PDB-3zwo: Crystal structure of ADP ribosyl cyclase complexed with reaction ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zwo

タイトル

Crystal structure of ADP ribosyl cyclase complexed with reaction intermediate

要素

ADP-RIBOSYL CYCLASE

キーワード

HYDROLASE / CD38 / HYDROLYSIS / NAD / SUBSTRATE SPECIFICITY

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / single fertilization / positive regulation of B cell proliferation / transferase activity / cytoplasmic vesicle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kotaka, M. / Graeff, R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Studies of Intermediates Along the Cyclization Pathway of Aplysia Adp-Ribosyl Cyclase.
著者: Kotaka, M. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.

履歴

登録	2011年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年11月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月28日	Group: Other
改定 1.2	2012年1月25日	Group: Other
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zwo.cif.gz	871.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zwo.ent.gz	722.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zwo_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zwo_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	3zwo_validation.xml.gz	93.8 KB	表示
CIF形式データ	3zwo_validation.cif.gz	127 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zwmC 3zwnC 3zwpC 3zwvC 3zwwC 1r12S 1lbe 1r0s 1r15 1r16 3zwx 3zwy C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zwx-4 3zwx-2 3zwv-4 3zwp-2 3zwv-2 3zwp-3 3zwm-4 3zww-4 3zww-3 3zwp-1 3zwx-3 3zwy-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ADP-RIBOSYL CYCLASE

B: ADP-RIBOSYL CYCLASE

C: ADP-RIBOSYL CYCLASE

D: ADP-RIBOSYL CYCLASE

E: ADP-RIBOSYL CYCLASE

F: ADP-RIBOSYL CYCLASE

G: ADP-RIBOSYL CYCLASE

H: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

241 kDa, 8 ポリマー
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1

E: ADP-RIBOSYL CYCLASE

H: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ADP-RIBOSYL CYCLASE

G: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.4 kDa, 2 ポリマー
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3

A: ADP-RIBOSYL CYCLASE

D: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.9 kDa, 2 ポリマー
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4

C: ADP-RIBOSYL CYCLASE

F: ADP-RIBOSYL CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
60.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.570, 76.422, 139.710
Angle α, β, γ (deg.)	87.80, 89.09, 89.32
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	LEU	LEU	A	A	6 - 24	7 - 25
2	1	GLU	GLU	LEU	LEU	B	B	6 - 24	7 - 25
3	1	GLU	GLU	LEU	LEU	C	C	6 - 24	7 - 25
4	1	GLU	GLU	LEU	LEU	D	D	6 - 24	7 - 25
5	1	GLU	GLU	LEU	LEU	E	E	6 - 24	7 - 25
6	1	GLU	GLU	LEU	LEU	F	F	6 - 24	7 - 25
7	1	GLU	GLU	LEU	LEU	G	G	6 - 24	7 - 25
8	1	GLU	GLU	LEU	LEU	H	H	6 - 24	7 - 25
1	2	CYS	CYS	PHE	PHE	A	A	34 - 45	35 - 46
2	2	CYS	CYS	PHE	PHE	B	B	34 - 45	35 - 46
3	2	CYS	CYS	PHE	PHE	C	C	34 - 45	35 - 46
4	2	CYS	CYS	PHE	PHE	D	D	34 - 45	35 - 46
5	2	CYS	CYS	PHE	PHE	E	E	34 - 45	35 - 46
6	2	CYS	CYS	PHE	PHE	F	F	34 - 45	35 - 46
7	2	CYS	CYS	PHE	PHE	G	G	34 - 45	35 - 46
8	2	CYS	CYS	PHE	PHE	H	H	34 - 45	35 - 46
1	3	SER	SER	SER	SER	A	A	57 - 64	58 - 65
2	3	SER	SER	SER	SER	B	B	57 - 64	58 - 65
3	3	SER	SER	SER	SER	C	C	57 - 64	58 - 65
4	3	SER	SER	SER	SER	D	D	57 - 64	58 - 65
5	3	SER	SER	SER	SER	E	E	57 - 64	58 - 65
6	3	SER	SER	SER	SER	F	F	57 - 64	58 - 65
7	3	SER	SER	SER	SER	G	G	57 - 64	58 - 65
8	3	SER	SER	SER	SER	H	H	57 - 64	58 - 65
1	4	GLN	GLN	SER	SER	A	A	67 - 78	68 - 79
2	4	GLN	GLN	SER	SER	B	B	67 - 78	68 - 79
3	4	GLN	GLN	SER	SER	C	C	67 - 78	68 - 79
4	4	GLN	GLN	SER	SER	D	D	67 - 78	68 - 79
5	4	GLN	GLN	SER	SER	E	E	67 - 78	68 - 79
6	4	GLN	GLN	SER	SER	F	F	67 - 78	68 - 79
7	4	GLN	GLN	SER	SER	G	G	67 - 78	68 - 79
8	4	GLN	GLN	SER	SER	H	H	67 - 78	68 - 79
1	5	TYR	TYR	THR	THR	A	A	81 - 90	82 - 91
2	5	TYR	TYR	THR	THR	B	B	81 - 90	82 - 91
3	5	TYR	TYR	THR	THR	C	C	81 - 90	82 - 91
4	5	TYR	TYR	THR	THR	D	D	81 - 90	82 - 91
5	5	TYR	TYR	THR	THR	E	E	81 - 90	82 - 91
6	5	TYR	TYR	THR	THR	F	F	81 - 90	82 - 91
7	5	TYR	TYR	THR	THR	G	G	81 - 90	82 - 91
8	5	TYR	TYR	THR	THR	H	H	81 - 90	82 - 91
1	6	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	93 - 97	94 - 98
2	6	LYS	LYS	LEU	LEU	B	B	93 - 97	94 - 98
3	6	LYS	LYS	LEU	LEU	C	C	93 - 97	94 - 98
4	6	LYS	LYS	LEU	LEU	D	D	93 - 97	94 - 98
5	6	LYS	LYS	LEU	LEU	E	E	93 - 97	94 - 98
6	6	LYS	LYS	LEU	LEU	F	F	93 - 97	94 - 98
7	6	LYS	LYS	LEU	LEU	G	G	93 - 97	94 - 98
8	6	LYS	LYS	LEU	LEU	H	H	93 - 97	94 - 98
1	7	LEU	LEU	GLY	GLY	A	A	101 - 113	102 - 114
2	7	LEU	LEU	GLY	GLY	B	B	101 - 113	102 - 114
3	7	LEU	LEU	GLY	GLY	C	C	101 - 113	102 - 114
4	7	LEU	LEU	GLY	GLY	D	D	101 - 113	102 - 114
5	7	LEU	LEU	GLY	GLY	E	E	101 - 113	102 - 114
6	7	LEU	LEU	GLY	GLY	F	F	101 - 113	102 - 114
7	7	LEU	LEU	GLY	GLY	G	G	101 - 113	102 - 114
8	7	LEU	LEU	GLY	GLY	H	H	101 - 113	102 - 114
1	8	PHE	PHE	ASP	ASP	A	A	139 - 160	140 - 161
2	8	PHE	PHE	ASP	ASP	B	B	139 - 160	140 - 161
3	8	PHE	PHE	ASP	ASP	C	C	139 - 160	140 - 161
4	8	PHE	PHE	ASP	ASP	D	D	139 - 160	140 - 161
5	8	PHE	PHE	ASP	ASP	E	E	139 - 160	140 - 161
6	8	PHE	PHE	ASP	ASP	F	F	139 - 160	140 - 161
7	8	PHE	PHE	ASP	ASP	G	G	139 - 160	140 - 161
8	8	PHE	PHE	ASP	ASP	H	H	139 - 160	140 - 161
1	9	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	189 - 195	190 - 196
2	9	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	189 - 195	190 - 196
3	9	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	189 - 195	190 - 196
4	9	ARG	ARG	LEU	LEU	D	D	189 - 195	190 - 196
5	9	ARG	ARG	LEU	LEU	E	E	189 - 195	190 - 196
6	9	ARG	ARG	LEU	LEU	F	F	189 - 195	190 - 196
7	9	ARG	ARG	LEU	LEU	G	G	189 - 195	190 - 196
8	9	ARG	ARG	LEU	LEU	H	H	189 - 195	190 - 196
1	10	GLY	GLY	ALA	ALA	A	A	209 - 220	210 - 221
2	10	GLY	GLY	ALA	ALA	B	B	209 - 220	210 - 221
3	10	GLY	GLY	ALA	ALA	C	C	209 - 220	210 - 221
4	10	GLY	GLY	ALA	ALA	D	D	209 - 220	210 - 221
5	10	GLY	GLY	ALA	ALA	E	E	209 - 220	210 - 221
6	10	GLY	GLY	ALA	ALA	F	F	209 - 220	210 - 221
7	10	GLY	GLY	ALA	ALA	G	G	209 - 220	210 - 221
8	10	GLY	GLY	ALA	ALA	H	H	209 - 220	210 - 221
1	11	PHE	PHE	ASP	ASP	A	A	223 - 241	224 - 242
2	11	PHE	PHE	ASP	ASP	B	B	223 - 241	224 - 242
3	11	PHE	PHE	ASP	ASP	C	C	223 - 241	224 - 242
4	11	PHE	PHE	ASP	ASP	D	D	223 - 241	224 - 242
5	11	PHE	PHE	ASP	ASP	E	E	223 - 241	224 - 242
6	11	PHE	PHE	ASP	ASP	F	F	223 - 241	224 - 242
7	11	PHE	PHE	ASP	ASP	G	G	223 - 241	224 - 242
8	11	PHE	PHE	ASP	ASP	H	H	223 - 241	224 - 242

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.5052, 0.6453, -0.573), (-0.6557, 0.7187, 0.2313), (0.5611, 0.2589, 0.7863)	66.3287, -2.6419, -35.8916
2	given	(0.9999, 0.0137, 0.0059), (0.0135, -0.9994, 0.0315), (0.0063, -0.0314, -0.9995)	28.683, -24.9904, 39.3886
3	given	(0.5975, 0.3021, 0.7428), (0.2732, -0.9476, 0.1656), (0.7539, 0.104, -0.6487)	-14.5367, 9.5143, 27.3022
4	given	(0.4987, -0.666, 0.5548), (-0.6626, -0.7056, -0.2513), (0.5588, -0.2423, -0.7931)	13.5771, 8.2861, -26.6063
5	given	(0.6015, -0.3145, -0.7343), (0.2847, 0.9433, -0.1707), (0.7464, -0.1064, 0.657)	24.3101, 47.7116, 19.6667
6	given	(0.547, 0.7749, 0.3167), (0.8353, -0.4802, -0.2677), (-0.0553, 0.411, -0.91)	-2.8619, 25.4176, 100.2408
7	given	(0.5373, -0.7739, -0.3353), (0.8413, 0.4635, 0.2782), (-0.0599, -0.4315, 0.9001)	-24.1045, 2.1849, 55.5966

#1: タンパク質	ADP-RIBOSYL CYCLASE / ADRC / NAD GLYCOHYDROLASE / NAD(+) NUCLEOSIDASE / NADASE 分子量: 29651.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物) プラスミド: PPICZALPHAA / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 参照: UniProt: P29241, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物	ChemComp-G2Q / GUANOSINE DIPHOSPHATE RIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-NGD / 3-(AMINOCARBONYL)-1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDRO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYD ROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2- YL]PYRIDINIUM / NICOTINAMIDE GUANINE DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドグアニンジヌクレオチド分子量: 680.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₅P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE ADDITIONAL ALANINE AT THE N-TERMINUS ARE ACTUALLY AMINO ACIDS LEFT OVER FROM THE CLEAVAGE OF ...THE ADDITIONAL ALANINE AT THE N-TERMINUS ARE ACTUALLY AMINO ACIDS LEFT OVER FROM THE CLEAVAGE OF THE SECRETORY SIGNALLING PROTEIN FOR SECRETION DURING EXPRESSION FROM PICHIA.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.51 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: 0.1M IMIDAZOLE, PH 7.5, 12-14% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 163820 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 2.5 % / B_iso Wilson estimate: 31.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R12

1r12

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 8.413 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22779	8220	5 %	RANDOM
R_work	0.17691	-	-	-
obs	0.17941	155498	97.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.239 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	-0.41 Å²	0.55 Å²
2-	-	0.39 Å²	0.56 Å²
3-	-	-	-1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16111	0	261	1328	17700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	16850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.011	1.98	22880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.537	5	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.992	23.571	784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.338	15	2800
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.913	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.152	0.2	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	12795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.163	1.5	10047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.003	2	16205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.405	3	6803
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.222	4.5	6675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	556	medium positional	0.14	0.5
2	B	556	medium positional	0.15	0.5
3	C	556	medium positional	0.15	0.5
4	D	556	medium positional	0.2	0.5
5	E	556	medium positional	0.17	0.5
6	F	556	medium positional	0.15	0.5
7	G	556	medium positional	0.18	0.5
8	H	556	medium positional	0.19	0.5
1	A	580	loose positional	0.35	5
2	B	580	loose positional	0.31	5
3	C	580	loose positional	0.42	5
4	D	580	loose positional	0.42	5
5	E	580	loose positional	0.44	5
6	F	580	loose positional	0.35	5
7	G	580	loose positional	0.38	5
8	H	580	loose positional	0.4	5
1	A	556	medium thermal	2.73	2
2	B	556	medium thermal	1.35	2
3	C	556	medium thermal	2.49	2
4	D	556	medium thermal	1.27	2
5	E	556	medium thermal	1.19	2
6	F	556	medium thermal	1.42	2
7	G	556	medium thermal	2.87	2
8	H	556	medium thermal	2.6	2
1	A	580	loose thermal	2.62	10
2	B	580	loose thermal	1.72	10
3	C	580	loose thermal	2.43	10
4	D	580	loose thermal	1.89	10
5	E	580	loose thermal	1.58	10
6	F	580	loose thermal	1.76	10
7	G	580	loose thermal	2.46	10
8	H	580	loose thermal	2.29	10

LS精密化シェル

解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	580	-
R_work	0.229	10860	-
obs	-	-	92.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9342	0.1001	-0.3549	0.4848	-0.0691	1.5792	-0.0111	0.1305	-0.0461	0.02	0.0238	0.0094	0.0781	-0.0524	-0.0127	0.0124	0.009	-0.0195	0.0681	-0.0105	0.1306	-0.2307	1.2614	0.5376
2	0.3416	0.136	0.181	1.0634	-0.765	1.6606	0.0008	0.0005	-0.0568	0.1178	0.117	-0.0021	-0.095	-0.1217	-0.1178	0.0353	0.015	-0.0126	0.0842	0.001	0.0992	-15.7553	-30.9372	67.4886
3	0.9486	0.0236	0.4619	1.0094	-0.0176	0.904	-0.0208	-0.1382	0.0149	-0.0349	0.0397	0.0257	-0.034	-0.0807	-0.0189	0.0043	-0.0099	-0.001	0.104	0.0002	0.1157	-28.8139	-25.408	39.3969
4	1.1643	-0.1868	-0.1946	0.5303	-0.134	0.6384	-0.0065	-0.1829	-0.0292	0.1693	0.0839	0.0663	-0.0406	-0.025	-0.0774	0.0864	0.0411	0.0044	0.0913	-0.0105	0.0988	-14.2192	9.6722	26.5131
5	0.4434	-0.1175	-0.1765	0.9566	-0.7488	1.6952	-0.0238	0.0034	0.0649	-0.0817	0.0584	-0.0575	0.0796	-0.0277	-0.0346	0.0469	0.0258	0.0075	0.0694	-0.0062	0.0931	13.0225	7.742	-27.3008
6	1.354	0.2568	-0.1501	0.5625	-0.0681	1.0246	-0.0935	0.1359	0.0964	-0.3391	0.1595	0.1342	0.0477	-0.0405	-0.066	0.2261	-0.0774	-0.0722	0.0649	0.0285	0.1228	-42.5837	-34.257	13.4364
7	0.6987	0.2068	0.0549	0.9576	-0.9996	1.5586	-0.1301	-0.2124	-0.0332	0.3723	0.1926	0.0734	-0.6557	-0.2571	-0.0625	0.3472	0.1209	0.013	0.1652	0.0148	0.0593	-13.3211	-27.4691	98.2102
8	0.7896	-0.2895	-0.2311	1.022	-0.7673	1.5236	-0.136	0.2945	0.0366	-0.256	0.1246	0.0174	0.6037	-0.2369	0.0114	0.2894	-0.0649	0.0138	0.2066	0.0205	0.0546	15.2474	4.8751	-57.9812

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 5573
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	0 - 301
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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