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万見
- PDB-3zq4: Unusual, dual endo- and exo-nuclease activity in the degradosome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zq4
タイトルUnusual, dual endo- and exo-nuclease activity in the degradosome explained by crystal structure analysis of RNase J1
要素RIBONUCLEASE J 1
キーワードHYDROLASE / RNA MATURATION
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / RNA endonuclease activity / mRNA processing / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease J, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0036 signature. / Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / : / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J ...Ribonuclease J, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0036 signature. / Ubiquitin-like (UB roll) - #580 / Metallo-hydrolase/oxidoreductase / : / Ribonuclease J, bacteria / Ribonuclease J, C-terminal / Ribonuclease J C-terminal domain / Ribonuclease J, beta-CASP domain / Ribonuclease J / Ribonuclease J, domain 2 / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Ubiquitin-like (UB roll) / 4-Layer Sandwich / Roll / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種BACILLUS SUBTILIS (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Unusual, Dual Endo- and Exonuclease Activity in the Degradosome Explained by Crystal Structure Analysis of Rnase J1.
著者: Newman, J.A. / Hewitt, L. / Rodrigues, C. / Solovyova, A. / Harwood, C.R. / Lewis, R.J.
履歴
登録2011年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle ...entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn_type.id
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_data_processing_status.task_name
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE J 1
C: RIBONUCLEASE J 1
D: RIBONUCLEASE J 1
E: RIBONUCLEASE J 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,05416
ポリマ－246,3704
非ポリマー68412
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15490 Å2
ΔGint-383.2 kcal/mol
Surface area84280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.823, 209.430, 74.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-517-

GLU

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 7:439 )
211CHAIN C AND (RESSEQ 7:439 )
311CHAIN D AND (RESSEQ 7:439 )
411CHAIN E AND (RESSEQ 7:439 )
112CHAIN A AND (RESSEQ 465:474 OR RESSEQ 479:492 OR RESSEQ...
212CHAIN C AND (RESSEQ 465:474 OR RESSEQ 479:492 OR RESSEQ...
312CHAIN D AND (RESSEQ 465:474 OR RESSEQ 479:492 OR RESSEQ...
412CHAIN E AND (RESSEQ 465:474 OR RESSEQ 479:492 OR RESSEQ...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6833, 0.7129, 0.1577), (0.7034, 0.585, 0.4038), (0.1956, 0.3869, -0.9012)43.9974, -41.3802, 85.6027
2given(-0.9817, 0.03114, -0.1881), (0.04905, -0.9121, -0.407), (-0.1842, -0.4088, 0.8938)103.477, 92.6867, 30.271
3given(0.6659, -0.7455, -0.02656), (-0.746, -0.6657, -0.01941), (-0.003214, 0.03274, -0.9995)44.5042, 98.1649, 114.186

-
要素

#1: タンパク質
RIBONUCLEASE J 1 / RNASE J1


分子量: 61592.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS SUBTILIS (枯草菌) / 株: 168 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q45493, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.2 M CACL2, 0.1 M TRIS.HCL, PH 8.0, 10 % (W/V) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9804
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9804 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 55920 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 61.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.5_2)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BK1

3bk1


解像度: 3→29.76 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0.52 / 位相誤差: 25.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 2830 5.1 %
Rwork0.214 --
obs0.216 55828 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.11 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-19.6085 Å20 Å20 Å2
2---12.9032 Å20 Å2
3----6.7053 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16889 0 12 0 16901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32423234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9826421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0992646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063033
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3347X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C3347X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.054
13D3347X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
14E3347X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
21A551X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C551X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.095
23D567X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.092
24E567X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.09
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.10710.36812960.31275201X-RAY DIFFRACTION99
3.1071-3.23140.35992750.29815279X-RAY DIFFRACTION100
3.2314-3.37830.31262880.26755256X-RAY DIFFRACTION100
3.3783-3.55610.32582660.25015286X-RAY DIFFRACTION100
3.5561-3.77850.29522880.22125262X-RAY DIFFRACTION100
3.7785-4.06960.25632770.2065274X-RAY DIFFRACTION100
4.0696-4.47790.20662800.17665328X-RAY DIFFRACTION100
4.4779-5.1230.20762950.1615294X-RAY DIFFRACTION99
5.123-6.44360.21862720.17935354X-RAY DIFFRACTION99
6.4436-29.7580.21692930.19875464X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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