PDB-3zte: Crystal Structure of the TRP RNA-Binding Attenuation Protein (TRA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zte

タイトル

Crystal Structure of the TRP RNA-Binding Attenuation Protein (TRAP) from Bacillus Licheniformis.

要素

TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION FACTORS / TRINUCLEOTIDE REPEATS

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Trp RNA-Binding Attenuation Protein (Trap) from Bacillus Licheniformis.
著者: Shevtsov, M.B. / Chen, Y. / Gollnick, P. / Antson, A.A.

履歴

登録	2011年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2011年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zte.cif.gz	307.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zte.ent.gz	252.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zte_validation.pdf.gz	620.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zte_full_validation.pdf.gz	661.1 KB	表示
XML形式データ	3zte_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	3zte_validation.cif.gz	85.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qawS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wap-1 1wap-2 1qaw-d 4v4f-3 5ef2-1 5ef0-1 1gtn-1 5eeu-1 5ef1-1 5eey-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

B: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

C: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

D: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

E: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

F: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

G: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

H: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

I: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

J: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

K: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

L: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

M: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

N: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

O: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

P: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

Q: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

R: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

S: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

T: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

U: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

V: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

ヘテロ分子

195 kDa, 22 ポリマー
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1

L: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

M: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

N: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

O: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

P: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

Q: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

R: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

S: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

T: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

U: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

V: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.7 kDa, 11 ポリマー
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2

A: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

B: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

C: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

D: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

E: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

F: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

G: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

H: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

I: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

J: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

K: TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.7 kDa, 11 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	145.427, 145.427, 183.071
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	... TRYPTOPHAN OPERON RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN (TRAP) / TRP RNA-BINDING ATTENUATION PROTEIN 分子量: 8679.808 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 組換発現詳細: 22 L-TRYPTOPHAN MOLECULES ARE BOUND (ONE LIGAND PER SUBUNIT) 由来: (組換発現) BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) 株: DSM 13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q65I22, UniProt: A5A665*PLUS
#2: 化合物	... ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	L-TRYPTOPHAN (LTR): THE BOUND L-TRYPTOPHAN ACTIVATES TRAP TO BIND MRNA TRANSCRIPT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS IN BUFFER 50 MM OF POTASSIUM PHOSPHATE; CONCENTRATION 14.7 MG/ML, TEMPERATURE 293K; NO L-TRP WAS ADDED. CRYSTALLISATION CONDITIONS: 0.1 M HEPES PH 7.0, 5% (V/V) TASCIMATE PH 7.0, ...詳細: PROTEIN WAS IN BUFFER 50 MM OF POTASSIUM PHOSPHATE; CONCENTRATION 14.7 MG/ML, TEMPERATURE 293K; NO L-TRP WAS ADDED. CRYSTALLISATION CONDITIONS: 0.1 M HEPES PH 7.0, 5% (V/V) TASCIMATE PH 7.0, 10% (W/V) PEG5KMME. CRYOPROTECTION: 15%(W/V) PEG5KMME, 10%(V/V) GLYCEROL.

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.7 % / 解説: NONE

結晶化

温度: 293 K / pH: 7.5
詳細: PROTEIN WAS IN BUFFER 50 MM OF POTASSIUM PHOSPHATE; CONCENTRATION 14.7 MG/ML, TEMPERATURE 293K; NO L-TRP WAS ADDED. CRYSTALLISATION CONDITIONS: 0.1 M HEPES PH 7.0, 5% (V/V) TASCIMATE PH 7.0, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 76452 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 82.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0110	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QAW

1qaw

解像度: 2.41→44.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.863 / SU B: 13.069 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.361 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.34606	3709	5 %	RANDOM
R_work	0.28063	-	-	-
obs	0.28401	70030	96.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→44.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11580	0	330	472	12382

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.021	12082
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.782	1.976	16206
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.673	5	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.455	25.019	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.44	15	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.554	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1857
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.798	1.5	7493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.5	2	12074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.493	3	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.095	4.5	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.407→2.47 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.451	218	-
R_work	0.374	4193	-
obs	-	-	79.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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