PDB-3zu2: Structure of the enoyl-ACP reductase FabV from Yersinia pestis wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zu2

タイトル

Structure of the enoyl-ACP reductase FabV from Yersinia pestis with the cofactor NADH (SIRAS)

要素

PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS II / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE REDUCTASE SUPERFAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process / NAD binding
類似検索 - 分子機能

生物種

YERSINIA PESTIS (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Hirschbeck, M.W. / Kuper, J. / Kisker, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure of the Yersinia Pestis Fabv Enoyl-Acp Reductase and its Interaction with Two 2-Pyridone Inhibitors
著者: Hirschbeck, M.W. / Kuper, J. / Lu, H. / Liu, N. / Neckles, C. / Shah, S. / Wagner, S. / Sotriffer, C.A. / Tonge, P.J. / Kisker, C.

履歴

登録	2011年7月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Other
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zu2.cif.gz	182.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zu2.ent.gz	147.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zu2_validation.pdf.gz	805 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zu2_full_validation.pdf.gz	816.2 KB	表示
XML形式データ	3zu2_validation.xml.gz	19.8 KB	表示
CIF形式データ	3zu2_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/3zu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zu3C 3zu4C 3zu5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4bkq-1 2yae-1 2yam-1 2yaf-1 2yar-1 2yaq-1 2yao-1 6jkf-d 1b6r-1 1gjy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011

ヘテロ分子

46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011

ヘテロ分子

A: PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.160, 104.160, 219.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2092- HOH

#1: タンパク質	PUTATIVE REDUCTASE YPO4104/Y4119/YP_4011 / ENOYL-ACP REDUCTASE 分子量: 45921.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) YERSINIA PESTIS (ペスト菌) / 株: CO92 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q8Z9U1
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE (NAI): NADH

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.9 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 1.25M SODIUM MALONATE, 100MM IMIDAZOLE PH 8.25.

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	BESSY	14.1	1	0.918
シンクロトロン	ESRF	ID29	2	1.25

検出器

タイプ	ID	検出器
MARRESEARCH	1	CCD
ADSC CCD	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.918	1
2	1.25	1

反射

解像度: 2.1→39.4 Å / Num. obs: 48035 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 44.83 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→34.821 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2279	2018	5 %
R_work	0.1994	-	-
obs	0.2009	40073	95.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.595 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2821 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2821 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.5641 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.821 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3170	0	45	160	3375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3310
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.136	4497
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.326	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1751	0.3392	192	0.3071	3529	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1751-2.2621	0.3325	190	0.2965	3547	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2621-2.3651	0.3404	198	0.2873	3609	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3651-2.4897	0.3079	206	0.2709	3663	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4897-2.6456	0.3226	193	0.2612	3744	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6456-2.8498	0.2781	168	0.2628	3863	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8498-3.1365	0.2752	221	0.2343	3900	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1365-3.5899	0.237	202	0.2034	3986	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5899-4.5214	0.1835	229	0.1548	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5214-34.8253	0.1779	219	0.1605	4194	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4442	0.2742	-3.8616	3.2957	1.951	4.8114	0.2058	1.7978	0.2545	0.4139	-2.0029	-0.1595	-1.6121	-2.8779	1.5169	1.094	0.2418	-0.0203	1.3154	-0.3864	1.0085	32.2836	92.9212	-35.0184
2	0.8865	0.0701	-0.8068	0.5872	-0.9728	2.6055	-0.2645	0.0148	-0.2274	-0.7404	-0.4171	-0.4084	1.3678	0.2937	0.568	0.8197	0.1132	0.3465	0.1996	0.1568	0.3214	31.6824	77.5379	-15.4223
3	2.2985	0.041	-0.8462	4.0127	-2.6517	3.9346	-0.1124	-0.2034	0.029	0.2436	-0.1136	0.0138	0.0788	-0.7753	0.1463	0.3205	-0.108	0.0468	0.4287	0.0405	0.2688	20.9094	74.6817	8.1886
4	0.159	0.0017	0.1187	4.3679	-1.4556	2.8249	-0.0582	0.0155	-0.0107	0.0019	-0.5312	-0.7894	0.1859	-0.1089	0.4604	0.3344	-0.0456	0.0475	0.3305	0.1816	0.4778	32.0341	78.0207	8.4406
5	0.2267	0.7709	0.0121	5.3128	-0.7007	1.9018	0.0174	-0.0685	0.1372	0.356	-0.6594	-2.0515	-0.1236	0.4239	0.6679	0.3259	-0.0549	-0.0829	0.3736	0.4045	0.9731	43.1047	76.9704	14.6129
6	0.0882	0.4889	0.0531	6.0679	0.5005	0.2197	-0.1606	0.8421	-0.3313	-0.6754	0.0634	-1.7186	0.2427	0.8061	0.1889	1.4137	0.1673	0.6623	0.3047	0.1062	0.9247	39.7004	48.0889	-2.6041
7	0.5537	-0.007	-0.3446	2.1741	-1.1846	2.0242	-0.1789	-0.2036	-0.2884	0.584	-0.7255	-1.6895	0.4755	0.4736	0.8813	0.5096	-0.0405	-0.104	0.4273	0.508	1.1605	45.9292	66.4198	19.0129
8	2.146	-0.8106	1.0969	0.8352	-1.9062	4.835	0.116	-0.1381	-0.7711	-1.6143	-0.3237	-0.8939	1.7755	0.2259	0.2884	1.2375	-0.0745	0.2781	0.2559	0.2645	0.8451	36.8262	50.8006	11.9343
9	2.7652	-0.2123	-1.0996	0.9374	-2.0986	5.5824	0.2064	-0.2468	-0.8762	0.6485	-0.9479	-1.2339	1.0467	0.3446	0.6494	0.642	-0.125	-0.2419	0.2931	0.4434	0.9709	42.8124	62.5204	25.8525
10	0.0722	-0.0526	0.2208	2.3374	-2.1458	2.0839	-0.1958	0.0079	0.0281	-0.4624	-0.3882	-0.6228	0.8842	0.1306	0.5404	0.8868	-0.1559	0.2014	0.3213	0.1636	0.4661	29.9575	56.8583	8.1873
11	0.736	0.6371	0.1047	2.2595	-0.4306	0.1154	-0.1567	-0.0959	-0.1218	0.2033	-0.0787	0.3208	0.3075	-0.7396	0.0887	0.6791	-0.2127	0.1208	0.4842	0.0746	0.3735	21.9174	63.1913	17.4506
12	4.5843	1.5834	0.4709	0.7518	0.8907	3.1575	-0.0406	0.0196	-0.8805	0.5535	-0.5529	-0.4931	0.8587	0.0999	0.5154	0.8573	-0.2264	0.0421	0.48	0.243	0.5284	30.1157	55.5892	23.6533
13	5.2234	6.3001	-5.6764	8.9111	-8.6021	8.8132	-1.1318	-0.2341	-1.5355	-2.5876	0.3629	-0.5844	1.818	-0.418	0.9719	1.6296	-0.4007	0.3267	0.2581	0.0629	0.4933	24.2024	44.736	7.1285
14	4.2146	6.4093	0.9956	9.5564	0.9781	3.0652	0.2917	-0.0682	-0.5183	-0.4313	-0.2397	-0.811	1.8299	-0.7462	0.0182	1.4754	-0.203	0.2102	0.3994	0.0653	0.3993	24.7231	56.3727	-5.5581
15	1.1223	0.8757	1.233	3.9386	-1.2472	5.7743	-0.4706	0.1077	0.4089	-0.684	-0.3612	-0.3444	-0.3629	-0.2181	0.5921	0.3418	0.0281	0.1646	0.2927	0.1127	0.4208	29.1088	81.3129	-4.0098

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 8:13)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 14:37)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 38:62)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 63:122)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 123:176)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 177:205)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 206:245)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 246:263)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN A AND RESID 264:285)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN A AND RESID 286:320)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN A AND RESID 321:345)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN A AND RESID 346:357)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN A AND RESID 358:375)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN A AND RESID 376:399)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN A AND RESID 400:422)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)