PDB-3ziw: Clostridium perfringens enterotoxin, D48A mutation and N-terminal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ziw

タイトル

Clostridium perfringens enterotoxin, D48A mutation and N-terminal 37 residues deleted

要素

HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

キーワード

TOXIN / BETA PORE-FORMING-TOXIN / CYTOTOXICITY MUTANT

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Yelland, T. / Naylor, C.E. / Savva, C.G. / Basak, A.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of a C. Perfringens Enterotoxin Mutant in Complex with a Modified Claudin-2 Extracellular Loop 2
著者: Yelland, T.S. / Naylor, C.E. / Bagoban, T. / Savva, C.G. / Moss, D.S. / Mcclane, B.A. / Blasig, I.E. / Popoff, M. / Basak, A.K.

履歴

登録	2013年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月23日	Group: Database references
改定 1.2	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ziw.cif.gz	709.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ziw.ent.gz	592.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ziw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ziw_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ziw_full_validation.pdf.gz	3.8 MB	表示
XML形式データ	3ziw_validation.xml.gz	79.8 KB	表示
CIF形式データ	3ziw_validation.cif.gz	115.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3ziw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3ziw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zixC 4p5hC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p5h-5 3am2-1 4p5h-3 2xh6-d 2yhj-2 3ty1-d 4p5h-2 4p5h-4 2yhj-1 4p5h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

C: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

193 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

B: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

C: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

E: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

F: HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	190.660, 128.020, 136.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 133.81, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.49256, 0.6421, 0.58745), (-0.75604, 0.01861, -0.65426), (-0.43103, -0.7664, 0.47629)	-39.33351, -8.97458, -2.94058
2	given	(0.04453, 0.02759, 0.99863), (0.0348, -0.99905, 0.02605), (0.9984, 0.03359, -0.04544)	-47.60131, 49.07594, 47.67242
3	given	(0.54859, -0.71358, 0.43572), (-0.67144, -0.06546, 0.73816), (-0.49821, -0.69751, -0.51504)	-29.58477, 24.87885, 18.61177
4	given	(-0.44899, -0.74608, 0.49171), (0.73607, 0.00315, 0.6769), (0.50657, 0.66585, 0.54775)	-51.27238, 56.61276, 8.47377
5	given	(-0.49705, -0.73909, -0.45463), (0.63739, 0.04453, -0.76925), (0.58879, -0.67213, 0.44896)	-28.81607, 21.71605, 18.78045

#1: タンパク質	HEAT-LABILE ENTEROTOXIN B CHAIN 分子量: 31479.953 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 38-319 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM PERFRINGENS (ウェルシュ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01558
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	D48A MUTATION AND N-TERMINAL 37 RESIDUES DELETED, AND 34GAMG37 INSTEAD OF NATIVE NSNL DUE TO HIS- ...D48A MUTATION AND N-TERMINAL 37 RESIDUES DELETED, AND 34GAMG37 INSTEAD OF NATIVE NSNL DUE TO HIS-TAG REMOVAL SCAR.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6 / 詳細: 25 % PEG 1500, 0.1 M SPG BUFFER, PH 6.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月29日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 186226 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 39.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.42
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.26 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BUSTER		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→49.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9602 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9549 / SU R Cruickshank DPI: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.12 / SU R_free Blow DPI: 0.108 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.107

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1956	9298	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.176	185455	99.96 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.6522 Å²	0 Å²	-3.5142 Å²
2-	-	2.535 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.1872 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.264 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13253	0	185	1679	15117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13860	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	18819	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4814	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		377	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2005	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13860	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.77
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.56
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1866	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		16694	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2006	643	4.69 %
R_work	0.1929	13062	-
all	0.1932	13705	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7583	0.4601	0.1277	2.1601	-0.0467	1.2082	-0.1822	-0.117	0.0244	0.1445	-0.0012	0.1181	-0.175	-0.086	0.1834	-0.0284	0.0211	0.0054	-0.088	-0.0052	-0.0005	-30.5455	39.1998	-11.1735
2	1.4705	0.8275	-0.3353	1.9698	0.1192	1.2171	-0.03	-0.0919	0.0014	-0.029	-0.0982	0.0929	0.371	-0.2495	0.1281	0.0058	-0.1376	0.1653	-0.0597	-0.0529	0.0296	-53.4922	6.3979	-11.4415
3	0.8859	-0.5172	-0.4863	1.0834	0.1756	1.2949	-0.0769	-0.0164	-0.0403	-0.1178	0.0311	-0.1408	0.0591	0.1643	0.0458	-0.058	-0.0365	0.0725	-0.0435	-0.0179	-0.009	-5.3351	22.2498	-24.81
4	2.1008	-0.7013	0.0619	2.3013	0.5914	3.3058	-0.3927	-0.6354	0.0836	0.4805	0.3263	-0.0598	-0.1744	-0.009	0.0665	-0.0036	0.1769	-0.024	0.0395	-0.0409	-0.1788	-15.5193	39.162	9.4292
5	1.7186	0.3601	0.3599	2.6194	-0.5165	0.6255	0.097	0.0833	-0.4044	0.085	0.0359	-0.5003	0.0619	0.1069	-0.1329	-0.0728	0.0292	-0.0289	-0.1087	-0.08	0.0642	-58.9904	8.5864	18.867
6	1.8536	0.4091	-0.1846	2.622	-0.7358	1.9808	-0.0799	0.3746	0.3303	-0.4423	0.031	-0.3251	-0.1495	0.0559	0.0489	-0.0172	-0.0334	0.1103	-0.0443	0.0581	-0.0508	-61.205	40.3471	-5.013
7	0.9073	0.4979	0.4124	1.081	0.121	1.9515	-0.0887	0.2382	0.0492	-0.154	0.1291	0.0539	-0.0659	-0.0325	-0.0404	-0.0441	0.0154	-0.0278	-0.0025	-0.0022	-0.1012	-79.2156	34.6439	12.3122
8	1.7195	0.3806	0.4256	2.3444	0.1066	1.9732	-0.0057	-0.2798	0.1932	0.3463	-0.0364	-0.0652	-0.4159	0.0895	0.042	0.0818	0.0043	-0.0395	-0.0815	-0.0569	-0.1534	-68.6251	51.9072	46.4919
9	1.744	0.1393	-0.1602	1.0509	0.5366	1.2667	0.096	-0.2315	-0.0234	0.1348	-0.0361	0.0438	-0.0464	-0.0272	-0.0598	-0.0095	0.0092	0.0017	-0.0311	0.0252	-0.1202	-72.1329	26.592	44.1064
10	4.436	-0.3159	-0.4356	1.973	0.3563	1.1531	0.121	-0.1167	-0.602	0.0431	0.1815	-0.4997	0.04	0.5065	-0.3025	-0.2075	0.0605	-0.0891	0.0265	-0.1498	0.1041	-37.9882	9.5703	33.6647
11	1.9023	0.0159	-0.0428	1.3602	-0.0458	1.1183	0.0704	0.0942	0.1218	-0.1686	-0.0023	0.263	-0.0065	-0.3063	-0.0681	-0.0517	-0.0346	-0.008	-0.0617	0.0084	-0.048	-37.4057	12.5088	-30.6288
12	3.1506	0.4923	0.0035	2.9138	-0.7094	1.5683	0.072	-0.3995	-0.5971	-0.1596	-0.2296	-0.6141	0.2954	0.3139	0.1576	-0.1013	0.0297	0.0465	-0.0728	0.1087	0.0827	-1.9164	-3.3117	-22.3359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|34 - 193}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|194 - 319}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{B\|34 - 193}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|194 - 319}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{C\|34 - 193}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{C\|194 - 319}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{D\|34 - 193}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{D\|194 - 319}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{E\|34 - 193}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{E\|194 - 319}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{F\|34 - 193}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{F\|194 - 319}

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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