PDB-3zt9: The bacterial stressosome: a modular system that has been adapted...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zt9

タイトル

The bacterial stressosome: a modular system that has been adapted to control secondary messenger signaling

要素

SERINE PHOSPHATASE

キーワード

HYDROLASE / SIGNAL TRANSDUCTION / PROTEIN PROTEIN INTERACTION / RSBS

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Quin, M.B. / Berrisford, J.M. / Newman, J.A. / Basle, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: The Bacterial Stressosome: A Modular System that Has Been Adapted to Control Secondary Messenger Signaling.
著者: Quin, M.B. / Berrisford, J.M. / Newman, J.A. / Basle, A. / Lewis, R.J. / Marles-Wright, J.

履歴

登録	2011年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月23日	Group: Atomic model / Derived calculations / Refinement description
改定 2.0	2018年10月24日	Group: Atomic model / Data collection / Refinement description カテゴリ: atom_site / diffrn_source / software Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zt9.cif.gz	119.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zt9.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zt9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zt9_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zt9_full_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示
XML形式データ	3zt9_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	3zt9_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zt/3zt9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ztaC 3ztbC 3zxnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4of9-d 1eh6-d 3kts-2 3b7g-1 4e2t-2 1qhx-d 1r44-2 5ut8-d 3nml-d 5ilm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SERINE PHOSPHATASE

ヘテロ分子

21.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.000, 46.920, 87.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SERINE PHOSPHATASE / MTX / TYPE 2C PROTEIN PHOSPHATASE 分子量: 20798.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 参照: UniProt: Q2RIF7, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 1 UL PROTEIN, 1 UL CRYSTALLANT, 1 ML WELL, 14 % PEG 3350, 0.2 M NACL, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日
放射	モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→29.48 Å / Num. obs: 19966 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 19.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.75→29.476 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1886	922	5.1 %
R_work	0.152	-	-
obs	0.1538	18067	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.29 Å / VDWプローブ半径: 0.5 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.216 Å² / k_sol: 0.451 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1288 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3124 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1836 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1451	0	10	150	1611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	1518
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5	2077
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.276	561
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.106	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	265

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8423	0.1906	133	0.1757	2386	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.9577	0.1959	134	0.1604	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-2.1088	0.195	128	0.1433	2436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1088-2.321	0.1903	129	0.1415	2419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.6566	0.1907	142	0.1446	2438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6566-3.3463	0.2159	122	0.1451	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3463-29.4805	0.1693	134	0.1592	2581	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3955	-0.1159	-0.0711	0.4575	0.2165	1.8711	0.0666	0.1437	-0.0407	0.0418	0.065	0.1951	-0.1073	-0.6846	0.028	0.102	-0.02	-0.0118	0.1949	0.023	0.1793	15.2926	5.4434	75.5633
2	1.1194	-0.1373	-0.259	1.6468	-0.0743	1.0119	0	0.0518	0.024	-0.2403	0.0818	0.3604	0.4777	-0.2265	-0.0572	0.1494	-0.0457	0.0031	0.1602	0.0022	0.1338	23.2191	0.6272	69.3771
3	1.5953	0.2647	-1.4096	0.8812	0	2.2007	-0.0773	-0.0021	-0.1233	-0.1073	0.0034	-0.0521	0.3227	0.1698	0.0162	0.1454	-0.0012	-0.013	0.1363	0.0039	0.1377	27.4814	0.8246	73.7145
4	0.8936	0.1406	0.1995	0.6795	0.4119	0.6386	-0.0751	0.067	-0.2764	-0.0712	0.2098	-0.0638	0.533	0.1718	0.0866	0.216	0.0306	0.002	0.1357	-0.0352	0.1717	29.3619	-6.3032	69.6253
5	1.9723	-0.8184	-2.3071	0.588	1.3291	5.5778	-0.2446	0.2422	-0.493	0.1862	-0.0712	-0.0062	0.7729	-0.5744	-0.1253	0.3295	0.1205	-0.0233	0.0865	-0.0099	0.1894	33.4149	-8.9256	80.0634
6	0.6299	-0.0235	0.0173	0.5585	-0.1857	1.5972	-0.0821	-0.1333	-0.187	0.0273	0.106	-0.0204	0.5379	0.151	0.2204	0.1676	0.0032	-0.0184	0.1334	-0.0021	0.1737	28.0714	-0.9885	82.8895
7	0.2892	-0.2045	0.1834	0.6247	0.1216	0.5816	0.0303	-0.0872	0.1369	0.0842	0.0641	-0.1739	-0.0227	0.0595	-0.0313	0.1182	0.0053	-0.0048	0.1671	-0.0252	0.1705	28.835	10.3388	84.7537
8	0.5347	0.5953	0.3095	0.8747	-0.1183	1.1812	0.1058	0.0081	-0.1195	0.0591	0.0508	-0.1367	0.1253	0.2719	0.0642	0.1201	0.0392	-0.0293	0.1716	-0.0334	0.1553	31.2421	3.0268	83.7603
9	0.7644	-0.2875	0.0319	0.9542	0.3681	0.1677	-0.0897	-0.2455	0.2157	0.1229	0.1187	-0.1051	-0.0435	0.0154	-0.0149	0.1496	0.0146	0.0003	0.1752	0.0006	0.1389	19.7565	15.9193	76.8858
10	1.0489	0.6551	-0.0096	1.6028	0.7949	0.5505	0.28	0.2897	-0.0277	-0.0473	-0.1815	0.1611	0.1602	-0.1452	-0.1419	0.1788	0.0431	-0.0204	0.1616	0.0398	0.1699	16.4997	13.6329	70.3287
11	0.9256	-0.2137	-0.1505	0.1113	-0.168	0.613	0.2435	-0.0531	0.2668	-0.0316	0.023	0.0538	-0.3519	0.1148	-0.0958	0.151	-0.0016	0.0286	0.144	0.0057	0.1598	24.1151	10.2229	69.6103

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:11)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 12:30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 31:42)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 43:60)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 61:76)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 77:101)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 102:120)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 121:148)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 149:168)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 169:180)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 181:193)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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