIFFRACTION11D442 - 463
16X-RAY DIFFRACTION12D205 - 441

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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