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- PDB-3zpv: Crystal structure of Drosophila Pygo PHD finger in complex with L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zpv
タイトルCrystal structure of Drosophila Pygo PHD finger in complex with Legless HD1 domain
要素
  • (PROTEIN PYGOPUS) x 2
  • PROTEIN BCL9 HOMOLOG
キーワードTRANSCRIPTION / WNT SIGNALING PATHWAY / ZN FINGER / HISTONE H3 TAIL BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


sternite morphogenesis / leg disc pattern formation / chitin-based larval cuticle pattern formation / imaginal disc-derived wing expansion / delamination / Transport of ARM to the nucleus / Transcription activation by ARM / eye-antennal disc development / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / wing disc morphogenesis ...sternite morphogenesis / leg disc pattern formation / chitin-based larval cuticle pattern formation / imaginal disc-derived wing expansion / delamination / Transport of ARM to the nucleus / Transcription activation by ARM / eye-antennal disc development / imaginal disc-derived wing margin morphogenesis / wing disc morphogenesis / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / segment polarity determination / beta-catenin-TCF complex / embryonic pattern specification / canonical Wnt signaling pathway / methylated histone binding / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / : / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type ...B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / : / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein BCL9 homolog / Protein pygopus
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Miller, T.C.R. / Mieszczanek, J. / Sanchez-Barrena, M.J. / Rutherford, T.J. / Fiedler, M. / Bienz, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Evolutionary Adaptation of the Fly Pygo Phd Finger Towards Recognizing Histone H3 Tail Methylated at Arginine 2
著者: Miller, T.C.R. / Mieszczanek, J. / Sanchez-Barrena, M.J. / Rutherford, T.J. / Fiedler, M. / Bienz, M.
履歴
登録2013年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32014年2月19日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
0: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
1: PROTEIN PYGOPUS
2: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
3: PROTEIN PYGOPUS
4: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
5: PROTEIN PYGOPUS
6: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
7: PROTEIN PYGOPUS
8: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
9: PROTEIN PYGOPUS
A: PROTEIN PYGOPUS
B: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
C: PROTEIN PYGOPUS
D: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
E: PROTEIN PYGOPUS
F: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
G: PROTEIN PYGOPUS
H: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
I: PROTEIN PYGOPUS
J: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
K: PROTEIN PYGOPUS
L: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
M: PROTEIN PYGOPUS
N: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
O: PROTEIN PYGOPUS
P: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
Q: PROTEIN PYGOPUS
R: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
S: PROTEIN PYGOPUS
T: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
U: PROTEIN PYGOPUS
V: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
W: PROTEIN PYGOPUS
X: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
Y: PROTEIN PYGOPUS
Z: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,41572
ポリマ－197,06036
非ポリマー2,35536
水6,684371
1
A: PROTEIN PYGOPUS
B: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-11.8 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN PYGOPUS
D: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-11.7 kcal/mol
Surface area6610 Å2
手法PISA
3
E: PROTEIN PYGOPUS
F: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0904
ポリマ－10,9592
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area6570 Å2
手法PISA
4
G: PROTEIN PYGOPUS
H: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12.8 kcal/mol
Surface area6640 Å2
手法PISA
5
I: PROTEIN PYGOPUS
J: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
6
K: PROTEIN PYGOPUS
L: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area6570 Å2
手法PISA
7
M: PROTEIN PYGOPUS
N: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-11.6 kcal/mol
Surface area6500 Å2
手法PISA
8
O: PROTEIN PYGOPUS
P: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0904
ポリマ－10,9592
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
9
Q: PROTEIN PYGOPUS
R: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
10
S: PROTEIN PYGOPUS
T: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area6520 Å2
手法PISA
11
U: PROTEIN PYGOPUS
V: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area6500 Å2
手法PISA
12
W: PROTEIN PYGOPUS
X: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-11.8 kcal/mol
Surface area6580 Å2
手法PISA
13
Y: PROTEIN PYGOPUS
Z: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0904
ポリマ－10,9592
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area6630 Å2
手法PISA
14
0: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
1: PROTEIN PYGOPUS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6540 Å2
手法PISA
15
2: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
3: PROTEIN PYGOPUS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-11.9 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
16
4: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
5: PROTEIN PYGOPUS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area6510 Å2
手法PISA
17
6: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
7: PROTEIN PYGOPUS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-12.3 kcal/mol
Surface area6590 Å2
手法PISA
18
8: PROTEIN BCL9 HOMOLOG
9: PROTEIN PYGOPUS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0764
ポリマ－10,9452
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-11.8 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.210, 111.960, 190.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
PROTEIN BCL9 HOMOLOG / PROTEIN LEGLESS / PROTEIN LEGLESS


分子量: 3987.497 Da / 分子数: 18 / 断片: HD1 DOMAIN, RESIDUES 321-353 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: BI-CISTRONIC EXPRESSION VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q961D9
#2: タンパク質
PROTEIN PYGOPUS / PROTEIN GAMMY LEGS / PROTEIN GAMMY LEGS


分子量: 6957.963 Da / 分子数: 15 / 断片: PHD DOMAIN, RESIDUES 747-804 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: BI-CISTRONIC EXPRESSION VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9V9W8
#3: タンパク質 PROTEIN PYGOPUS / PROTEIN GAMMY LEGS / PROTEIN GAMMY LEGS


分子量: 6971.989 Da / 分子数: 3 / 断片: PHD DOMAIN, RESIDUES 747-804 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: BI-CISTRONIC EXPRESSION VECTOR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CODONPLUS-RIL / 参照: UniProt: Q9V9W8
#4: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.136 M (NH4)2SO4, 100 MM TRIS PH 8.3, 200 MM NACL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.2843
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月14日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→46.18 Å / Num. obs: 63722 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.68→2.82 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0024精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VP7

2vp7


解像度: 2.68→46.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.551 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.119 / ESU R Free: 0.346 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26231 3222 5.1 %RANDOM
Rwork0.22389 ---
obs0.22582 60454 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2---1.54 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13607 0 36 371 14014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01913953
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0212514
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.89918801
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.859328773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11251753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.91525.304690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.418152210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9221518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22025
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 226 -
Rwork0.332 4454 -
obs--99.98 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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