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- PDB-3zka: CRYSTAL STRUCTURE OF PNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN PSAA D280N IN T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zka
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN PSAA D280N IN THE METAL-BOUND, OPEN STATE
要素MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN
キーワードMETAL TRANSPORT / ATP-BINDING CASSETTE TRANSPORTERS / BACTERIAL ADHESION / CARRIER PROTEINS / LIPOPROTEINS / MEMBRANE TRANSPORT PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion transport / cell adhesion / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Adhesin B / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein PsaA
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Counago, R.M. / Ween, M.P. / Bajaj, M. / Zuegg, J. / Cooper, M.A. / McEwan, A.G. / Paton, J.C. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
引用
ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2014
タイトル: Imperfect coordination chemistry facilitates metal ion release in the Psa permease.
著者: Counago, R.M. / Ween, M.P. / Begg, S.L. / Bajaj, M. / Zuegg, J. / O'Mara, M.L. / Cooper, M.A. / McEwan, A.G. / Paton, J.C. / Kobe, B. / McDevitt, C.A.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The Crystal Structure of Pneumococcal Surface Antigen Psaa Reveals a Metal-Binding Site and a Novel Structure for a Putative Abc-Type Binding Protein.
著者: Lawrence, M.C. / Pilling, P.A. / Epa, V.C. / Berry, A.M. / Ogunniyi, A.D. / Paton, J.C.
#2: ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: A Molecular Mechanism for Bacterial Susceptibility to Zinc.
著者: McDevitt, C.A. / Ogunniyi, A.D. / Valkov, E. / Lawrence, M.C. / Kobe, B. / McEwan, A.G. / Paton, J.C.
履歴
登録2013年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22013年11月20日Group: Database references
改定 1.32014年1月8日Group: Database references
改定 2.02018年3月28日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / audit_author / citation / citation_author
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _audit_author.name / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN
B: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2436
ポリマ－62,8892
非ポリマー3544
水9,782543
1
A: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6213
ポリマ－31,4441
非ポリマー1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6213
ポリマ－31,4441
非ポリマー1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.524, 58.960, 62.130
Angle α, β, γ (deg.)106.18, 104.49, 94.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, 0.028, -0.005), (0.027, -0.999, -0.025), (-0.006, 0.025, -1)
ベクター: 0.854, -23.521, 47.389)

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要素

#1: タンパク質 MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN / PSAA / PNEUMOCOCCAL SURFACE ADHESIN A


分子量: 31444.402 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-309 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A4G2
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K
詳細: 12.5% W/V PEG 1,000 12.5% W/V PEG 3,350, 12.5% V/V MPD; 0.1 M TRIZMA/BICINE PH 8.7 AFTER 7-10 DAYS AT 293 K, FOLLOWING STREAK-SEEDING OF PRE-EQUILIBRATED (24 HOURS) DROPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: SILICON MIRRORS (ADAPTIVE AND U-BENT)
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (SI111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→22.7 Å / Num. obs: 71639 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PSZ

1psz


解像度: 1.55→22.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9631 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9527 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.081 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9429. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9429. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 3615 5.05 %RANDOM
Rwork0.1652 ---
obs0.1669 71639 95.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5974 Å2-0.2239 Å2-0.1316 Å2
2--0.8506 Å21.6424 Å2
3---0.7468 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.194 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→22.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4434 0 18 543 4995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018970HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0816320HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2556SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes150HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1226HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8970HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion602SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10107SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 268 5.09 %
Rwork0.208 4999 -
all0.2097 5267 -
obs--95.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8752-0.3693-0.54371.36350.01411.3798-0.2119-0.0423-0.08870.0390.0817-0.08070.23070.09050.1302-0.09390.00870.0304-0.1045-0.0029-0.09424.7036-3.9538.3009
20.18760.2447-0.13591.72540.24491.0276-0.0142-0.02020.0018-0.04550.0788-0.1865-0.11030.0867-0.0646-0.09830.0151-0.0024-0.0502-0.017-0.04574.4379-19.67378.5814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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