PDB-3zw8: Crystal Structure Of Rat Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zw8

タイトル

Crystal Structure Of Rat Peroxisomal Multifunctional Enzyme Type 1 (rpMFE1) In Apo Form

要素

PEROXISOMAL BIFUNCTIONAL ENZYME

キーワード

OXIDOREDUCTASE / BETA OXIDATION PATHWAY / LIPID METABOLISM / LYASE / ISOMERASE / PEROXISOME / FATTY ACID METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

Beta-oxidation of very long chain fatty acids / intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / Peroxisomal protein import / Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase / delta(3)-delta(2)-enoyl-CoA isomerase activity / long-chain-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase / enoyl-CoA hydratase / 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase activity / enoyl-CoA hydratase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Kasaragod, P. / Schmitz, W. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2013
タイトル: The Isomerase and Hydratase Reaction Mechanism of the Crotonase Active Site of the Multifunctional Enzyme (Type-1), as Deduced from Structures of Complexes with 3S-Hydroxy- Acyl-Coa.
著者: Kasaragod, P. / Schmitz, W. / Kalervo Hiltunen, J. / Wierenga, R.K.

履歴

登録	2011年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月6日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zw8.cif.gz	288.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zw8.ent.gz	232.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zw8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zw8_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zw8_full_validation.pdf.gz	491.5 KB	表示
XML形式データ	3zw8_validation.xml.gz	53 KB	表示
CIF形式データ	3zw8_validation.cif.gz	74.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zw8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zw/3zw8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zw9C 3zwaC 3zwbC 3zwcC 2x58S 1zcj C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zwc-d 3zwb-d 6z5f-d 2x58-d 3zwa-d 3zw9-d 5mgb-d 6z5v-d 5omo-d 3nvz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PEROXISOMAL BIFUNCTIONAL ENZYME

B: PEROXISOMAL BIFUNCTIONAL ENZYME

ヘテロ分子

163 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.220, 125.680, 226.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	ALA	ALA	A	A	1 - 61	21 - 81
2	1	MET	MET	ALA	ALA	B	B	1 - 61	21 - 81
1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	A	A	75 - 258	95 - 278
2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	B	B	75 - 258	95 - 278
1	3	TRP	TRP	ALA	ALA	A	A	288 - 350	308 - 370
2	3	TRP	TRP	ALA	ALA	B	B	288 - 350	308 - 370
1	4	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	361 - 473	381 - 493
2	4	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	361 - 473	381 - 493
1	5	GLY	GLY	HIS	HIS	A	A	477 - 718	497 - 738
2	5	GLY	GLY	HIS	HIS	B	B	477 - 718	497 - 738

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	PEROXISOMAL BIFUNCTIONAL ENZYME / MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 / PBE / PBFE / ENOYL-COA HYDRATASE/3 / 2-TRANS-ENOYL-COA ISOMERASE / ...MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE-1 / PBE / PBFE / ENOYL-COA HYDRATASE/3 / 2-TRANS-ENOYL-COA ISOMERASE / 3-HYDROXYACYL-COA DEHYDROGENASE 分子量: 80931.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 器官: PEROXISOME / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P07896, enoyl-CoA hydratase, Delta3-Delta2-enoyl-CoA isomerase, 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 詳細: 100MM MES PH 6.0, 150MM AMMONIUM SULPHATE, 15% W/V PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→44 Å / Num. obs: 56678 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X58

2x58

解像度: 2.5→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 10.666 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.736 / ESU R Free: 0.341 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27673	2874	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23004	-	-	-
obs	0.2324	53526	86.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.962 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11092	0	36	245	11373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	11384
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.621	1.981	15425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.977	5	1443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.658	23.274	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.013	15	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.982	15	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.865	1.5	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.807	2	11582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.294	3	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.142	4.5	3843
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	244	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	244	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	736	tight positional	0.07	0.05
2	2	B	736	tight positional	0.07	0.05
3	1	A	252	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	252	tight positional	0.05	0.05
4	1	A	452	tight positional	0.05	0.05
4	2	B	452	tight positional	0.05	0.05
5	1	A	968	tight positional	0.07	0.05
5	2	B	968	tight positional	0.07	0.05
1	1	A	204	medium positional	0.08	0.5
1	2	B	204	medium positional	0.08	0.5
2	1	A	665	medium positional	0.1	0.5
2	2	B	665	medium positional	0.1	0.5
3	1	A	203	medium positional	0.06	0.5
3	2	B	203	medium positional	0.06	0.5
4	1	A	402	medium positional	0.07	0.5
4	2	B	402	medium positional	0.07	0.5
5	1	A	974	medium positional	0.09	0.5
5	2	B	974	medium positional	0.09	0.5
1	1	A	244	tight thermal	0.31	0.5
1	2	B	244	tight thermal	0.31	0.5
2	1	A	736	tight thermal	0.33	0.5
2	2	B	736	tight thermal	0.33	0.5
3	1	A	252	tight thermal	0.15	0.5
3	2	B	252	tight thermal	0.15	0.5
4	1	A	452	tight thermal	0.15	0.5
4	2	B	452	tight thermal	0.15	0.5
5	1	A	968	tight thermal	0.24	0.5
5	2	B	968	tight thermal	0.24	0.5
1	1	A	204	medium thermal	0.34	2
1	2	B	204	medium thermal	0.34	2
2	1	A	665	medium thermal	0.29	2
2	2	B	665	medium thermal	0.29	2
3	1	A	203	medium thermal	0.13	2
3	2	B	203	medium thermal	0.13	2
4	1	A	402	medium thermal	0.15	2
4	2	B	402	medium thermal	0.15	2
5	1	A	974	medium thermal	0.23	2
5	2	B	974	medium thermal	0.23	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	194	-
R_work	0.282	3234	-
obs	-	-	72.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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