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- PDB-3zkx: TERNARY BACE2 XAPERONE COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zkx
タイトルTERNARY BACE2 XAPERONE COMPLEX
要素
  • BETA-SECRETASE 2
  • XA4813
  • XA4815
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis ...memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / endosome / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Kuglstatter, A. / Banner, D.W. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Gsell, B. ...Kuglstatter, A. / Banner, D.W. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Gsell, B. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / ...著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kuglstatter, A. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Miscenic, C. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A.
履歴
登録2013年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 2
B: XA4813
C: XA4815
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7205
ポリマ－68,6073
非ポリマー1142
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-19.6 kcal/mol
Surface area25200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.367, 153.829, 247.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 2 / ASPARTIC-LIKE PROTEASE 56 KDA / ASPARTYL PROTEASE 1 / ASP1 / ASP 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR ...ASPARTIC-LIKE PROTEASE 56 KDA / ASPARTYL PROTEASE 1 / ASP1 / ASP 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 2 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 2 / DOWN REGION ASPARTIC PROTEASE / DRAP / MEMAPSIN-1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 1 / THETA-SECRETASE / BACE2


分子量: 42047.355 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR, RESIDUES 75-460 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, memapsin 1

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 XA4813


分子量: 13152.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / プラスミド: PMESY4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 抗体 XA4815


分子量: 13406.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / プラスミド: PMESY4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 313分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.96 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 0.2M SODIUM MALONATE, 20% PEG3350, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→34.7 Å / Num. obs: 49549 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 67.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.37→2.5 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZKQ

3zkq


解像度: 2.37→34.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9416 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9389 / SU R Cruickshank DPI: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.181 / SU Rfree Blow DPI: 0.156 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.155
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2085 2502 5.07 %RANDOM
Rwork0.1849 ---
obs0.1861 49387 99.59 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.9482 Å20 Å20 Å2
2---15.4095 Å20 Å2
3---5.4613 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.359 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→34.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 5 311 4857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014651HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.166313HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1547SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes689HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4651HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.38
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.44
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion605SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5028SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 183 5.13 %
Rwork0.2682 3382 -
all0.2684 3565 -
obs--99.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8988-0.44931.09250.6146-0.74242.1618-0.0378-0.1349-0.1532-0.0517-0.0324-0.1111-0.08660.16470.0701-0.01780.00960.037-0.03780.1858-0.0609-24.576-24.111434.8618
23.1443-1.1742-0.10232.24-1.41813.5588-0.08610.0406-0.09380.15380.1050.099-0.0491-0.1575-0.0189-0.17240.0154-0.01860.09750.3014-0.0474-16.5003-39.168766.7277
34.47181.0763-1.03053.9115-0.00022.9267-0.1364-0.2594-0.25590.13840.0272-0.3259-0.04780.38680.1093-0.0089-0.0011-0.022-0.1296-0.0402-0.1125-12.6534-11.5714-7.8228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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