PDB-3zwg: Crystal structure of the pore-forming toxin FraC from Actinia fra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zwg

タイトル

Crystal structure of the pore-forming toxin FraC from Actinia fragacea (form 2)

要素

FRAGACEATOXIN C

キーワード

TOXIN / ION TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / ACTINOPORINS

機能・相同性

機能・相同性情報

nematocyst / pore complex assembly / cytolysis in another organism / other organism cell membrane / channel activity / pore complex / monoatomic cation transport / toxin activity / lipid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ACTINIA FRAGACEA (イソギンチャク)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 3 Å

データ登録者

Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Morante, K. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.A.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Pores of the Toxin Frac Assemble Into 2D Hexagonal Clusters in Both Crystal Structures and Model Membranes.
著者: Mechaly, A.E. / Bellomio, A. / Morante, K. / Agirre, J. / Gil-Carton, D. / Valle, M. / Gonzalez-Manas, J.M. / Guerin, D.M.A.

履歴

登録	2011年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年7月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zwg.cif.gz	1016.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zwg.ent.gz	861.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zwjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jfu-1 4tsn-2 4tsq-3 6sf7-4 3vwi-4 3zwj-2 5bpg-2 3lim-6 4wdc-d 5gwf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FRAGACEATOXIN C

B: FRAGACEATOXIN C

C: FRAGACEATOXIN C

D: FRAGACEATOXIN C

E: FRAGACEATOXIN C

F: FRAGACEATOXIN C

G: FRAGACEATOXIN C

H: FRAGACEATOXIN C

I: FRAGACEATOXIN C

J: FRAGACEATOXIN C

K: FRAGACEATOXIN C

L: FRAGACEATOXIN C

M: FRAGACEATOXIN C

N: FRAGACEATOXIN C

O: FRAGACEATOXIN C

296 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

9

I: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

10

J: FRAGACEATOXIN C

ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

11

K: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

12

L: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

13

M: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

14

N: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

15

O: FRAGACEATOXIN C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.770, 118.770, 431.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	149
Space group name H-M	P312

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1
11	1
12	1
13	1
14	1
15	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:179 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 2:179 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 2:179 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 2:179 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 2:179 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 2:179 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 2:179 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 2:179 )
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 2:179 )
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 2:179 )
11	1	1	CHAIN K AND (RESSEQ 2:179 )
12	1	1	CHAIN L AND (RESSEQ 2:179 )
13	1	1	CHAIN M AND (RESSEQ 2:179 )
14	1	1	CHAIN N AND (RESSEQ 2:179 )
15	1	1	CHAIN O AND (RESSEQ 2:179 )

#1: タンパク質	FRAGACEATOXIN C / FRAC 分子量: 19746.303 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINIA FRAGACEA (イソギンチャク) / 参照: UniProt: B9W5G6

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.77 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 4M SODIUM FORMATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9762
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→66.14 Å / Num. obs: 68444 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 42.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 3→58.969 Å / SU ML: 0.8 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2501	3455	5.1 %
R_work	0.2041	-	-
obs	0.2065	68219	96.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 17.984 Å² / k_sol: 0.317 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.289 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	6.289 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.578 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→58.969 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20835	0	0	0	20835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	21360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.207	28920
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.515	7530
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	3015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3705

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	3	C	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	4	D	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	5	E	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	7	G	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	8	H	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	9	I	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	10	J	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	11	K	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	12	L	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	13	M	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05
1	14	N	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
1	15	O	1389	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.0411	0.3782	147	0.2798	2625	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0411-3.0846	0.3663	145	0.2964	2547	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0846-3.1306	0.3109	128	0.2601	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1306-3.1795	0.3153	148	0.2404	2581	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1795-3.2316	0.3609	120	0.233	2574	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2316-3.2873	0.2892	133	0.2314	2618	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2873-3.3471	0.2421	131	0.2108	2589	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3471-3.4115	0.2583	157	0.202	2570	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4115-3.4811	0.2394	123	0.1933	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4811-3.5568	0.2511	143	0.1877	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5568-3.6395	0.2708	133	0.1952	2586	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6395-3.7305	0.2553	146	0.2184	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7305-3.8314	0.2375	154	0.1914	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8314-3.9441	0.2566	144	0.1804	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9441-4.0714	0.2258	148	0.1833	2593	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0714-4.2169	0.229	148	0.1852	2592	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2169-4.3856	0.2296	151	0.1814	2631	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3856-4.5852	0.2137	131	0.1631	2585	X-RAY DIFFRACTION	97
4.5852-4.8268	0.1571	145	0.1599	2562	X-RAY DIFFRACTION	96
4.8268-5.129	0.2196	138	0.1768	2591	X-RAY DIFFRACTION	96
5.129-5.5248	0.2448	123	0.1944	2556	X-RAY DIFFRACTION	95
5.5248-6.0803	0.2574	116	0.2048	2538	X-RAY DIFFRACTION	93
6.0803-6.9589	0.2679	131	0.2265	2437	X-RAY DIFFRACTION	90
6.9589-8.7629	0.2344	136	0.2143	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
8.7629-58.9799	0.249	136	0.2454	2589	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.314	-0.1049	-0.1994	0.9067	0.8679	1.4337	0.0359	0.0434	-0.0503	-0.0089	0.0932	-0.2217	0.0382	0.1867	-0.2385	-0.0397	0.0728	-0.0573	0.0404	-0.1257	0.093	-13.9702	25.6453	201.1408
2	0.7493	-0.0916	0.0728	0.1384	0.0012	0.1816	0.0158	0.2256	-0.0445	-0.0988	0.0823	0.0793	0.0025	-0.0284	0.2244	-0.4117	0.1256	-0.1971	-0.0713	0.0918	0.0313	-24.1004	32.7295	194.6582
3	0.8467	0.1298	-0.4409	0.0534	-0.024	0.2907	0.0571	0.1079	0.1507	-0.0417	0.0202	0.1546	-0.0497	-0.0937	-0.0516	-0.0682	0.1031	-0.0241	-0.0001	0.1019	0.2179	-30.5607	42.3871	194.9997
4	0.8703	-0.0366	-0.3001	0.2537	0.1662	0.5473	-0.0234	0.1213	0.1773	0.0029	-0.0524	0.0708	-0.0385	-0.0377	-0.1157	-0.1846	0.0066	-0.0945	0.1032	0.0767	0.1575	-18.0187	42.8423	198.7783
5	2.9471	0.4751	1.7409	0.6879	0.275	3.6276	0.0845	0.0524	-0.614	-0.0251	0.0263	0.0377	0.4769	-0.2108	-0.1411	0.1005	-0.0906	-0.0646	0.078	0.0145	0.1564	3.0722	30.8123	206.2791
6	3.1926	2.829	2.3743	2.5848	2.7844	7.7242	0.1765	0.0426	-0.7117	0.1989	0.0223	-0.6744	0.571	0.6972	-0.2093	0.0806	0.0325	-0.0055	0.101	0.0139	0.2193	7.1936	26.88	196.6908
7	0.6224	-0.2067	-0.0807	0.2257	0.0641	0.2103	0.0661	0.1829	0.0631	-0.0956	-0.0992	0.1124	-0.0162	-0.0479	0.0255	-0.4278	0.1304	-0.0065	0.0333	0.0316	0.0892	2.2581	40.6572	194.6121
8	0.6403	-0.0407	-0.2398	0.0213	0.0185	0.1013	0.0038	0.058	0.1711	-0.0127	-0.0129	0.0071	-0.0453	-0.0392	-0.1552	-0.0092	-0.0523	0.0344	0.0253	0.1485	0.2184	3.8389	52.1741	194.6243
9	0.7088	0.387	-0.4382	0.4532	-0.2019	0.5717	0.0167	0.127	0.1696	-0.06	0.0176	0.0276	-0.0594	-0.0968	-0.0837	0.0342	-0.0337	0.1144	0.0641	0.1577	0.2024	15.2546	47.7773	195.4437
10	1.5341	-0.281	-0.1462	0.8005	0.4544	0.7847	-0.0393	-0.0023	0.0262	0.0206	0.0267	-0.1228	0.0131	0.1119	-0.1684	-0.0425	0.0257	0.0144	0.0785	0.0371	0.0999	12.1973	41.4538	201.0145
11	1.7503	0.4841	1.0454	0.4942	0.7638	1.9248	0.0505	0.0236	-0.3159	-0.0165	0.0503	0.0506	0.178	-0.0841	-0.1602	0.048	-0.0846	-0.0819	0.0666	0.08	0.1722	22.1934	18.3232	201.2143
12	0.8505	0.086	-0.0513	0.4598	-0.0057	0.4069	-0.0279	0.1799	-0.0266	-0.155	-0.0041	0.0397	0.0163	-0.0292	0.1235	-0.1848	-0.0311	0.1117	-0.0845	0.0598	0.0465	27.6578	29.2715	194.5101
13	0.4703	-0.3795	-0.1324	1.2877	0.3551	0.172	0.0109	-0.019	0.1182	-0.0001	-0.004	-0.0937	-0.021	-0.0105	-0.0891	0.0253	-0.0028	0.0379	-0.021	0.0167	0.2155	35.8573	36.6024	197.819
14	1.1223	-0.8209	0.1158	1.0711	-0.1924	0.965	0.0173	0.0829	0.1709	-0.0718	-0.027	-0.1707	-0.1186	0.1044	0.0191	0.0843	-0.1124	0.1018	0.1253	0.0785	0.1413	39.6984	32.4224	190.4974
15	0.4157	0.0825	0.0833	0.9973	0.2132	0.5042	-0.0578	-0.0019	-0.0151	-0.0403	-0.0129	-0.0429	0.0115	0.0186	-0.1094	0.0018	-0.0035	-0.0019	-0.0322	0.0627	0.1702	37.3104	23.7879	201.1553
16	1.2625	0.0001	-2.3043	2.7078	-2.7916	7.0866	0.0003	0.1935	-0.1082	-0.0392	0.0171	0.6202	0.173	-0.5108	-0.0229	0.3674	-0.3125	-0.0775	0.47	0.0118	0.2967	18.0077	23.0538	143.3944
17	0.4457	0.2595	0.0332	0.4868	0.1014	0.5441	0.101	-0.1506	-0.0616	0.2384	-0.0532	0.0096	-0.0669	0.0883	0.0976	0.599	-0.5359	-0.1386	0.4062	-0.2269	-0.2671	28.8616	27.9163	151.0405
18	0.5961	-0.0912	-0.0609	1.3643	0.835	1.2265	-0.06	0.0582	0.0536	-0.0485	0.0783	-0.095	-0.1068	0.1727	-0.07	0.4662	-0.3966	0.0489	0.4342	-0.2352	0.1831	36.8369	36.7263	150.9525
19	0.871	0.1477	0.0932	0.9361	0.6047	2.3031	-0.0593	-0.0844	0.066	0.0044	-0.0398	-0.0441	-0.2407	0.118	-0.046	0.6836	-0.3114	0.0316	0.4281	-0.0424	0.0597	24.5238	39.062	147.0295
20	2.532	-1.2415	1.5467	2.3482	-3.7193	8.8622	0.0273	0.0821	-0.7147	-0.1244	0.2046	0.3981	0.7614	-0.5006	-0.2288	0.6431	-0.2063	-0.0139	0.3007	-0.021	0.2628	-1.1027	29.3921	143.4603
21	0.8416	-0.085	-0.0576	0.5591	0.2346	1.3363	0.0214	-0.347	0.0155	0.2973	-0.0004	0.001	0.0176	0.0361	0.0116	0.8273	-0.2806	0.1004	0.3115	-0.2492	-0.2775	4.1235	40.1089	151.0617
22	1.2526	-0.0708	-0.9818	0.4142	0.4859	1.6962	0.0284	-0.1369	0.2313	-0.1257	-0.0359	0.022	-0.4235	0.1159	-0.0555	0.9552	-0.125	0.0667	0.3714	-0.2268	0.3666	4.6189	51.983	150.9199
23	0.8731	0.2138	-0.425	1.4998	0.3231	2.564	0.0027	-0.1509	0.1416	0.1134	-0.13	0.0305	-0.2924	-0.0773	-0.0086	0.7263	-0.1269	0.0694	0.3279	-0.2391	0.1531	-6.339	45.8855	147.0156
24	5.8461	4.7418	4.0368	4.0932	3.8755	4.2524	0.0678	0.0944	-0.5288	0.1805	0.1073	-0.3177	0.7367	0.645	-0.2158	0.511	0.1456	0.0039	0.5028	-0.1384	0.1806	-18.3622	24.6721	139.2847
25	3.4212	-1.4895	3.0953	8.8201	-1.1019	4.9591	0.4379	0.1619	-1.2497	-0.1073	-0.0399	0.104	1.214	-0.2364	-0.3964	0.5156	0.1976	0.0429	0.3909	0.0749	0.4405	-20.8532	18.6486	147.9267
26	0.8308	0.1336	-0.3885	1.0741	0.2032	1.848	-0.0308	-0.4416	0.0373	0.2426	0.0022	0.026	-0.1128	-0.066	-0.024	0.5396	0.3136	0.1386	0.517	-0.1573	-0.0757	-22.4466	33.3287	151.0543
27	0.5815	0.8583	-0.565	2.9597	-0.944	1.9586	0.1668	0.0651	0.2619	-0.0553	-0.0584	0.3417	-0.2947	-0.2112	-0.1376	0.5824	0.3114	0.1171	0.5679	-0.1482	0.3194	-29.5022	42.1602	147.8368
28	2.4234	0.6811	-0.6887	2.9857	2.2442	2.5979	0.1883	-0.0725	0.3629	0.0052	-0.1951	0.2897	-0.2476	-0.16	-0.0155	0.4854	0.3177	0.1068	0.605	-0.1416	0.2602	-33.8637	38.64	155.2227
29	1.4808	-0.3749	-1.1957	1.8146	-0.2052	2.5748	-0.0155	0.0452	0.0181	-0.0142	-0.0952	0.0851	-0.163	-0.2696	0.0116	0.4095	0.2043	0.043	0.6236	-0.0882	0.1254	-33.13	29.7795	144.4992
30	1.1837	-0.1082	-1.4576	2.7537	3.7789	6.6418	-0.155	-0.0935	-0.3025	0.1639	0.2058	-0.3322	0.3783	0.4114	-0.0624	0.4359	0.2489	0.0045	0.2346	-0.0613	0.1736	-9.9981	27.7211	115.8297
31	0.9662	-0.0183	-0.0051	0.7937	-0.3577	1.6811	0.0584	0.2595	0.0118	-0.1647	0.0455	0.0536	0.0251	-0.0742	0.0274	0.5287	0.239	-0.0297	0.157	0.2436	-0.2594	-18.7856	35.842	108.3028
32	1.8923	0.2602	-0.983	1.6725	0.1722	0.5712	0.0882	0.2394	0.3107	-0.1888	-0.0028	0.2134	-0.3188	-0.2406	-0.0975	0.5659	0.27	0.0651	0.2422	0.1686	0.3066	-23.579	46.7127	108.5362
33	0.7537	0.5871	0.7587	1.6399	-0.7785	4.4428	0.2618	0.4105	0.2574	-0.4109	-0.2557	0.0919	-0.56	-0.2025	-0.1267	0.6058	0.1355	0.0891	0.2497	0.0815	0.21	-11.5475	48.9273	109.3628
34	4.0682	-1.3268	-2.2964	2.2553	0.9604	2.9253	0.0843	-0.0609	0.1411	-0.184	0.0169	-0.1601	-0.3155	0.0495	-0.2013	0.4333	0.0866	0.0116	0.1689	-0.1135	0.0501	-10.8273	41.8654	114.8418
35	1.9689	1.1604	1.7771	3.3071	3.4983	4.2764	0.1495	0.0083	-0.6722	0.4535	0.0755	0.0012	0.8468	0.1941	-0.2632	0.4698	-0.0633	0.0087	0.2171	-0.0776	0.2067	10.0425	27.6057	115.8487
36	1.2544	-0.2012	-0.2538	0.8689	-0.15	1.1067	0.1014	0.303	0.0043	-0.2695	0.018	0.0741	-0.093	-0.0489	0.0223	0.6042	-0.1929	0.0527	0.1842	0.0057	-0.1071	8.5693	39.469	108.3077
37	2.3314	-0.3157	-1.0137	0.2862	0.5731	1.828	0.1187	-0.0187	0.2928	0.0737	-0.0872	-0.0687	-0.4399	-0.0013	-0.0993	0.6333	-0.1615	0.0632	0.1462	0.0041	0.1853	11.9338	50.8635	108.524
38	1.8853	0.2877	-0.6128	1.5053	-0.1012	2.2354	-0.0768	0.0801	0.1335	-0.1113	-0.1612	-0.1148	-0.2589	0.1147	0.0504	0.3722	-0.1309	0.0125	0.2325	0.0691	0.0905	20.3267	41.5426	112.4002
39	3.2154	-0.451	2.4138	0.5895	0.4195	2.9076	0.1788	0.0839	-0.5397	0.0301	0.0184	0.4347	0.673	-0.2321	-0.2059	0.4773	-0.269	-0.0721	0.3461	0.0322	0.2468	25.5819	14.6234	115.8049
40	1.2866	-0.2964	-0.1409	1.4131	0.1305	2.3106	0.1381	0.4143	0.0307	-0.462	-0.0794	0.0095	0.0664	-0.0013	0.021	0.4266	-0.2252	0.1198	0.5144	0.0823	-0.0918	32.0405	24.7205	108.305
41	0.1964	0.1574	0.1447	2.7461	0.8771	1.5073	0.0391	-0.1286	0.0438	0.0282	0.0059	-0.2166	-0.1671	0.2888	-0.089	0.2962	-0.2666	0.0751	0.485	-0.0444	0.1267	41.3959	30.9368	111.7611
42	3.6575	-1.2982	-0.8059	3.8806	-3.4057	4.2353	0.1429	0.0271	0.4276	-0.1232	-0.1976	-0.6262	-0.4052	0.3443	0.0848	0.6148	-0.2705	0.1729	0.8093	0.009	0.3897	44.6177	26.296	104.4116
43	1.6868	0.0417	-0.6437	2.5851	0.9618	2.8852	-0.134	-0.1089	-0.0224	-0.0201	-0.0878	-0.1755	-0.012	0.3512	-0.0074	0.3611	-0.0819	0.0953	0.492	-0.0096	0.0826	40.9811	18.0162	115.0053
44	0.8138	0.89	-1.7164	2.6147	-1.8498	4.2018	0.0674	-0.067	-0.1488	0.2137	0.1564	0.5995	0.1382	-0.6798	-0.2827	0.2042	-0.1614	-0.024	0.2724	0.1687	0.2425	20.8112	20.901	56.9375
45	1.5538	0.0641	-0.2164	1.2023	0.4676	2.2112	-0.0246	-0.3907	-0.1327	0.359	0.1089	-0.1097	0.1304	-0.037	-0.031	0.2252	0.0818	-0.0281	0.1818	-0.03	0.004	32.1757	24.6379	64.4718
46	2.2475	-1.3104	-1.5737	2.0782	1.3112	3.5795	0.0094	-0.2605	0.2521	0.0346	0.2014	-0.3884	-0.1086	0.47	-0.2217	0.2527	-0.0132	-0.0814	0.1725	-0.1348	0.2677	41.0551	32.5302	64.2401
47	1.8306	-0.3023	0.1796	1.4441	-0.1134	1.6969	-0.0752	-0.1865	0.2221	0.1229	0.0316	-0.1204	-0.2415	0.0902	0.0172	0.0976	0.0094	-0.0562	0.1311	-0.0461	0.1084	29.0414	36.1486	60.3584
48	0.7292	-0.0129	-0.3771	2.3404	-1.9976	2.4547	-0.0654	-0.035	-0.5255	-0.1391	0.1303	0.2201	0.5403	-0.3435	-0.0494	0.3671	-0.1674	-0.044	0.1359	0.0792	0.2744	2.3955	29.2335	56.9991
49	1.267	0.1505	-0.2173	0.9279	0.1834	1.4493	0.0642	-0.4917	-0.0651	0.2442	-0.063	-0.0212	0.1355	-0.032	0.0045	0.18	-0.1133	-0.0399	0.1219	-0.0587	-0.1562	8.7336	39.4522	64.4361
50	1.4415	-0.2106	-0.9982	0.5568	0.2404	1.8598	0.0858	-0.1079	0.1951	0.108	-0.0103	-0.0882	-0.3278	0.1144	-0.1064	0.1887	-0.0337	-0.0174	0.0678	-0.1414	0.2832	10.4892	51.2005	64.0998
51	1.8328	0.328	0.2118	1.5398	0.2573	1.5672	0.0102	-0.1906	0.2841	0.1448	-0.0395	0.0857	-0.1947	-0.0308	-0.0244	0.2381	-0.0935	0.0099	0.1319	-0.1025	0.0441	-1.0571	46.2435	60.284
52	1.9249	-0.7546	1.084	1.6602	-2.7831	4.6868	0.1945	-0.0373	-0.5105	-0.1391	-0.0263	-0.1147	0.8938	0.0483	-0.2161	0.324	0.0736	-0.1555	0.1099	-0.025	0.1715	-17.1603	23.9554	57.0807
53	0.9661	0.2991	-0.3045	1.0906	0.1536	1.507	0.2396	-0.3879	0.0073	0.3897	-0.1083	-0.0602	0.1393	0.0665	0.049	0.209	-0.1116	0.0335	0.157	-0.1315	-0.2149	-18.7503	35.9065	64.4702
54	1.5038	1.0941	-1.1401	0.802	-0.7162	2.7721	0.0949	-0.0695	0.2741	0.073	0.0163	0.1703	-0.3315	-0.0361	-0.1271	0.1627	-0.0209	0.0802	0.1002	-0.0386	0.1432	-24.8543	46.0923	64.0851
55	1.0232	-0.3472	0.3114	0.2777	0.5916	3.131	0.0382	-0.2044	0.1988	0.2236	-0.0778	0.1217	-0.283	-0.0622	0.0219	0.194	-0.0389	0.1214	0.2328	-0.135	0.3082	-33.6037	37.5441	63.3059
56	1.163	0.639	0.5227	2.2476	-0.7871	2.4279	0.0111	0.0007	0.0096	-0.0366	0.0084	0.0894	0.0576	-0.0372	-0.0561	0.1762	-0.1579	-0.0823	0.1797	-0.0163	0.0247	-28.2302	32.8115	57.915
57	0.7526	0.634	-0.4686	1.9308	2.1838	5.0647	-0.0097	-0.0097	-0.2623	-0.0026	0.0946	-0.3811	0.3278	0.3534	-0.108	0.2541	0.2009	-0.0491	0.1273	-0.0344	0.1656	-6.7865	28.0816	29.3541
58	1.2641	-0.0754	-0.4348	1.0396	-0.4791	2.2236	0.0038	0.2557	-0.0672	-0.2532	-0.058	0.125	0.1834	-0.0821	-0.0709	0.2684	0.0908	-0.0594	0.0955	0.1077	-0.0172	-14.4804	37.1395	21.6967
59	1.8592	0.135	-0.7056	0.9375	-0.7515	1.876	-0.0228	0.12	0.3728	0.0855	0.0695	0.093	-0.3041	-0.1411	-0.0266	0.3441	0.0822	-0.0325	0.1363	0.1173	0.2097	-17.851	48.5268	21.7643
60	0.0898	0.0106	0.473	1.3982	-0.8444	3.0763	0.0903	0.1234	0.1007	-0.2025	0.0168	0.0835	-0.2164	-0.228	-0.1274	0.2079	0.093	0.0689	0.2268	0.1909	0.0998	-5.6479	49.2197	22.5904
61	2.6372	-1.4133	-0.3262	2.2018	0.5668	3.3655	-0.0293	-0.0573	0.115	0.048	-0.0486	-0.0929	0.0294	0.1463	-0.0212	0.1055	0.0738	-0.0514	0.1834	0.0634	0.0154	-5.8187	42.1983	28.1593
62	5.1886	-3.6447	3.7254	2.5687	-2.7855	6.2561	0.3089	-0.1161	-0.7037	-0.417	-0.0239	0.1639	0.8415	-0.2852	-0.357	0.4227	-0.0344	-0.1081	0.1995	0.1061	0.2109	11.3988	28.1478	33.4508
63	5.3249	3.8545	4.4566	6.4322	2.8535	6.584	0.3848	0.0062	-0.7134	0.2807	-0.0461	-0.5493	0.9196	0.1212	-0.2944	0.2436	-0.0525	0.0512	0.0707	-0.0285	0.1697	14.4638	23.2841	23.888
64	1.0356	-0.0602	-0.3909	1.0317	-0.2354	1.6368	-0.0224	0.256	-0.0614	-0.3412	0.03	0.0536	0.0798	-0.1071	0.0004	0.1945	0.0083	0.0841	0.0257	0.2298	-0.1664	13.0519	37.8333	21.7363
65	2.4987	-2.689	-1.2105	3.3755	1.9564	2.6609	0.0162	-0.1692	0.2833	0.0641	0.0275	-0.2766	-0.2633	0.1028	-0.1199	0.3308	-0.0652	0.0414	0.1126	0.0459	0.171	17.2552	48.0448	24.9004
66	1.9764	-0.4423	0.3331	1.2655	-1.7309	3.2101	-0.0158	0.1433	0.1751	0.0608	-0.0358	-0.0597	-0.2279	0.0444	0.0485	0.2478	-0.0585	0.0651	0.046	0.05	-0.0083	22.4722	45.8716	17.5495
67	1.1878	-0.1903	0.0766	2.4309	-0.1264	1.6778	-0.0601	0.0442	0.0317	-0.046	-0.0857	-0.1576	-0.06	0.1092	-0.001	0.2448	0.0902	0.0619	0.0902	0.0845	0.0641	24.1784	37.1663	28.2943
68	4.1753	0.4248	3.5504	1.5068	1.1687	3.7862	0.2251	0.0521	-0.4726	0.0843	-0.1389	0.3645	0.7478	-0.1021	-0.1486	0.311	-0.0628	0.0213	0.2058	-0.0009	0.1712	27.0052	11.5809	29.3689
69	1.1818	0.2959	-0.2459	1.2988	0.4338	2.0726	0.0065	0.3694	0.0422	-0.3546	0.0362	0.0232	-0.1343	-0.0584	-0.0152	0.2923	0.1343	0.1357	0.2278	0.1115	-0.1375	34.5089	20.8182	21.7216
70	0.6529	-0.6273	-0.5252	1.6948	1.078	4.2028	0.0089	0.0194	0.0981	-0.05	0.1436	-0.1919	-0.3301	0.2753	-0.2125	0.1963	0.0418	0.1812	0.3926	0.0659	0.2759	45.0761	26.2555	21.8174
71	0.6153	-0.0955	-0.1032	0.3356	-0.5808	2.5767	-0.0251	0.3089	0.1546	-0.2038	0.1269	-0.1981	-0.1396	0.2996	-0.0843	0.1575	-0.0035	0.1142	0.2387	0.0081	0.159	48.0098	14.3886	22.6701
72	2.0933	0.0589	1.0895	4.0698	1.2009	2.9874	0.0856	-0.0108	-0.0806	-0.0167	-0.0105	-0.1659	0.0933	0.0235	-0.1474	0.2945	0.1156	0.0545	0.1498	0.0846	0.1409	41.0646	13.2587	28.2159

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:26)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 27:115)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 116:137)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 138:179)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 2:15)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 16:26)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 27:115)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 116:137)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 138:155)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 156:179)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 2:26)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESSEQ 27:115)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESSEQ 116:129)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESSEQ 130:147)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESSEQ 148:179)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 2:24)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 25:115)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESSEQ 116:137)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESSEQ 138:179)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN E AND (RESSEQ 2:24)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN E AND (RESSEQ 25:115)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN E AND (RESSEQ 116:137)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	CHAIN E AND (RESSEQ 138:179)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	CHAIN F AND (RESSEQ 2:15)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	CHAIN F AND (RESSEQ 16:24)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	CHAIN F AND (RESSEQ 25:115)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	CHAIN F AND (RESSEQ 116:129)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	CHAIN F AND (RESSEQ 130:147)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	CHAIN F AND (RESSEQ 148:179)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	CHAIN G AND (RESSEQ 2:24)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	CHAIN G AND (RESSEQ 25:115)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	CHAIN G AND (RESSEQ 116:137)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	CHAIN G AND (RESSEQ 138:155)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	CHAIN G AND (RESSEQ 156:179)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	CHAIN H AND (RESSEQ 2:24)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	CHAIN H AND (RESSEQ 25:115)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	CHAIN H AND (RESSEQ 116:137)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	CHAIN H AND (RESSEQ 138:179)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	CHAIN I AND (RESSEQ 2:24)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	CHAIN I AND (RESSEQ 25:115)
41	X-RAY DIFFRACTION	41	CHAIN I AND (RESSEQ 116:129)
42	X-RAY DIFFRACTION	42	CHAIN I AND (RESSEQ 130:147)
43	X-RAY DIFFRACTION	43	CHAIN I AND (RESSEQ 148:179)
44	X-RAY DIFFRACTION	44	CHAIN J AND (RESSEQ 2:24)
45	X-RAY DIFFRACTION	45	CHAIN J AND (RESSEQ 25:115)
46	X-RAY DIFFRACTION	46	CHAIN J AND (RESSEQ 116:137)
47	X-RAY DIFFRACTION	47	CHAIN J AND (RESSEQ 138:179)
48	X-RAY DIFFRACTION	48	CHAIN K AND (RESSEQ 2:24)
49	X-RAY DIFFRACTION	49	CHAIN K AND (RESSEQ 25:115)
50	X-RAY DIFFRACTION	50	CHAIN K AND (RESSEQ 116:137)
51	X-RAY DIFFRACTION	51	CHAIN K AND (RESSEQ 138:179)
52	X-RAY DIFFRACTION	52	CHAIN L AND (RESSEQ 2:24)
53	X-RAY DIFFRACTION	53	CHAIN L AND (RESSEQ 25:115)
54	X-RAY DIFFRACTION	54	CHAIN L AND (RESSEQ 116:137)
55	X-RAY DIFFRACTION	55	CHAIN L AND (RESSEQ 138:155)
56	X-RAY DIFFRACTION	56	CHAIN L AND (RESSEQ 156:179)
57	X-RAY DIFFRACTION	57	CHAIN M AND (RESSEQ 2:24)
58	X-RAY DIFFRACTION	58	CHAIN M AND (RESSEQ 25:115)
59	X-RAY DIFFRACTION	59	CHAIN M AND (RESSEQ 116:137)
60	X-RAY DIFFRACTION	60	CHAIN M AND (RESSEQ 138:155)
61	X-RAY DIFFRACTION	61	CHAIN M AND (RESSEQ 156:179)
62	X-RAY DIFFRACTION	62	CHAIN N AND (RESSEQ 2:15)
63	X-RAY DIFFRACTION	63	CHAIN N AND (RESSEQ 16:26)
64	X-RAY DIFFRACTION	64	CHAIN N AND (RESSEQ 27:115)
65	X-RAY DIFFRACTION	65	CHAIN N AND (RESSEQ 116:129)
66	X-RAY DIFFRACTION	66	CHAIN N AND (RESSEQ 130:147)
67	X-RAY DIFFRACTION	67	CHAIN N AND (RESSEQ 148:179)
68	X-RAY DIFFRACTION	68	CHAIN O AND (RESSEQ 2:24)
69	X-RAY DIFFRACTION	69	CHAIN O AND (RESSEQ 25:115)
70	X-RAY DIFFRACTION	70	CHAIN O AND (RESSEQ 116:137)
71	X-RAY DIFFRACTION	71	CHAIN O AND (RESSEQ 138:155)
72	X-RAY DIFFRACTION	72	CHAIN O AND (RESSEQ 156:179)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)