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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3zka | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PNEUMOCOCCAL SURFACE ANTIGEN PSAA D280N IN THE METAL-BOUND, OPEN STATE | |||||||||
![]() | MANGANESE ABC TRANSPORTER SUBSTRATE-BINDING LIPOPROTEIN | |||||||||
![]() | METAL TRANSPORT / ATP-BINDING CASSETTE TRANSPORTERS / BACTERIAL ADHESION / CARRIER PROTEINS / LIPOPROTEINS / MEMBRANE TRANSPORT PROTEINS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Counago, R.M. / Ween, M.P. / Bajaj, M. / Zuegg, J. / Cooper, M.A. / McEwan, A.G. / Paton, J.C. / Kobe, B. / McDevitt, C.A. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Imperfect coordination chemistry facilitates metal ion release in the Psa permease. 著者: Counago, R.M. / Ween, M.P. / Begg, S.L. / Bajaj, M. / Zuegg, J. / O'Mara, M.L. / Cooper, M.A. / McEwan, A.G. / Paton, J.C. / Kobe, B. / McDevitt, C.A. #1: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Pneumococcal Surface Antigen Psaa Reveals a Metal-Binding Site and a Novel Structure for a Putative Abc-Type Binding Protein. 著者: Lawrence, M.C. / Pilling, P.A. / Epa, V.C. / Berry, A.M. / Ogunniyi, A.D. / Paton, J.C. #2: ![]() タイトル: A Molecular Mechanism for Bacterial Susceptibility to Zinc. 著者: McDevitt, C.A. / Ogunniyi, A.D. / Valkov, E. / Lawrence, M.C. / Kobe, B. / McEwan, A.G. / Paton, J.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 446.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 368.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (1, 0.028, -0.005), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31444.402 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 32-309 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 293 K 詳細: 12.5% W/V PEG 1,000 12.5% W/V PEG 3,350, 12.5% V/V MPD; 0.1 M TRIZMA/BICINE PH 8.7 AFTER 7-10 DAYS AT 293 K, FOLLOWING STREAK-SEEDING OF PRE-EQUILIBRATED (24 HOURS) DROPS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: SILICON MIRRORS (ADAPTIVE AND U-BENT) |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (SI111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95369 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→22.7 Å / Num. obs: 71639 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 22.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 86.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PSZ 解像度: 1.55→22.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9631 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9527 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.079 / SU Rfree Blow DPI: 0.081 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.082 詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9429. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER ...詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. RESIDUE TYPES WITHOUT CCP4 ATOM TYPE IN LIBRARY=MN. NUMBER OF ATOMS WITH PROPER CCP4 ATOM TYPE=9429. NUMBER WITH APPROX DEFAULT CCP4 ATOM TYPE=0. NUMBER TREATED BY BAD NON-BONDED CONTACTS=2.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.48 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.194 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→22.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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