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- PDB-3zq9: Structure of a Paenibacillus Polymyxa Xyloglucanase from Glycosid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zq9
タイトルStructure of a Paenibacillus Polymyxa Xyloglucanase from Glycoside Hydrolase Family 44
要素XYLOGLUCANASE
キーワードHYDROLASE / GH44 / XYLOGLUCAN / ENDO-GLUCANASE
機能・相同性
機能・相同性情報


substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / cellulose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Glycoside hydrolase family 26 / Carbohydrate binding module (family 35) / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 ...Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Glycoside hydrolase family 26 / Carbohydrate binding module (family 35) / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Cellulose binding domain / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding module 3 / Carbohydrate-binding module 3 superfamily / CBM3 (carbohydrate binding type-3) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Chem-NOY / Cel44C
類似検索 - 構成要素
生物種PAENIBACILLUS POLYMYXA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Ariza, A. / Eklof, J.M. / Spadiut, O. / Offen, W.A. / Roberts, S.M. / Besenmatter, W. / Friis, E.P. / Skjot, M. / Wilson, K.S. / Brumer, H. / Davies, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure and Activity of Paenibacillus Polymyxa Xyloglucanase from Glycoside Hydrolase Family 44.
著者: Ariza, A. / Eklof, J.M. / Spadiut, O. / Offen, W.A. / Roberts, S.M. / Besenmatter, W. / Friis, E.P. / Skjot, M. / Wilson, K.S. / Brumer, H. / Davies, G.
履歴
登録2011年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月27日Group: Other / Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Other
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AD" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOGLUCANASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,74511
ポリマ－57,8861
非ポリマー85910
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.610, 83.610, 157.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 XYLOGLUCANASE


分子量: 57886.160 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 36-559 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PAENIBACILLUS POLYMYXA (バクテリア)
株: GS01 / 発現宿主: BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株 (発現宿主): SHA273
参照: UniProt: Q1A2D0, cellulase, xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
#3: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 697分子

#2: 化合物 ChemComp-NOY / (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL / ノイロマイシン


分子量: 163.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 164 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 191 TO TYR
非ポリマーの詳細BETA-D-GLUCOSE (GLC): GLUCOSE IS PART OF A DISACCHARIDE IN THIS STRUCTURE, WITH C1 GLUCOSE BOUND TO ...BETA-D-GLUCOSE (GLC): GLUCOSE IS PART OF A DISACCHARIDE IN THIS STRUCTURE, WITH C1 GLUCOSE BOUND TO O4 NOEUROMYCIN (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL (NOY): O4 NOEUROMYCIN IS BOUND TO C1 BETA-D-GLUCOSE
配列の詳細SEQUENCE IN DATABASE IS SEQUENCE 2 FROM PATENT US 6815192, WHICH IS FOR A XYLOGLUCANASE-BETA- ...SEQUENCE IN DATABASE IS SEQUENCE 2 FROM PATENT US 6815192, WHICH IS FOR A XYLOGLUCANASE-BETA-MANNANASE (CEL44C-MAN26A), AND THIS STRUCTURE IS FOR THE XYLOGLUCANASE PORTION. DISCREPANCIES WITH UNIPROT SEQUENCE Q1A2D0 MAY BE DUE TO SMALL VARIATIONS BETWEEN DIFFERENT STRAINS OF THE SAME ORGANISM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% (W/V) PEG 3350, 0.2M LITHIUM SULPHATE, 0.1M HEPES PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→42.52 Å / Num. obs: 54053 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 11.3 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0116精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YKK

2ykk


解像度: 1.86→22.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.755 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 1-6 AND 519-524 ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17122 2720 5 %RANDOM
Rwork0.13669 ---
obs0.13837 51240 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.16 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→22.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3992 0 50 688 4730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224314
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5531.9495900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1425569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.71725.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60415719
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5341515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 185 -
Rwork0.17 3220 -
obs--92.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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