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万見
- PDB-3zkn: BACE2 FAB INHIBITOR COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zkn
タイトルBACE2 FAB INHIBITOR COMPLEX
要素
  • BETA-SECRETASE 2
  • FAB HEAVY CHAIN
  • FAB LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM/HYDROLASE / IMMUNE SYSTEM-HYDROLASE COMPLEX / FAB COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis ...memapsin 1 / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / melanosome membrane / melanosome organization / peptide hormone processing / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / trans-Golgi network / protein processing / glucose homeostasis / aspartic-type endopeptidase activity / endosome / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE2 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Immunoglobulins / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WZV / Beta-secretase 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Banner, D.W. / Kuglstatter, A. / Benz, J. / Stihle, M. / Ruf, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / ...著者: Banner, D.W. / Gsell, B. / Benz, J. / Bertschinger, J. / Burger, D. / Brack, S. / Cuppuleri, S. / Debulpaep, M. / Gast, A. / Grabulovski, D. / Hennig, M. / Hilpert, H. / Huber, W. / Kuglstatter, A. / Kusznir, E. / Laeremans, T. / Matile, H. / Miscenic, C. / Rufer, A. / Schlatter, D. / Steyeart, J. / Stihle, M. / Thoma, R. / Weber, M. / Ruf, A.
履歴
登録2013年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 2.02020年3月11日Group: Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-SECRETASE 2
B: BETA-SECRETASE 2
C: FAB HEAVY CHAIN
D: FAB LIGHT CHAIN
H: FAB HEAVY CHAIN
L: FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,19018
ポリマ－179,4036
非ポリマー1,78812
水15,169842
1
B: BETA-SECRETASE 2
C: FAB HEAVY CHAIN
D: FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5959
ポリマ－89,7013
非ポリマー8946
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-81.4 kcal/mol
Surface area33730 Å2
手法PISA
2
A: BETA-SECRETASE 2
H: FAB HEAVY CHAIN
L: FAB LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5959
ポリマ－89,7013
非ポリマー8946
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6690 Å2
ΔGint-83.7 kcal/mol
Surface area33680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.929, 68.145, 160.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-SECRETASE 2 / BACE2 / ASPARTIC-LIKE PROTEASE 56 KDA / ASPARTYL PROTEASE 1 / ASP1 / ASP 1 / BETA-SITE AMYLOID ...BACE2 / ASPARTIC-LIKE PROTEASE 56 KDA / ASPARTYL PROTEASE 1 / ASP1 / ASP 1 / BETA-SITE AMYLOID PRECURSOR PROTEIN CLEAVING ENZYME 2 / BETA-SITE APP CLEAVING ENZYME 2 / DOWN REGION ASPARTIC PROTEASE / DRAP / MEMAPSIN-1 / MEMBRANE-ASSOCIATED ASPARTIC PROTEASE 1 / THETA-SECRETASE


分子量: 42105.391 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAN, RESIDUES 13-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y5Z0, memapsin 1

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抗体 , 2種, 4分子 CHDL

#2: 抗体 FAB HEAVY CHAIN


分子量: 23671.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 抗体 FAB LIGHT CHAIN


分子量: 23924.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 854分子

#4: 化合物 ChemComp-WZV / 5-(2,2,2-Trifluoro-ethoxy)-pyridine-2-carboxylic acid [3-((S)-2-amino-1,4-dimethyl-6-oxo-1,4,5,6-tetrahydro-pyrimidin-4-yl)-phenyl]-amide


分子量: 435.400 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20F3N5O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. ...THE PDB FILE IS NUMBERED AFTER PDB-ENTRY 2EWY WHICH HAS NUMBERS 62 LESS THAN THE DATA BANK SEQUENCE. THE FIRST RESIDUE OF THE HEAVY CHAIN IS PYROGLUTAMIC ACID, AS IN ALL FABS.THE MAB SEQUENCE WAS DETERMINED EXPERIMENTALLY.THE C-TERMINUS OF THE FAB AFTER PAPAIN CLEAVAGE WAS NOT ACCURATELY DETERMINED. THE MAB SEQUENCE WAS DETERMINED EXPERIMENTALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M LIS04, 0.1M HEPES PH7.5, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.7 Å / Num. obs: 117848 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0027精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZKM

3zkm


解像度: 2→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.248 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS WERE USED BUT NOT OUTPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. NCS NOT USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25141 5750 5 %RANDOM
Rwork0.20318 ---
obs0.20562 108982 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.004 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12422 0 112 842 13376
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3841.95617700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5251630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41124.35531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.014152005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4961550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219880
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.457 354 -
Rwork0.367 6983 -
obs--83.44 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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