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万見
- PDB-3zwl: Structure of eukaryotic translation initiation factor eIF3i compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zwl
タイトルStructure of eukaryotic translation initiation factor eIF3i complex with eIF3b C-terminus (655-700)
要素
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I
キーワードTRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / cytoplasmic translational initiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / translational initiation / cytoplasmic stress granule / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / RNA recognition motif ...EIF3I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3B, RNA recognition motif / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Eukaryotic translation initiation factor eIF2A / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Daujotyte, D. / Lukavsky, P.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of an Eif3 Subcomplex Reveals Conserved Interactions Required for a Stable and Proper Translation Pre-Initiation Complex Assembly.
著者: Herrmannova, A. / Daujotyte, D. / Yang, J.C. / Cuchalova, L. / Gorrec, F. / Wagner, S. / Danyi, I. / Lukavsky, P.J. / Shivaya Valasek, L.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22012年4月18日Group: Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I
D: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7324
ポリマ－94,7324
非ポリマー00
水4,252236
1
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3662
ポリマ－47,3662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
2
D: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3662
ポリマ－47,3662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-15.1 kcal/mol
Surface area18610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.469, 126.469, 105.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT I / EIF3I / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 39 KDA SUBUNIT / EIF-3 39 KDA SUBUNIT / EIF3 P39 / TIF34


分子量: 41302.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40217
#2: タンパク質・ペプチド EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 SUBUNIT B / EIF3B / CELL CYCLE REGULATION AND TRANSLATION INITIATION PROTEIN / EUKARYOTIC TRANSLATION ...EIF3B / CELL CYCLE REGULATION AND TRANSLATION INITIATION PROTEIN / EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 3 90 KDA SUBUNIT / EIF3 P90 / TRANSLATION INITIATION FACTOR EIF3 P90 SUBUNIT / PRT1


分子量: 6062.861 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 693-739 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06103
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL HIS TAG AND TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE ARE PRESENT. THREE RESIDUES GSH FROM TEV PROTEASE ...N-TERMINAL HIS TAG AND TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE ARE PRESENT. THREE RESIDUES GSH FROM TEV PROTEASE CLEAVAGE SITE ARE PRESENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.8
詳細: 0.1 M TRIS PH 8.8, 0.1 M LI2SO4, 30% PEG4000, 8% DIAMINOPENTANE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月24日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→54.7 Å / Num. obs: 49844 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
BUCCANEER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→109.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.545 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES B260-271 ARE OMITTED FROM THE PDB FILE DUE TO THE LACK OF ELECTRON DENSITY AROUND THEM.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24706 2524 5.1 %RANDOM
Rwork0.18871 ---
obs0.19166 47261 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.941 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20.4 Å20 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----1.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→109.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6145 0 0 236 6381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0226290
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8821.9428498
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2165764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9524.751301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.14151097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.4051522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2914
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2631.53807
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43426150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.77532483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2034.52348
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 195 -
Rwork0.251 3454 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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