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- PDB-3zjc: Crystal structure of GMPPNP-bound human GIMAP7 L100Q variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zjc
タイトルCrystal structure of GMPPNP-bound human GIMAP7 L100Q variant
要素GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
キーワードHYDROLASE / IMMUNITY
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP metabolic process / lipid droplet / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / GTPase IMAP family member 7
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Schwefel, D. / Daumke, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into the Mechanism of Gtpase Activation in the Gimap Family.
著者: Schwefel, D. / Arasu, B.S. / Marino, S.F. / Lamprecht, B. / Koechert, K. / Rosenbaum, E. / Eichhorst, J. / Wiesner, B. / Behlke, J. / Rocks, O. / Mathas, S. / Daumke, O.
履歴
登録2013年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
B: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
C: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
D: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
E: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
F: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,22518
ポリマ－209,9466
非ポリマー3,27912
水362
1
A: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5383
ポリマ－34,9911
非ポリマー5472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5383
ポリマ－34,9911
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5383
ポリマ－34,9911
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5383
ポリマ－34,9911
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
D: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5383
ポリマ－34,9911
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5383
ポリマ－34,9911
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.853, 90.939, 114.551
Angle α, β, γ (deg.)77.30, 85.23, 89.23
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
GTPASE IMAP FAMILY MEMBER 7 / GIMAP7 / IMMUNITY-ASSOCIATED NUCLEOTIDE 7 PROTEIN / IAN-7


分子量: 34991.066 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NHV1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.16 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 19% PEG 3350, 100 MM MOPS PH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.09→35 Å / Num. obs: 31271 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.24
反射 シェル解像度: 3.09→3.28 Å / 冗長度: 1.83 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2XTN

2xtn


解像度: 3.15→32.438 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 34.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3052 1481 5 %
Rwork0.2343 --
obs0.2379 29758 95.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→32.438 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12423 0 198 2 12623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00412779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92117158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5014898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032139
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.25160.39841220.32042578X-RAY DIFFRACTION94
3.2516-3.36770.36021430.3022549X-RAY DIFFRACTION96
3.3677-3.50240.38551440.28472605X-RAY DIFFRACTION96
3.5024-3.66160.341210.25152588X-RAY DIFFRACTION97
3.6616-3.85430.32151360.23912600X-RAY DIFFRACTION96
3.8543-4.09540.28361400.21162600X-RAY DIFFRACTION97
4.0954-4.41090.30911330.20952570X-RAY DIFFRACTION97
4.4109-4.85340.26351340.19052604X-RAY DIFFRACTION96
4.8534-5.55270.27241380.21192564X-RAY DIFFRACTION96
5.5527-6.98430.3211370.2622559X-RAY DIFFRACTION95
6.9843-32.43990.24521330.20352460X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0109-0.023-0.02390.02580.02460.01760.00370.06690.04960.146-0.01350.0067-0.20010.101100.3161-0.04850.00130.20740.06190.31046.9818-3.26541.9395
20.0144-0.0236-0.00290.02850.0050.00070.08710.0290.184-0.079-0.0905-0.0278-0.01790.015400.3880.00270.00240.30460.02260.3085-0.80161.18585.1264
30.18820.0474-0.01980.0082-0.0150.1329-0.2630.33870.0730.02380.12080.0770.02940.0762-0.02050.21350.01010.05780.32370.03210.234-5.5147-9.417-5.8054
40.2434-0.1093-0.19390.3770.26130.3808-0.26940.11050.0101-0.1351-0.07910.0176-0.2779-0.0479-0.19960.3462-0.1389-0.15290.18120.22550.2737-1.9549-2.1316-11.3708
50.027-0.03010.02150.0244-0.01750.0070.0842-0.03740.007-0.03980.09050.0208-0.04980.0193-00.3849-0.0059-0.06320.3321-0.0450.49321.284125.130113.6651
60.0339-0.00690.03920.0255-0.01020.03210.1531-0.0595-0.0775-0.20080.11250.04720.13530.10010.00220.6903-0.03820.09520.54290.12580.424420.614933.306316.577
70.01470.06520.04440.16350.05050.2085-0.2305-0.0409-0.24820.0958-0.18970.1717-0.11650.048-0.05170.36950.0626-0.10480.3141-0.0340.6468-8.36423.255413.6352
80.0007-0.00290.00150.02610.00130.0032-0.13250.0868-0.1281-0.0287-0.0469-0.06780.0872-0.1018-0.0661-0.01420.02910.27290.3788-0.22490.04921.0245-36.476-3.2202
90.21190.27420.19120.35670.24170.1605-0.15480.01770.2044-0.111-0.10990.2989-0.121-0.133-0.04130.16210.12910.07640.1873-0.05890.2874-2.3259-38.6447-5.6564
100.1818-0.00570.02270.01330.0130.0003-0.1189-0.0075-0.233-0.0394-0.0019-0.1139-0.0065-0.0286-0.0623-0.0824-0.04590.17820.3010.15440.1201-10.0517-37.167-0.0091
110.0055-0.00040.0235-0.00190.00160.0847-0.11-0.0455-0.1825-0.002-0.09430.1331-0.0108-0.0835-0.1686-0.00330.10360.23440.1902-0.00190.2622-4.2769-31.83929.6055
120.0445-0.02910.03370.0378-0.01160.03280.016-0.10810.00630.07720.05380.0865-0.0003-0.08350.0992-0.0760.20750.29150.2958-0.0658-0.03388.9714-26.26078.4777
130.2741-0.0230.07950.09780.09370.163-0.02-0.1123-0.04360.0040.1517-0.0739-0.0679-0.03770.290.05140.06590.35240.02820.1289-0.23446.406-42.36959.2252
140.0049-0.01170.01620.0306-0.01260.05050.1028-0.0158-0.1368-0.10730.06740.00630.0889-0.0059-0.00630.3465-0.1201-0.07340.29010.18710.6813-17.5315-56.52592.0129
150.0940.0619-0.00560.09090.03470.0404-0.0564-0.0645-0.19990.00110.06090.0536-0.0339-0.0760.03890.31230.17940.04110.1324-0.00950.3939-18.8203-43.41990.4965
160.1154-0.05230.02680.0451-0.00560.01330.0182-0.37880.10880.09280.0654-0.0583-0.07180.096-0.03310.10290.00350.10860.2088-0.00430.1535-23.118-10.5102-27.9991
170.11070.03640.02260.11940.01840.02220.07870.03840.1422-0.109-0.0322-0.1442-0.0157-0.00660.11780.03210.08620.16130.094-0.08470.2437-28.6586-10.8233-31.9826
180.01190.00750.00320.01050.01250.0505-0.03090.0178-0.0975-0.043-0.0424-0.05890.1028-0.052-0.023-0.41660.02260.23680.303-0.03950.2822-30.2422-13.9129-39.4235
190.028-0.02250.00370.0675-0.03630.0213-0.02430.03-0.06160.0188-0.01120.0321-0.01050.0144-0.03260.1504-0.01710.1930.6608-0.2910.2539-10.6788-24.7691-40.6372
200.1549-0.05820.01440.01540.01750.1715-0.17540.31160.1188-0.05450.0807-0.02350.0224-0.1617-0.2228-0.1659-0.3520.19440.16980.2110.0251-16.8039-10.7062-41.4443
210.00150.0129-0.05830.0067-0.02120.08230.07340.04690.3646-0.0333-0.10.15180.04040.0427-0.00590.2497-0.01940.04510.1612-0.01960.5895-41.92681.097-33.7529
220.041-0.0646-0.04610.19780.00320.11040.0324-0.0334-0.0541-0.01350.1086-0.0710.06340.14520.13280.41560.2444-0.14820.2991-0.04280.1688-15.9835-42.1709-34.808
230.36110.157-0.10290.1722-0.00380.05750.0763-0.03080.05150.11350.20860.02320.07050.08590.31380.84830.0369-0.09310.0129-0.03270.228-25.3052-44.5836-36.0035
240.11810.00450.03980.1625-0.06890.23970.03590.0129-0.0262-0.14320.08940.11120.2975-0.06570.24880.1872-0.1835-0.22650.1177-0.141-0.5472-28.3629-36.8723-23.9658
250.1747-0.0349-0.08790.1186-0.05250.0386-0.0579-0.0417-0.02580.32550.1208-0.01660.22770.030.18940.72860.043-0.01610.22450.02030.2594-29.6483-48.5788-35.4913
260.08540.0024-0.00810.2331-0.190.1479-0.00260.08140.00650.00310.06470.1729-0.1077-0.08450.08390.2884-0.177-0.03810.39730.09850.215115.82568.162731.9169
270.2908-0.12610.04370.1123-0.12270.279-0.15880.14180.0832-0.14080.04440.0909-0.04650.0525-0.04530.46190.156-0.01240.45690.05370.185913.79648.11238.5388
280.1266-0.04910.020.2547-0.12130.0639-0.0506-0.0406-0.15740.3101-0.1885-0.1038-0.111-0.0937-0.04360.2172-0.0576-0.03370.40490.01560.21657.72626.243543.0067
290.0046-0.0012-0.0015-0.0011-0.0010.0009-0.0404-0.0028-0.0583-0.0837-0.05370.1447-0.02120.0169-0.00010.33630.003-0.17430.43660.06990.37890.1157-7.662827.142
300.1669-0.16960.15140.1562-0.15140.14060.1510.0717-0.0106-0.24310.02640.21390.13310.14190.01130.2967-0.05890.00730.31450.02510.24131.35767.35630.684
310.079-0.11230.00710.1357-0.0117-0.00630.17380.14680.2155-0.052-0.254-0.03890.1506-0.32150.00160.8322-0.13420.08260.48140.05120.326824.407535.945639.4971
320.00740.0107-0.02320.08020.01560.110.0597-0.0564-0.0237-0.00140.00740.0892-0.1410.14450.04820.5092-0.4666-0.07220.49880.05920.338613.85556.062356.618
330.18530.1424-0.07910.1083-0.05340.11350.1928-0.0320.03470.07620.02450.03580.1510.12420.2560.92810.0469-0.37980.2595-0.1670.53589.117-26.990435.0319
340.09870.0021-0.01520.0581-0.0230.02080.13820.4232-0.05980.15010.1110.16610.20420.20470.00820.57970.0593-0.0880.3637-0.05220.272413.7173-21.822444.5257
350.01960.00360.0091-0.00160.01680.0263-0.0113-0.09510.03990.11130.0673-0.07520.13760.1993-0.17950.56230.4433-0.38910.6801-0.28890.442323.8218-23.667637.535
360.0155-0.00550.00310.00370.00460.00790.0213-0.0127-0.0049-0.02120.0116-0.0169-0.09970.0937-0.00360.8408-0.3053-0.09450.27230.12730.77752.3706-46.069251.1448
370.00360.0008-0.0033-0.00050.00040.0008-0.06530.04380.0425-0.0196-0.0747-0.07350.0623-0.0029-0.00010.64790.10550.00820.4299-0.14610.9727-4.146-54.085234.885
380.033-0.03320.05840.0259-0.04740.08260.2041-0.08140.041-0.06140.1297-0.02320.0210.04110.10190.868-0.1615-0.19430.2971-0.04910.60041.0106-28.172355.3394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 8 THROUGH 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 54 THROUGH 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 89 THROUGH 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 151 THROUGH 203 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 204 THROUGH 237 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 238 THROUGH 261 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 262 THROUGH 295 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 7 THROUGH 39 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 40 THROUGH 54 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 55 THROUGH 88 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 89 THROUGH 132 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 133 THROUGH 174 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 175 THROUGH 203 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 204 THROUGH 226 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 227 THROUGH 293 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESID 8 THROUGH 54 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESID 55 THROUGH 73 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 74 THROUGH 132 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESID 133 THROUGH 150 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESID 151 THROUGH 203 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN C AND (RESID 204 THROUGH 293 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESID 9 THROUGH 50 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESID 51 THROUGH 105 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESID 106 THROUGH 174 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESID 175 THROUGH 299 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESID 7 THROUGH 54 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESID 55 THROUGH 73 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND (RESID 74 THROUGH 132 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND (RESID 133 THROUGH 150 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN E AND (RESID 151 THROUGH 203 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN E AND (RESID 204 THROUGH 272 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN E AND (RESID 273 THROUGH 297 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN F AND (RESID 8 THROUGH 73 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN F AND (RESID 74 THROUGH 141 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN F AND (RESID 142 THROUGH 203 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN F AND (RESID 204 THROUGH 226 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN F AND (RESID 227 THROUGH 266 )
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN F AND (RESID 267 THROUGH 291 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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