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- PDB-3zw6: MODEL OF HEXAMERIC AAA DOMAIN ARRANGEMENT OF GREEN-TYPE RUBISCO A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zw6
タイトルMODEL OF HEXAMERIC AAA DOMAIN ARRANGEMENT OF GREEN-TYPE RUBISCO ACTIVASE FROM TOBACCO.
要素RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC
キーワードPHOTOSYNTHESIS / NEGATIVE STAIN EM
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activator activity / chloroplast stroma / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase-like / : / Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase, AAA, helical / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribulose bisphosphate carboxylase/oxygenase activase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種NICOTIANA TABACUM (タバコ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20 Å
データ登録者Stotz, M. / Mueller-Cajar, O. / Ciniawsky, S. / Wendler, P. / Hartl, F.U. / Bracher, A. / Hayer-Hartl, M.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2011
タイトル: Structure of green-type Rubisco activase from tobacco.
著者: Mathias Stotz / Oliver Mueller-Cajar / Susanne Ciniawsky / Petra Wendler / F Ulrich Hartl / Andreas Bracher / Manajit Hayer-Hartl /
要旨: Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of ...Rubisco, the enzyme that catalyzes the fixation of atmospheric CO(2) in photosynthesis, is subject to inactivation by inhibitory sugar phosphates. Here we report the 2.95-Å crystal structure of Nicotiana tabacum Rubisco activase (Rca), the enzyme that facilitates the removal of these inhibitors. Rca from tobacco has a classical AAA(+)-protein domain architecture. Although Rca populates a range of oligomeric states when in solution, it forms a helical arrangement with six subunits per turn when in the crystal. However, negative-stain electron microscopy of the active mutant R294V suggests that Rca functions as a hexamer. The residues determining species specificity for Rubisco are located in a helical insertion of the C-terminal domain and probably function in conjunction with the N-domain in Rubisco recognition. Loop segments exposed toward the central pore of the hexamer are required for the ATP-dependent remodeling of Rubisco, resulting in the release of inhibitory sugar.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Derived calculations / Other / カテゴリ: cell / struct_conn / Item: _cell.Z_PDB / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年10月30日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1940
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC
B: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC
C: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC
D: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC
E: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC
F: RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,1416
ポリマ－197,1416
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
RIBULOSE BISPHOSPHATE CARBOXYLASE/OXYGENASE ACTIVASE 1, CHLOROPLASTIC / RA 1 / RUBISCO ACTIVASE 1


分子量: 32856.801 Da / 分子数: 6 / 断片: AAA ATPASE DOMAIN, RESIDUES 127-419 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) NICOTIANA TABACUM (タバコ) / プラスミド: PHUENTRCA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q40460

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NICOTIANA TABACUM RUBISCO ACTIVASE (R294V) / タイプ: COMPLEX / 詳細: THE PROTEIN FOR EM CARRIES A R294V MUTATION
緩衝液名称: 20MM TRIS-HCL, 50MM NACL, 2MM MGCL2,1MM ATPGAMMAS / pH: 8 / 詳細: 20MM TRIS-HCL, 50MM NACL, 2MM MGCL2,1MM ATPGAMMAS
試料濃度: 0.04 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl acetate
試料支持詳細: CARBON

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12 / 日付: 2011年6月22日
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 950 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 470 nm / Cs: 2 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k)
画像スキャンデジタル画像の数: 11
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2IMAGIC３次元再構成
3MRC IMAGE PROCESSING PACKAGE３次元再構成
4SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING, EACH PARTICLE
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成手法: ANGULAR RECONSTITUTION / 解像度: 20 Å / 粒子像の数: 599 / ピクセルサイズ（公称値）: 3.308 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3.308 Å
詳細: A MODULE OF ALPHA HELICAL DOMAIN AND ALPHA-BETA DOMAIN OF THE NEIGHBOURING SUBUNIT WAS OVERLAID WITH THE P97 D2 (3CF3) STRUCTURE AND THE HEXAMER WAS FITTED INTO THE EM MAP SUBMISSION BASED ON ...詳細: A MODULE OF ALPHA HELICAL DOMAIN AND ALPHA-BETA DOMAIN OF THE NEIGHBOURING SUBUNIT WAS OVERLAID WITH THE P97 D2 (3CF3) STRUCTURE AND THE HEXAMER WAS FITTED INTO THE EM MAP SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1940. (DEPOSITION ID: 10169).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: LOCAL MINIMISATION, FIT IN MAP / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築PDB-ID: 3T15

3t15


Accession code: 3T15 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12492 0 0 0 12492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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