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- PDB-3zul: Padron on (fluorescent) Icis intermediate state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zul
タイトルPadron on (fluorescent) Icis intermediate state
要素FLUORESCENT PROTEIN DRONPA
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP VARIANTS / POSITIVE / PHOTOSWITCHING / FPS / RSFPS / CRYO-PROBE / ISOMERIZATION
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fluorescent protein Dronpa
類似検索 - 構成要素
生物種ECHINOPHYLLIA SP. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Faro, A.R. / Carpentier, P. / Bougeois, D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2011
タイトル: Low-Temperature Chromophore Isomerization Reveals the Photoswitching Mechanism of the Fluorescent Protein Padron.
著者: Regis Faro, A. / Carpentier, P. / Jonasson, G. / Pompidor, G. / Arcizet, D. / Demachy, I. / Bourgeois, D.
履歴
登録2011年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_sheet
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_sheet.number_strands
改定 2.12023年12月20日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "DA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "EA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "FA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 12-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 13-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA
B: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA
C: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA
D: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA
E: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA
F: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,0626
ポリマ－152,0626
非ポリマー00
水9,224512
1
A: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3441
ポリマ－25,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3441
ポリマ－25,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3441
ポリマ－25,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3441
ポリマ－25,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3441
ポリマ－25,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: FLUORESCENT PROTEIN DRONPA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3441
ポリマ－25,3441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.970, 181.380, 72.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
FLUORESCENT PROTEIN DRONPA / PADRON


分子量: 25343.674 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ECHINOPHYLLIA SP. SC22 (無脊椎動物)
Variant: SYNTHETIC CONSTRUCT / プラスミド: PRSET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5TLG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 500 MM MG(NO3)2, 50 MM HEPES (PH 7.5), 26% PEG 3350 AS CRYSTALLIZATION BUFFER. OPTIMIZED CRYSTALS WERE THEN OBTAINED BY MICRO-SEEDING IN THE SAME BUFFER, EXCEPT THAT A REDUCED AMOUNT OF PEG 3350 WAS USED (16%).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 64825 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 22.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z1O

2z1o


解像度: 2.3→46.517 Å / SU ML: 0.81 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 2000 3.1 %
Rwork0.2042 --
obs0.2058 64688 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 14.061 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.156 Å20 Å20 Å2
2---5.2195 Å20 Å2
3---0.0635 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.517 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10314 0 0 512 10826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24314893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4594058
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.35760.36541410.26934420X-RAY DIFFRACTION100
2.3576-2.42130.30391420.24064459X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.49260.28761400.23164398X-RAY DIFFRACTION100
2.4926-2.5730.35391430.23634444X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.6650.30371400.23554428X-RAY DIFFRACTION100
2.665-2.77170.3391430.22494443X-RAY DIFFRACTION100
2.7717-2.89780.26441410.21954464X-RAY DIFFRACTION100
2.8978-3.05050.26571440.2224478X-RAY DIFFRACTION100
3.0505-3.24160.27451420.20994452X-RAY DIFFRACTION100
3.2416-3.49180.25261430.21544501X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-3.84310.28181400.21184373X-RAY DIFFRACTION97
3.8431-4.39880.18541430.16264509X-RAY DIFFRACTION100
4.3988-5.54060.16571470.14194590X-RAY DIFFRACTION100
5.5406-46.52620.22541510.19554729X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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