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- PDB-3zs5: Structural basis for kinase selectivity of three clinical p38alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zs5
タイトルStructural basis for kinase selectivity of three clinical p38alpha inhibitors
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
キーワードTRANSFERASE / TAK-715 / SCIO-469 / VX-745 / SB-203580
機能・相同性
機能・相同性情報


stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion ...stress-activated protein kinase signaling cascade / positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / CD163 mediating an anti-inflammatory response / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of muscle cell differentiation / Myogenesis / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Activation of the AP-1 family of transcription factors / D-glucose import / p38MAPK cascade / ERK/MAPK targets / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / response to dietary excess / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / MAP kinase kinase activity / regulation of ossification / signal transduction in response to DNA damage / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / MAP kinase activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / cellular response to ionizing radiation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / stem cell differentiation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / platelet activation / positive regulation of protein import into nucleus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / glucose metabolic process / cell morphogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / chemotaxis / spindle pole / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / cellular senescence / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / angiogenesis / protein phosphatase binding / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SB2 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Azevedo, R. / van Zeeland, M. / Raaijmakers, H.C.A. / Kazemier, B. / Oubrie, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: X-ray structure of p38 alpha bound to TAK-715: comparison with three classic inhibitors.
著者: Azevedo, R. / van Zeeland, M. / Raaijmakers, H. / Kazemier, B. / de Vlieg, J. / Oubrie, A.
履歴
登録2011年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月25日Group: Database references
改定 1.22012年8月15日Group: Database references
改定 1.32018年2月7日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6437
ポリマ－41,4941
非ポリマー1,1486
水5,242291
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.492, 70.036, 75.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE 14 / P38A / MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / ...P38A / MAP KINASE 14 / MAPK 14 / CYTOKINE SUPPRESSIVE ANTI-INFLAMMATORY DRUG-BINDING PROTEIN / CSAID-BINDING PROTEIN / CSBP / MAP KINASE MXI2 / MAX-INTERACTING PROTEIN 2 / MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE P38 ALPHA / MAP KINASE P38 ALPHA / SAPK2A


分子量: 41494.277 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PMAL-C2X LIKE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-SB2 / 4-[5-(4-FLUORO-PHENYL)-2-(4-METHANESULFINYL-PHENYL)-3H-IMIDAZOL-4-YL]-PYRIDINE


分子量: 377.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16FN3OS
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 291 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細4-[5-(4-FLUORO-PHENYL)-2-(4-METHANESULFINYL-PHENYL)-3H-IMIDAZOL-4-YL -PYRIDINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: HANGING DROP, ROOM TEMP, 20 MM HEPES PH7.1, 50 MM NACL, 10 MM DTT, 5% GLYCEROL, 0.1 G/L METHIONINE, 28% PEG 4K,0.1 M MES PH=6.5, 50 MM N-OCTYL-BETAGLUCOSIDE. CRYOPROTECTANT 28% PEG 4K, 0.1M ...詳細: HANGING DROP, ROOM TEMP, 20 MM HEPES PH7.1, 50 MM NACL, 10 MM DTT, 5% GLYCEROL, 0.1 G/L METHIONINE, 28% PEG 4K,0.1 M MES PH=6.5, 50 MM N-OCTYL-BETAGLUCOSIDE. CRYOPROTECTANT 28% PEG 4K, 0.1M MES PH5.9, 50 MM N-OCTYL-BETAGLUCOSIDE, 20% ETHYLENE GLYCOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40.7 Å / Num. obs: 44440 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 75.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→51.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.941 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LYS 53 SHOWS SOME DISORDER AROUND NZETA AND FORMS A SALTBRIDGE TO GLU71. TWO WATERS NEXT TO LYS53 ARE PROBABLY ONLY PARTLY OCCUPIED. THERE ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. LYS 53 SHOWS SOME DISORDER AROUND NZETA AND FORMS A SALTBRIDGE TO GLU71. TWO WATERS NEXT TO LYS53 ARE PROBABLY ONLY PARTLY OCCUPIED. THERE IS AN ADDITIONAL HYDROPHOBIC LIGAND IN THE ATP POCKET. I'VE PUT A B-OCTYLGLUCOSIDE INSIDE THOUGH THE GLUCOSIDE PART ISN'T VERY CLEAR. IT COULD BE A SIDE CHAIN FROM THE ACTIVATION LOOP BUT IT DOESN'T MAKE H-BONDS. METHIONINE WOULD BE A BIT SHORT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21527 2232 5 %RANDOM
Rwork0.18433 ---
obs0.18586 42175 93.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→51.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2740 0 75 291 3106
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022053
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9824045
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84435008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3665364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.47223.741139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.87915517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2751521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2449
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213254
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45821748
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3632692
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.36732849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76821229
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.77631186
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 102 -
Rwork0.304 2201 -
obs--66.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5596-0.3054-0.05990.61890.02870.39750.0348-0.01290.1591-0.0177-0.0144-0.0671-0.06020.0378-0.02050.0925-0.01120.00070.02360.00750.031212.1531.86917.067
23.2531-3.6273-1.649113.6301-0.90715.38810.2371-0.33350.41830.89750.01340.1077-0.2553-0.3762-0.25060.1955-0.09330.08890.2052-0.02560.1978-13.17230.18136.952
31.8692-0.00411.30812.1985-1.0154.61650.0736-0.1107-0.1683-0.04260.03970.03380.14930.005-0.11330.0667-0.0012-0.02380.01210.01710.043625.82917.41325.605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 166
2X-RAY DIFFRACTION1A185 - 240
3X-RAY DIFFRACTION1A266 - 321
4X-RAY DIFFRACTION1A1000
5X-RAY DIFFRACTION2A241 - 265
6X-RAY DIFFRACTION3A322 - 352

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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