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- PDB-3zst: GlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor with alpha-cyclodextr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zst
タイトルGlgE isoform 1 from Streptomyces coelicolor with alpha-cyclodextrin bound
要素PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
キーワードHYDROLASE / ALPHA-GLUCAN BIOSYNTHESIS / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 13_3
機能・相同性
機能・相同性情報


starch synthase (maltosyl-transferring) / alpha-glucan biosynthetic process / hexosyltransferase activity / oligosaccharide catabolic process / alpha-amylase activity
類似検索 - 分子機能
: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta ...: / GLGE, C-terminal / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase, domain N/S / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-cyclodextrin / Alpha-1,4-glucan:maltose-1-phosphate maltosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of a Streptomyces Maltosyltransferase Glge: A Homologue of a Genetically Validated Anti-Tuberculosis Target.
著者: Syson, K. / Stevenson, C.E.M. / Rejzek, M. / Fairhurst, S.A. / Nair, A. / Bruton, C.J. / Field, R.A. / Chater, K.F. / Lawson, D.M. / Bornemann, S.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月26日Group: Database references
改定 1.22011年11月9日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,1735
ポリマ－155,1302
非ポリマー2,0443
水13,169731
1
B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
ヘテロ分子

B: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,1114
ポリマ－155,1302
非ポリマー1,9822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-27.5 kcal/mol
Surface area52490 Å2
手法PISA
2
A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
ヘテロ分子

A: PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,2366
ポリマ－155,1302
非ポリマー2,1064
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-15.1 kcal/mol
Surface area52080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.240, 113.240, 314.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 15 - 663 / Label seq-ID: 35 - 683

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 PUTATIVE GLUCANOHYDROLASE PEP1A GLGE ISOFORM 1 / GLGE ISOFORM 1 / PEP1A / SCO5443 / 1-4-ALPHA-D-


分子量: 77564.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES COELICOLOR (バクテリア)
株: M145 / プラスミド: PET15B-GLGE1-M145 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS
参照: UniProt: Q9L1K2, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 多糖 Cyclohexakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / alpha-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: alpha-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,6,6/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a1-f4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細ETHYLENE GLYCOL (EDO): USED IN THE CRYOPROTECTANT
配列の詳細INCLUDES AN ADDITIONAL 20 RESIDUES AT THE N-TERMINUS FOR NICKEL AFFINITY PURIFICATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→71.35 Å / Num. obs: 85772 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -9 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 33.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 23.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / % possible all: 66

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0101精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SEMET DERIVATIVE MODEL SOLVED BY MAD

解像度: 2.3→106.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 8.303 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20132 4301 5 %RANDOM
Rwork0.17257 ---
obs0.17401 81357 93.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.08 Å20 Å20 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3----2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→106.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10239 0 136 731 11106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02210770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.97114763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.133.00117692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.01151315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05122.282517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.877151583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.18315115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02112013
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 24469 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 163 -
Rwork0.195 3635 -
obs--58.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2079-0.3868-0.37190.53210.15397.22640.01280.12460.0150.13160.02050.02760.0392-0.1972-0.03330.04690.01030.01310.0877-0.00470.182811.119731.9227-2.1467
21.9537-0.8341.61246.4479-2.93877.091-0.0498-0.23390.18780.43720.14520.1276-0.4549-0.0649-0.09540.12740.0214-0.00410.2384-0.01890.2734-0.608747.2681-23.2577
30.1887-0.5123-0.4911.46661.549620.78070.0393-0.09140.09780.02090.333-0.30810.7587-0.4097-0.37220.0719-0.0005-0.04160.1999-0.0050.1538.677727.01740.9477
40.44660.0309-0.09541.67520.11520.90010.0354-0.02-0.02440.202-0.0043-0.0420.0226-0.0165-0.03110.170.00390.01830.00170.00290.1124.009530.490733.3443
52.60151.30720.32612.83451.14872.2866-0.03720.34150.482-0.47050.04070.0272-0.6969-0.085-0.00360.47250.02960.08070.06630.06330.250827.14857.894614.6555
61.3034-0.69560.06391.15210.14827.6182-0.0521-0.2030.00570.06920.12390.1346-0.0276-0.8218-0.07180.16340.0339-0.02690.4640.01510.2153-41.389292.0143-4.0171
73.3353-0.38070.9654.1405-1.76855.1965-0.2509-0.30670.21920.33590.05060.1185-0.3107-0.25660.20030.30670.0374-0.05570.3698-0.04520.3386-52.4584104.4101-26.773
82.27280.49525.8123.75915.030519.02170.19310.00530.160.7159-0.65760.10031.673-0.68690.46450.4465-0.21510.07440.67770.06890.2331-43.99487.3479-0.6336
90.68250.0129-0.07321.69750.24081.6950.0167-0.16990.0040.136-0.04670.0117-0.1265-0.36480.030.22640.038-0.01050.34-0.01040.2058-31.97993.713332.7696
104.10320.62251.45033.28490.7594.0294-0.24410.28050.8342-0.6175-0.0302-0.0991-1.2799-0.2490.27430.92290.1111-0.02260.32490.04970.4445-26.356119.375512.6067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 192
3X-RAY DIFFRACTION3A193 - 205
4X-RAY DIFFRACTION4A206 - 573
5X-RAY DIFFRACTION5A574 - 663
6X-RAY DIFFRACTION6B15 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7B109 - 192
8X-RAY DIFFRACTION8B193 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9B206 - 573
10X-RAY DIFFRACTION10B574 - 663

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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