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- PDB-3zwn: Crystal structure of Aplysia cyclase complexed with substrate NGD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zwn
タイトルCrystal structure of Aplysia cyclase complexed with substrate NGD and product cGDPR
要素ADP-RIBOSYL CYCLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2'-phospho-ADP-ribosyl cyclase/2'-phospho-cyclic-ADP-ribose transferase / phosphorus-oxygen lyase activity / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / single fertilization / positive regulation of B cell proliferation / transferase activity / cytoplasmic vesicle / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP Ribosyl Cyclase; Chain A, domain 1 / ADP-ribosyl cyclase (CD38/157) / ADP-ribosyl cyclase / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLIC GUANOSINE DIPHOSPHATE-RIBOSE / Chem-NGD / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kotaka, M. / Graeff, R. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural Studies of Intermediates Along the Cyclization Pathway of Aplysia Adp-Ribosyl Cyclase.
著者: Kotaka, M. / Graeff, R. / Chen, Z. / Zhang, L.H. / Lee, H.C. / Hao, Q.
履歴
登録2011年8月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月25日Group: Other
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-RIBOSYL CYCLASE
B: ADP-RIBOSYL CYCLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6844
ポリマ－59,4442
非ポリマー1,2402
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area23160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.494, 57.852, 71.303
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8639, -0.3603, -0.352), (-0.3903, 0.0372, 0.9199), (-0.3184, 0.9321, -0.1727)
ベクター: 51.1512, -4.722, 25.9524)

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要素

#1: タンパク質 ADP-RIBOSYL CYCLASE / ADRC / NAD GLYCOHYDROLASE / NAD(+) NUCLEOSIDASE / NADASE


分子量: 29722.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
プラスミド: PPICZALPHAA / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P29241, NAD+ glycohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-CGR / CYCLIC GUANOSINE DIPHOSPHATE-RIBOSE / CYCLIC GDP-RIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-NGD / 3-(AMINOCARBONYL)-1-[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(S)-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDRO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYD ROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2- YL]PYRIDINIUM / NICOTINAMIDE GUANINE DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドグアニンジヌクレオチド


分子量: 680.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O15P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ADDITIONAL ALANINE AT THE N-TERMINUS ARE ACTUALLY AMINO ACIDS LEFT OVER FROM THE CLEAVAGE OF ...THE ADDITIONAL ALANINE AT THE N-TERMINUS ARE ACTUALLY AMINO ACIDS LEFT OVER FROM THE CLEAVAGE OF THE SECRETORY SIGNALLING PROTEIN FOR SECRETION DURING EXPRESSION FROM PICHIA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.71 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.1M IMIDAZOLE, PH 7.5, 12-14% PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 48804 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1.4 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 69.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R12

1r12


解像度: 1.8→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.003 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23278 2484 5.1 %RANDOM
Rwork0.17631 ---
obs0.17914 46173 94.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.843 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-1.1 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4039 0 81 452 4572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0224242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0711.9865766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9845503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.65323.571196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96315700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2271528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21.52523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04924067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33131719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2224.51699
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 133 -
Rwork0.262 2442 -
obs--68.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6496-0.2012-0.16290.71450.29920.3622-0.0022-0.0221-0.0230.0243-0.0053-0.0574-0.02540.02480.00740.0522-0.00590.0070.03990.01250.015939.29751.515819.7319
20.59380.18120.25340.47140.40990.5011-0.0169-0.0196-0.0468-0.04290.00050.0307-0.0315-0.01130.01640.02710.00090.00550.00530.00370.01519.6721-1.518610.9168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 251
2X-RAY DIFFRACTION1A2458
3X-RAY DIFFRACTION2B0 - 251
4X-RAY DIFFRACTION2B5573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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