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- PDB-3zq3: Crystal Structure of Rat Odorant Binding Protein 3 (OBP3) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zq3
タイトルCrystal Structure of Rat Odorant Binding Protein 3 (OBP3)
要素OBP3 PROTEIN
キーワードODORANT BINDING PROTEIN / LIPOCALIN / ENTHALPY-ENTROPY
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone binding / odorant binding / small molecule binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Major urinary protein / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2u globulin / Obp3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Portman, K.L. / Long, J. / Carr, S. / Brand, L. / Winzor, D.J. / Searle, M. / Scott, D.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Enthalpy/Entropy Compensation Effects from Cavity Desolvation Underpin Broad Ligand Binding Selectivity for Rat Odorant Binding Protein 3
著者: Portman, K.L. / Long, J. / Carr, S. / Briand, L. / Winzor, D.J. / Searle, M.S. / Scott, D.J.
履歴
登録2013年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Structure summary
改定 1.22014年5月7日Group: Database references
改定 1.32014年5月14日Group: Database references
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OBP3 PROTEIN
B: OBP3 PROTEIN
C: OBP3 PROTEIN
D: OBP3 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7574
ポリマ－79,7574
非ポリマー00
水00
1
A: OBP3 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9391
ポリマ－19,9391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: OBP3 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9391
ポリマ－19,9391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: OBP3 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9391
ポリマ－19,9391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: OBP3 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9391
ポリマ－19,9391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.980, 100.530, 72.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 20 - 178 / Label seq-ID: 14 - 172

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
OBP3 PROTEIN / ODORANT BINDING PROTEIN 3 / PROTEIN LOC259244 / RCG31933 / ISOFORM CRA_A / RAT SALIVARY GLAND ...ODORANT BINDING PROTEIN 3 / PROTEIN LOC259244 / RCG31933 / ISOFORM CRA_A / RAT SALIVARY GLAND (ALPHA)2(MU) GLOBULIN / TYPE 1


分子量: 19939.244 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / プラスミド: PQE31 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q78E14, UniProt: Q63213*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.02 M D-GLUCOSE, 0.02 M D-GALACTOSE, 0.02 M L-FUCOSE, 0.02M D-XYLOSE, 0.02M N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE, 0.1 M MORPHEUS BUFFER 1 PH 6.5, 10 % W/V POLYETHYLENE GLYCOL, 20 % POLYETHYLENE GLYCOL 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月21日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→67.8 Å / Num. obs: 19952 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A2U

2a2u


解像度: 2.8→67.776 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.313 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1025 5.11 %RANDOM
Rwork0.2176 ---
obs0.219 19938 95.279 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 43.566 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.367 Å20 Å20.698 Å2
2---0.107 Å20 Å2
3---1.723 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→67.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5132 0 0 0 5132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.024868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9437020
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9053.00111192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4235632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.41225.211284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.63615952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8171528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.2890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3580.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.22572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2074.1972540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2074.1972539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3436.2863168
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7754.5532676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1856.6663852
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A99470.04
12B99470.04
21A99860.02
22C99860.02
31A99360.04
32D99360.04
41B99410.05
42C99410.05
51B99730.02
52D99730.02
61C99300.05
62D99300.05
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 63 -
Rwork0.311 1405 -
obs--93.922 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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