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- PDB-3zp1: INFLUENZA VIRUS (VN1194) H5 HA with LSTc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zp1
タイトルINFLUENZA VIRUS (VN1194) H5 HA with LSTc
要素(HAEMAGGLUTININ) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, J. / Stevens, D.J. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2013
タイトル: Changes in the Hemagglutinin of H5N1 Viruses During Human Infection - Influence on Receptor Binding.
著者: Crusat, M. / Liu, J. / Palma, A.S. / Childs, R.A. / Liu, Y. / Wharton, S.A. / Lin, Y.P. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Matrosovich, M. / Chen, Z. / Stevens, D.J. / Hien, V.M. / Thanh, T.T. / ...著者: Crusat, M. / Liu, J. / Palma, A.S. / Childs, R.A. / Liu, Y. / Wharton, S.A. / Lin, Y.P. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Matrosovich, M. / Chen, Z. / Stevens, D.J. / Hien, V.M. / Thanh, T.T. / Nhu, L.N.T. / Nguyet, L.A. / Ha, D.Q. / van Doorn, H.R. / Hien, T.T. / Conradt, H.S. / Kiso, M. / Gamblin, S.J. / Chai, W. / Skehel, J.J. / Hay, A.J. / Farrar, J. / De Jong, M.D. / Feizi, T.
履歴
登録2013年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation_author / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation_author.name / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: HAEMAGGLUTININ
F: HAEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6043
ポリマ－56,1332
非ポリマー4711
水2,630146
1
E: HAEMAGGLUTININ
F: HAEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

E: HAEMAGGLUTININ
F: HAEMAGGLUTININ
ヘテロ分子

E: HAEMAGGLUTININ
F: HAEMAGGLUTININ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,8139
ポリマ－168,3996
非ポリマー1,4143
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area31390 Å2
ΔGint-109.9 kcal/mol
Surface area59270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.090, 101.090, 448.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 HAEMAGGLUTININ


分子量: 37034.934 Da / 分子数: 1 / 断片: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-342 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: VIETNAM/1194/2004 (H5N1)
解説: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
Variant: VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 器官 (発現宿主): EGG / 発現宿主: GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34
#2: タンパク質 HAEMAGGLUTININ


分子量: 19097.990 Da / 分子数: 1
断片: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: VIETNAM/1194/2004 (H5N1)
解説: THE NATIONAL INSTITUTE FOR BIOLOGICAL STANDARDS AND CONTROL (NIBSC)
Variant: VN/1194/04/NIBRG14 VACCINE STRAIN / 器官 (発現宿主): EGG / 発現宿主: GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q6DQ34
#3: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-2)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 471.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-2DGalpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2/a2-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][ethyl]{[(1+2)][a-D-Neup5Ac]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.69 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / タイプ: DIAMOND / 波長: 0.9715
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 24984 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.3 / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.2

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0088 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 24.938 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.473 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28611 1257 5 %RANDOM
Rwork0.22302 ---
obs0.22615 23730 90.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3821 0 23 146 3990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224055
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.975496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7735479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.37725.176199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.43315677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4431517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2599
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.52388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15623857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.50831667
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5934.51639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.603→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 15 -
Rwork0.316 285 -
obs--14.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05410.0257-0.13690.27130.21092.17260.0295-0.04250.0550.0777-0.13050.0622-0.0667-0.37150.10110.0426-0.00860.04190.2555-0.07110.101333.263-17.551-3.115
20.4531-0.29860.91640.2523-0.88854.59730.01050.03250.0035-0.0226-0.04120.03360.0643-0.12940.03070.05920.0241-0.01810.0837-0.03440.167240.501-22.677-53.019
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E5 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2F1 - 160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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