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万見
- PDB-3zl7: BACE2 FYNOMER COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zl7
タイトルBACE2 FYNOMER COMPLEX
要素
  • BETA-SECRETASE 2
  • FYNOMER 2B-H11
キーワードHYDROLASE / ASPARTYL PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis ...memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / endosome / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / SH3 Domains / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / SH3 type barrels. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 ...Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / SH3 Domains / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / SH3 type barrels. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Banner, D.W. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Stihle, M. / Ruf, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / ...著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kuglstatter, A. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Miscenic, C. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A.
履歴
登録2013年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 2
C: FYNOMER 2B-H11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3732
ポリマ－52,3732
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area18370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.793, 84.793, 128.113
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 2 / BACE2 / ASPARTIC-LIKE PROTEASE 56 KDA / ASPARTYL PROTEASE 1 / ASP1 / ASP 1 / BETA-SITE AMYLOID ...BACE2 / ASPARTIC-LIKE PROTEASE 56 KDA / ASPARTYL PROTEASE 1 / ASP1 / ASP 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 2 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 2 / DOWN REGION ASPARTIC PROTEASE / DRAP / MEMAPSIN-1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 1 / THETA-SECRETASE


分子量: 42047.355 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 75-460 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, memapsin 1
#2: タンパク質 FYNOMER 2B-H11


分子量: 10325.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. ...THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. THE MUTATION HERE IS E269A IN THE PDB FILE AND E331A IN THE DATA BANK SEQUENCE. MODIFIED VERSION OF HUMAN FYN TYROSINE KINASE SH3 DOMAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
解説: DATA COMPROMISED BY DIFFUSE ICE RING AT 3.68A AND APERTURE SCATTER AT 3.24A
結晶化pH: 5 / 詳細: 1.8M NA/K PHOSPHATE, PH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→43.77 Å / Num. obs: 10238 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 91.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.91→3.01 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3ZKQ, 4AG1

3zkq

4ag1


解像度: 3.2→43.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8572 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7992 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.667
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY. ALL LOWER SYMMETRY SPACE GROUPS WERE TESTED AND REJECTED AS REFINEMENT STATISTICS NOT SIGNIFICANTLY BETTER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3058 360 4.74 %RANDOM
Rwork0.2792 ---
obs0.2804 7602 92.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3406 Å20 Å20 Å2
2--5.3406 Å20 Å2
3----10.6813 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3334 0 0 22 3356
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073425HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.944663HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1117SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes76HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes496HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3425HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.87
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.9
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion445SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3624SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.58 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3502 96 4.91 %
Rwork0.403 1858 -
all0.4001 1954 -
obs--92.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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