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- PDB-3zvr: Crystal structure of Dynamin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zvr
タイトルCrystal structure of Dynamin
要素DYNAMIN-1
キーワードHYDROLASE / DRP1 / DRP / ENDOCYTOSIS / MITOCHONDRIAL FISSION / GTPASE / STALK / PH / BSE / MEMBRANE FISSION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synaptic vesicle recycling / presynaptic endocytic zone membrane / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin coat assembly involved in endocytosis / vesicle scission / varicosity / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / dynamin GTPase ...positive regulation of synaptic vesicle recycling / presynaptic endocytic zone membrane / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / clathrin coat assembly involved in endocytosis / vesicle scission / varicosity / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / dynamin GTPase / MHC class II antigen presentation / chromaffin granule / regulation of vesicle size / photoreceptor ribbon synapse / Recycling pathway of L1 / membrane coat / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / endosome organization / G protein-coupled receptor internalization / clathrin-coated vesicle / nitric-oxide synthase binding / response to amyloid-beta / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / regulation of synaptic vesicle endocytosis / D2 dopamine receptor binding / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / photoreceptor inner segment / receptor-mediated endocytosis / protein serine/threonine kinase binding / modulation of chemical synaptic transmission / protein homooligomerization / receptor internalization / SH3 domain binding / endocytosis / synaptic vesicle / GDP binding / presynapse / microtubule binding / protein homotetramerization / microtubule / GTPase activity / synapse / protein kinase binding / GTP binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. ...Dynamin, middle domain / Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ford, M.G.J. / Jenni, S. / Nunnari, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The Crystal Structure of Dynamin
著者: Ford, M.G.J. / Jenni, S. / Nunnari, J.
履歴
登録2011年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Other
改定 1.22011年10月12日Group: Database references / Other
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DYNAMIN-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0774
ポリマ－88,3631
非ポリマー7153
水905
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.450, 191.610, 60.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DYNAMIN-1 / B-DYNAMIN / D100 / DYNAMIN\ / BRAIN


分子量: 88362.633 Da / 分子数: 1 / 断片: DYNAMIN 1 G397D DELTA PRD, RESIDUES 1-752 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: P21575, dynamin GTPase
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 397 TO ASP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.7
詳細: 52.5 MM TRIS.HCL PH 7.7, 175 MM NACL, 32.5 MM NANO3, 20 % V/V PEG 400, 0.97 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, 31.9 MICROM DYN1 G397D DELTA PRD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9488
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月17日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→95.8 Å / Num. obs: 18735 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 101.701 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 66.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AKA CHAIN B, PDB ENTRY 2DYN CHAIN B, PDB ENTRY 3LJB CHAIN B

2aka

2dyn

3ljb


解像度: 3.1→95.805 Å / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 956 5.1 %
Rwork0.2123 --
obs0.2153 18731 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.803 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 114.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0208 Å20 Å20 Å2
2--2.8708 Å20 Å2
3----11.8916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→95.805 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5407 0 48 5 5460
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0987437
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0462168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057837
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1001-3.26350.32851160.30281998X-RAY DIFFRACTION78
3.2635-3.4680.32081340.2822578X-RAY DIFFRACTION100
3.468-3.73580.33291330.24692596X-RAY DIFFRACTION100
3.7358-4.11170.27631550.22092587X-RAY DIFFRACTION100
4.1117-4.70670.27561330.18912616X-RAY DIFFRACTION100
4.7067-5.92980.28761460.21592631X-RAY DIFFRACTION100
5.9298-95.85070.22651390.18872769X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.97780.23381.91424.88531.71446.4055-0.26810.22630.13340.38630.0996-0.43570.31590.02140.1350.8062-0.2415-0.03150.6273-0.00310.628-27.756944.98022.3094
26.8030.65611.01758.7045-0.31227.6285-0.02391.2389-0.3902-0.01120.6862-1.73680.71510.2013-0.3490.5403-0.05830.15951.16680.03741.1041-16.10543.1484-3.0734
37.20050.28461.42536.33890.28796.5376-0.1833-0.15510.7347-0.4690.1108-0.13140.0506-0.71290.31220.8667-0.2777-0.05020.8302-0.07670.6674-31.348150.6257-4.6656
46.76882.46171.71778.38710.68449.0134-0.35490.35030.9853-0.01660.27570.8746-1.2814-0.3850.05010.7468-0.01730.01430.7191-0.02280.6982-39.410459.47455.171
57.06136.03694.52955.44454.2093.00180.9978-2.6893-2.3253-1.6095-0.0632-3.13911.7556-1.6866-0.78341.62550.13580.32231.99120.17062.0215-12.483761.36257.5368
63.4072-0.5804-0.73565.02290.57625.09960.1622-0.85950.29611.5163-0.32290.29560.1441-0.32060.1310.7482-0.11880.04330.7934-0.02080.6391-33.11150.561912.8911
75.59272.68640.89656.34825.01963.6541.06070.7956-2.01870.4803-0.8208-0.4184-0.33970.79320.01171.5490.0976-0.59361.4893-0.48371.6218-38.476913.0903-14.2889
83.757-3.41215.21968.1108-1.80096.7005-0.6029-1.10130.49670.72140.2188-0.30980.4589-0.0740.20131.1195-0.08030.11491.0012-0.08420.6588-49.50958.7631-31.0173
95.51-2.20915.27626.0161-2.41274.3856-0.2147-0.65971.4641-0.1366-0.2535-0.24430.2672-1.67280.61030.4590.1190.11870.7432-0.0680.922-66.807516.7445-57.064
102.5641-0.18282.01110.48781.71019.0111-0.24610.59911.2944-0.99971.5136-0.6523-0.08730.4363-1.24221.40420.16030.06231.37130.53231.115-69.95516.9428-82.0686
114.9177-5.8647-2.92697.28423.43342.0077-1.01682.48-1.6597-0.2598-3.3889-1.38371.27691.25773.68192.13010.14830.16382.04570.08951.6108-67.76025.8084-87.7351
124.5962-0.36552.0573.38780.32116.12950.19570.16930.53960.5158-0.11360.1304-0.00190.72370.0960.6046-0.0960.15850.49360.06930.5924-53.82110.7063-54.4871
135.4636-1.8053.33013.6279-4.57675.9999-0.50250.1011.3728-1.9070.79461.11670.1394-0.4065-0.19210.67010.00890.79860.3646-0.24650.913-98.501421.7547-100.5235
140.4672-0.9246-1.43063.24471.07598.8466-0.1282-2.55763.229-0.35020.27062.67380.51582.96910.5692.141-0.32050.26751.6325-0.20722.3248-98.346544.1388-97.9141
159.49582.0347-3.04754.28740.55618.41470.1455-0.09931.3954-0.09050.027-0.5526-0.13460.8972-0.06050.7614-0.14250.14920.7471-0.08091.3815-97.917830.1553-101.8119
162.90432.4624-1.60548.54541.01065.7869-0.0235-0.64671.86510.41370.1040.411-0.65720.61290.06450.59390.0140.0870.7068-0.05481.0244-101.393228.1354-95.931
178.80180.715.00123.97281.55649.66110.959-0.1452-0.5434-0.28110.07640.58370.9026-0.4121-0.19880.0592-0.06440.25660.2144-0.10140.3069-61.92946.1505-58.4366
183.85695.83664.9589.85946.89586.35390.58150.1553-0.72821.0450.5787-1.0953-0.0165-0.1478-0.70041.4753-0.1586-0.31371.96610.19791.3494-32.188311.4386-29.5027
193.7176-4.9355-3.10627.15195.16386.73650.47072.2107-1.5271-0.3963-0.58460.47890.6304-2.3552-0.69891.9098-0.0991-0.19731.7476-0.02951.3254-36.259924.6418-19.4131
202.4571-0.36580.83872.72352.46845.85270.94620.8303-0.8102-0.1043-0.0256-0.57172.14193.3816-1.11541.86160.027-0.34420.5211-0.33421.2166-33.621624.8486-2.3783
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 5:75)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 76:114)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 115:161)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 162:236)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 237:246)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 247:307)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 308:324)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 325:357)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 358:382)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 383:393)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 394:406)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 407:493)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 494:528)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 529:538)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 539:594)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 595:654)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 655:705)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 706:719)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 720:725)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 726:743)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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