PDB-3zx0: NTPDase1 in complex with Heptamolybdate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zx0

タイトル

NTPDase1 in complex with Heptamolybdate

要素

ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

キーワード

HYDROLASE / DOMAIN ROTATION / POLYOXOMETALLATE / METAL CLUSTER / PURINERGIC SIGNALING

機能・相同性

機能・相同性情報

response to proline / CDP phosphatase activity / ITPase activity / purine ribonucleoside diphosphate catabolic process / Phosphate bond hydrolysis by NTPDase proteins / apyrase / apyrase activity / UDP phosphatase activity / IDP phosphatase activity / CTPase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystallographic evidence for a domain motion in rat nucleoside triphosphate diphosphohydrolase (NTPDase) 1.
著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N.

履歴

登録	2011年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月25日	Group: Other
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.0	2019年1月30日	Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zx0.cif.gz	635.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zx0.ent.gz	529 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/3zx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zx2C 3zx3C 3cj1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zx2-1 6pr4-d 3psx-d 3zx3-1 3zx2-2 3ucp-d 1pjs-d 2ip4-d 6xi9-d 6lrj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

C: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

D: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

ヘテロ分子

208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

B: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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2

C: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

D: ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	163.807, 80.267, 164.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.92, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	46 - 171
2	1	1	3	B	46 - 171
3	1	1	3	C	46 - 171
4	1	1	3	D	46 - 171
1	1	2	3	A	172 - 190
2	1	2	3	B	172 - 190
3	1	2	3	C	172 - 190
4	1	2	3	D	172 - 190
1	2	2	4	A	442 - 462
2	2	2	4	B	442 - 462
3	2	2	4	C	442 - 462
4	2	2	4	D	442 - 462
1	1	3	3	A	205 - 227
2	1	3	3	B	205 - 227
3	1	3	3	C	205 - 227
4	1	3	3	D	205 - 227
1	2	3	4	A	235 - 441
2	2	3	4	B	235 - 441
3	2	3	4	C	235 - 441
4	2	3	4	D	235 - 441

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.905536, 0.418689, 0.068588), (0.366288, 0.68992, 0.624375), (0.214098, 0.590517, -0.778108)	33.50219, -47.43243, 139.99446
3	given	(-0.995601, 0.023051, 0.090817), (-0.076128, -0.764064, -0.640633), (0.054623, -0.644728, 0.762458)	41.47931, 46.15157, 95.8955
4	given	(0.935875, -0.268297, -0.228376), (-0.256671, -0.963203, 0.079747), (-0.241369, -0.016015, -0.970301)	12.00969, 49.11057, 100.27267

#1: タンパク質	ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / NTPDASE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / ECTO-ATPDASE 1 / ECTO-ATPASE 1 / ECTO-APYRASE / ...NTPDASE 1 / ECTO-ATP DIPHOSPHOHYDROLASE 1 / ECTO-ATPDASE 1 / ECTO-ATPASE 1 / ECTO-APYRASE / LYMPHOID CELL ACTIVATION ANTIGEN / CD39 分子量: 50592.953 Da / 分子数: 4 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 38-189,206-477 / 由来タイプ: 組換発現詳細: A PUTATIVE MEMBRANE INTERACTION LOOP 190TQEQSWLNFISDSQKQA206 WAS REPLACED BY A SHORTER LINKER KTPGGS 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PET45B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P97687, apyrase
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID 分子量: 60.052 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-MO7 / bis(mu4-oxo)-bis(mu3-oxo)-octakis(mu2-oxo)-dodecaoxo-heptamolybdenum (VI) / HEPTAMOLYBDATE [Mo(VI)7O24]6- 分子量: 1055.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo₇O₂₄
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE LOOP T190 TO A206 WAS REPLACED WITH THE SEQUENCE KTPGGS OF GB EDL94186.1. THE RESIDUES 80, 220, ...THE LOOP T190 TO A206 WAS REPLACED WITH THE SEQUENCE KTPGGS OF GB EDL94186.1. THE RESIDUES 80, 220, AND 227 MATCH THE GENBANK SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4.2 / 詳細: 3.8M NACL, 100MM NAACETAT PH 4.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.89461
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89461 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→29.15 Å / Num. obs: 57453 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 65.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 28.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CJ1

3cj1

解像度: 2.5→145.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 25.855 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.773 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25718	1157	2 %	RANDOM
R_work	0.21336	-	-	-
obs	0.21426	56295	87.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.05 Å²	0 Å²	-0.61 Å²
2-	-	3.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→145.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12189	0	178	0	12367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.02	12793
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.544	2.024	17535
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.072	5	1559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.34	24.49	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.055	15	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.439	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	1	A	141	medium positional	0.69	0.5
2	2	B	141	medium positional	0.7	0.5
2	3	C	141	medium positional	0.47	0.5
2	4	D	141	medium positional	0.44	0.5
3	1	A	1540	medium positional	0.41	0.5
3	2	B	1540	medium positional	0.41	0.5
3	3	C	1540	medium positional	0.38	0.5
3	4	D	1540	medium positional	0.34	0.5
1	1	A	408	loose positional	0.08	5
1	2	B	408	loose positional	0.08	5
1	3	C	408	loose positional	0.09	5
1	4	D	408	loose positional	0.14	5
2	1	A	80	loose positional	0.73	5
2	2	B	80	loose positional	0.98	5
2	3	C	80	loose positional	0.63	5
2	4	D	80	loose positional	0.61	5
3	1	A	58	loose positional	0.56	5
3	2	B	58	loose positional	0.31	5
3	3	C	58	loose positional	0.28	5
3	4	D	58	loose positional	0.31	5
1	1	A	459	tight thermal	2.11	0.5
1	2	B	459	tight thermal	1.48	0.5
1	3	C	459	tight thermal	1.57	0.5
1	4	D	459	tight thermal	1.93	0.5
2	1	A	76	tight thermal	0.92	0.5
2	2	B	76	tight thermal	1.75	0.5
2	3	C	76	tight thermal	1.55	0.5
2	4	D	76	tight thermal	1.64	0.5
3	1	A	88	tight thermal	1.47	0.5
3	2	B	88	tight thermal	2.4	0.5
3	3	C	88	tight thermal	1.76	0.5
3	4	D	88	tight thermal	2.41	0.5
2	1	A	141	medium thermal	3.62	2
2	2	B	141	medium thermal	2.93	2
2	3	C	141	medium thermal	1.81	2
2	4	D	141	medium thermal	2.35	2
3	1	A	1540	medium thermal	3.27	2
3	2	B	1540	medium thermal	2.91	2
3	3	C	1540	medium thermal	2.9	2
3	4	D	1540	medium thermal	2.64	2
1	1	A	408	loose thermal	2.74	10
1	2	B	408	loose thermal	2.35	10
1	3	C	408	loose thermal	2.11	10
1	4	D	408	loose thermal	3.8	10
2	1	A	80	loose thermal	1.79	10
2	2	B	80	loose thermal	2.62	10
2	3	C	80	loose thermal	1.96	10
2	4	D	80	loose thermal	2.35	10
3	1	A	58	loose thermal	1.43	10
3	2	B	58	loose thermal	3.15	10
3	3	C	58	loose thermal	2.04	10
3	4	D	58	loose thermal	2.29	10

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	16	-
R_work	0.301	709	-
obs	-	-	15.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.447	2.0278	-1.9756	5.7018	-1.3934	5.2832	-0.6118	0.3749	-0.6877	-0.3219	0.0635	-0.5075	1.5743	0.0103	0.5483	0.9849	-0.1704	0.1379	0.8152	-0.0855	0.4661	32.1883	-9.8973	96.8742
2	4.7516	-2.1699	3.1251	5.4577	-3.9354	8.8636	-0.1104	0.6232	-0.4608	-0.3756	0.0553	0.1094	1.6915	-0.6969	0.0551	0.8037	-0.5133	0.056	1.0889	-0.1607	0.4799	14.6563	-5.3793	95.9533
3	4.4738	1.4531	1.443	1.6953	1.1421	5.6369	-0.4054	0.6755	0.3177	-0.2619	0.3521	0.2143	-0.184	-0.8418	0.0533	0.4493	-0.0304	-0.0904	0.6261	0.1058	0.4025	23.7571	14.6418	103.9925
4	6.0599	0.8487	-0.8105	4.4794	1.5896	8.9037	-0.3988	-0.0177	-0.7284	-0.2466	0.0626	0.2184	0.9998	-0.8319	0.3362	0.6898	-0.1179	0.2225	0.4589	0.1759	0.614	5.9432	-0.4049	56.7012
5	9.0398	3.4476	1.9412	4.5169	-0.3269	5.6903	-0.4638	-0.4358	-1.8232	-0.4647	0.297	-0.6342	1.0443	-0.1872	0.1668	0.8555	0.1623	0.3457	0.4331	0.2459	1.0436	22.842	-4.2421	59.2769
6	2.682	0.0663	-0.8824	4.6032	-1.3226	5.1792	-0.0557	-0.9161	-0.2824	-0.0421	-0.0403	-0.4382	-0.2747	0.5236	0.096	0.4629	0.0572	0.0492	0.605	0.0466	0.4794	22.904	18.4827	65.267
7	4.6494	0.6137	1.2967	3.9322	1.7276	7.4008	-0.003	-0.323	0.5745	0.7833	-0.1164	0.3583	-0.863	-0.9668	0.1195	0.903	0.1852	0.1969	0.3309	0.0234	0.4615	13.8705	42.1629	35.7798
8	11.3437	-0.4387	-0.0177	5.2484	1.152	10.9375	0.3146	-0.1183	1.0204	1.0159	-0.2101	-0.5805	-0.995	-0.0206	-0.1045	0.7454	-0.0457	-0.0417	0.0378	0.0398	0.4618	30.5691	39.3949	30.3068
9	2.7031	0.6599	-2.0455	2.3093	-1.4756	4.8483	-0.1665	0.2638	-0.1572	0.2892	0.05	0.0976	0.3979	-0.4806	0.1165	0.4078	-0.0058	0.0354	0.171	-0.0303	0.3365	20.3338	18.4702	25.0924
10	2.7836	0.8831	-0.6758	5.6882	-1.1351	3.4054	0.0624	0.1202	0.3586	-0.0215	-0.1986	-0.3671	-0.2972	0.1072	0.1363	0.16	-0.0174	-0.0524	0.3787	0.0662	0.3052	34.5013	52.0865	-5.896
11	8.9117	-1.4117	-3.075	4.8702	-2.3583	7.5196	0.3341	-0.156	0.8861	0.2126	0.0061	0.4374	-0.9194	-0.5185	-0.3402	0.2539	0.1146	-0.0385	0.3748	0.019	0.444	17.7876	51.701	-0.7812
12	1.5891	0.2397	-0.8467	2.5524	0.1011	5.9348	-0.1712	0.2531	-0.1581	-0.3202	0.0527	0.2062	0.5475	-0.7356	0.1185	0.2176	-0.1298	-0.0639	0.4659	0.0368	0.3865	19.4946	30.1503	-9.9186

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	46 - 171
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	172 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	442 - 462
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	205 - 441
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	46 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	172 - 190
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	442 - 466
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	205 - 441
9	X-RAY DIFFRACTION	7	C	47 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	8	C	172 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	8	C	442 - 465
12	X-RAY DIFFRACTION	9	C	205 - 441
13	X-RAY DIFFRACTION	10	D	46 - 171
14	X-RAY DIFFRACTION	11	D	172 - 190
15	X-RAY DIFFRACTION	11	D	442 - 463
16	X-RAY DIFFRACTION	12	D	205 - 441

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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