PDB-3ztt: Crystal structure of pneumococcal surface antigen PsaA with manganese

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ztt

タイトル

Crystal structure of pneumococcal surface antigen PsaA with manganese

要素

MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

McDevitt, C.A. / Ogunniyi, A.D. / Valkov, E. / Lawrence, M.C. / Kobe, B. / McEwan, A.G. / Paton, J.C.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2011
タイトル: A molecular mechanism for bacterial susceptibility to zinc.
著者: McDevitt, C.A. / Ogunniyi, A.D. / Valkov, E. / Lawrence, M.C. / Kobe, B. / McEwan, A.G. / Paton, J.C.

履歴

登録	2011年7月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年6月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.dist
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ztt.cif.gz	446 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ztt.ent.gz	367.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ztt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ztt_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ztt_full_validation.pdf.gz	511.5 KB	表示
XML形式データ	3ztt_validation.xml.gz	46.6 KB	表示
CIF形式データ	3ztt_validation.cif.gz	62.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3ztt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3ztt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pszS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kzj-1 6xpn-1 6xpn-2 4oxq-3 3gi1-2 5ax0-d 5afs-d 3hh8-d 5z2j-d 5uy4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

B: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

C: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

D: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.334, 107.693, 77.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	1 - 310
2	1	1	2	B	1 - 310
3	1	1	2	C	1 - 310
4	1	1	2	D	1 - 310
1	1	2	2	B	1 - 310
2	1	2	2	A	1 - 310
3	1	2	2	C	1 - 310
4	1	2	2	D	1 - 310
1	1	3	2	C	1 - 310
2	1	3	2	A	1 - 310
3	1	3	2	B	1 - 310
4	1	3	2	D	1 - 310
1	1	4	4	D	1 - 310
2	1	4	4	A	1 - 310
3	1	4	4	B	1 - 310
4	1	4	4	C	1 - 310

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN / PNEUMOCOCCAL SURFACE ADHESIN A / PNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN A / PSAA 分子量: 34143.254 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 19-309 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A4G3, UniProt: P0A4G2*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.1 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 33% PEG 1500, 0.15 M SPG BUFFER PH 4.0, 0.2 M MNSO4.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.89445
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.89445 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→19.8 Å / Num. obs: 28404 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 75.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.74→2.89 Å / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 73.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0066	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PSZ

1psz

解像度: 2.7→19.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 29.345 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.378 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2464	1547	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21507	-	-	-
obs	0.21668	29082	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	0.19 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→19.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8867	0	4	153	9024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	9039
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.627	1.972	12206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.518	5	1108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.924	26.857	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.527	15	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.041	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6748
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.878	1.5	5547
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.778	2	8990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.777	3	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.982	4.5	3216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1112	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	1112	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	1112	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	1112	tight positional	0.03	0.05
2	2	A	1112	tight positional	0.03	0.05
2	1	B	1112	tight positional	0.03	0.05
2	3	C	1112	tight positional	0.03	0.05
2	4	D	1112	tight positional	0.03	0.05
3	2	A	1112	tight positional	0.03	0.05
3	3	B	1112	tight positional	0.03	0.05
3	1	C	1112	tight positional	0.03	0.05
3	4	D	1112	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	1104	medium positional	0.03	0.5
1	2	B	1104	medium positional	0.03	0.5
1	3	C	1104	medium positional	0.03	0.5
1	4	D	1104	medium positional	0.03	0.5
2	2	A	1104	medium positional	0.03	0.5
2	1	B	1104	medium positional	0.03	0.5
2	3	C	1104	medium positional	0.03	0.5
2	4	D	1104	medium positional	0.03	0.5
3	2	A	1104	medium positional	0.03	0.5
3	3	B	1104	medium positional	0.03	0.5
3	1	C	1104	medium positional	0.03	0.5
3	4	D	1104	medium positional	0.03	0.5
4	2	A	2216	medium positional	0.03	0.5
4	3	B	2216	medium positional	0.03	0.5
4	4	C	2216	medium positional	0.03	0.5
4	1	D	2216	medium positional	0.03	0.5
1	1	A	1112	tight thermal	0.05	0.5
1	2	B	1112	tight thermal	0.05	0.5
1	3	C	1112	tight thermal	0.05	0.5
1	4	D	1112	tight thermal	0.05	0.5
2	2	A	1112	tight thermal	0.05	0.5
2	1	B	1112	tight thermal	0.05	0.5
2	3	C	1112	tight thermal	0.05	0.5
2	4	D	1112	tight thermal	0.05	0.5
3	2	A	1112	tight thermal	0.05	0.5
3	3	B	1112	tight thermal	0.05	0.5
3	1	C	1112	tight thermal	0.05	0.5
3	4	D	1112	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	1104	medium thermal	0.05	2
1	2	B	1104	medium thermal	0.05	2
1	3	C	1104	medium thermal	0.05	2
1	4	D	1104	medium thermal	0.05	2
2	2	A	1104	medium thermal	0.05	2
2	1	B	1104	medium thermal	0.05	2
2	3	C	1104	medium thermal	0.05	2
2	4	D	1104	medium thermal	0.05	2
3	2	A	1104	medium thermal	0.05	2
3	3	B	1104	medium thermal	0.05	2
3	1	C	1104	medium thermal	0.05	2
3	4	D	1104	medium thermal	0.05	2
4	2	A	2216	medium thermal	0.05	2
4	3	B	2216	medium thermal	0.05	2
4	4	C	2216	medium thermal	0.05	2
4	1	D	2216	medium thermal	0.05	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.604	112	-
R_work	0.509	2124	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8803	0.2897	1.0463	0.5423	0.0827	1.7801	-0.1248	-0.0395	0.118	-0.0721	0.0324	-0.0012	-0.1139	0.0316	0.0924	0.0372	-0.0014	-0.0115	0.0671	0.0075	0.0869	-31.5612	25.1878	-8.3197
2	0.5975	0.3043	0.53	1.0319	1.0114	1.9031	-0.026	0.0336	-0.0305	-0.2077	0.05	-0.1106	-0.1221	0.1074	-0.024	0.1114	-0.0034	0.0374	0.0888	0.02	0.0869	-47.499	-8.3019	-29.4575
3	0.66	-0.0568	0.3348	0.4352	0.3427	1.642	-0.0408	-0.001	-0.1074	-0.0697	0.054	0.0743	0.0085	-0.2061	-0.0132	0.0405	0.014	0.0147	0.1733	0.0411	0.0929	-62.1408	8.714	10.287
4	1.0901	0.5401	0.2442	1.8662	-0.591	1.7748	0.188	-0.2123	-0.0552	0.3998	-0.2195	-0.2051	-0.1448	0.2103	0.0316	0.0974	-0.0545	-0.0309	0.1499	0.0411	0.1081	-18.6707	5.3799	-44.6621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	32 - 1000
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	32 - 1000
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	32 - 1000
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	32 - 1000

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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