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万見
- PDB-3zuz: Structure of Shq1p C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zuz
タイトルStructure of Shq1p C-terminal domain
要素PROTEIN SHQ1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / RNP ASSEMBLY / X-LINKED DYSKERATOSIS CONGENITA / TELOMERASE (テロメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


Telomere Extension By Telomerase / box H/ACA snoRNP assembly / unfolded protein binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Shq1 protein domain / Protein Shq1 / : / SHQ1 protein, Shq1 domain / SHQ1-like, CS domain / CS domain / CS domain profile. / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
2-プロパノール / Protein SHQ1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Walbott, H. / Machado-Pinilla, R. / Liger, D. / Blaud, M. / Rety, S. / Grozdanov, P.N. / Godin, K. / vanTilbeurgh, H. / Varani, G. / Meier, U.T. / Leulliot, N.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2011
タイトル: The H/Aca Rnp Assembly Factor Shq1 Functions as an RNA Mimic.
著者: Walbott, H. / Machado-Pinilla, R. / Liger, D. / Blaud, M. / Rety, S. / Grozdanov, P.N. / Godin, K. / Van Tilbeurgh, H. / Varani, G. / Meier, U.T. / Leulliot, N.
履歴
登録2011年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN SHQ1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0563
ポリマ－42,9361
非ポリマー1202
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.374, 50.092, 52.083
Angle α, β, γ (deg.)110.46, 98.85, 97.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN SHQ1 / SHQ1P / SMALL NUCLEOLAR RNAS OF THE BOX H/ACA FAMILY QUANTITATIVE ACCUMULATION PROTEIN 1


分子量: 42936.160 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 143-507 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
株: S288C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: P40486
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CRYSTALLIZED AT 291 KELVIN BY THE SITTING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD FROM A 1:1 MIXTURE OF PROTEIN AND PRECIPITANT CONTAINING 20 TO 25 % PEG 4000, 10 % ISOPROPANOL, 100 MM HEPES PH 7.5, 50 MM MGSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35 Å / Num. obs: 54338 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 20.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→21.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9493 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9412 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY RESIDUES 143-163, 345- 361, 473-481, 506-507 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2750 5.06 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.1724 54332 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.23 Å20.2737 Å21.8796 Å2
2--1.348 Å2-6.2755 Å2
3----6.578 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.174 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→21.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2633 0 8 454 3095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012748HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.963729HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1001SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes391HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2748HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion2HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion359SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3764SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2453 165 4.21 %
Rwork0.2289 3755 -
all0.2296 3920 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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