PDB-3zid: CetZ from Methanosaeta thermophila strain DSM 6194

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zid

タイトル

CetZ from Methanosaeta thermophila strain DSM 6194

要素

TUBULIN/FTSZ, GTPASE

キーワード

GTP-BINDING PROTEIN / TUBZ / PHUZ / CYTOSKELETON

機能・相同性

機能・相同性情報

cell division site / regulation of cell shape / cell division / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOSAETA THERMOPHILA (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Aylett, C.H.S. / Amos, L.A. / Lowe, J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Cetz Tubulin-Like Proteins Control Archaeal Cell Shape
著者: Duggin, I.G. / Aylett, C.H.S. / Walsh, J.C. / Michie, K.A. / Wang, Q. / Turnbull, L. / Dawson, E.M. / Harry, E.J. / Whitchurch, C.B. / Amos, A. / Lowe, J.

履歴

登録	2013年1月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月17日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2015年3月25日	Group: Database references
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zid.cif.gz	292.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zid.ent.gz	237.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3zid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/3zid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4b45C 4b46C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3v00-3 3v00-2 6n50-3 4z81-2 4rvz-d 3v00-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: TUBULIN/FTSZ, GTPASE

B: TUBULIN/FTSZ, GTPASE

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TUBULIN/FTSZ, GTPASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TUBULIN/FTSZ, GTPASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.547, 107.011, 76.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.42, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN B

#1: タンパク質	TUBULIN/FTSZ, GTPASE / CETZ 分子量: 42140.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-TERMINAL HEXA-HISTIDINE TAG / 由来: (組換発現) METHANOSAETA THERMOPHILA (古細菌) / 株: DSM 6194 / PT / 解説: DSM / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0B5R2
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.64 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 30% (V/V) 1,2 PROPANEDIOL, 20% (V/V) PEG-400, 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月6日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 45108 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 36.563 Å² / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: LOWER RESOLUTION STRUCTURE OF CETZ

解像度: 2→28.762 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.26 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	3704	5 %
R_work	0.1821	-	-
obs	0.1845	45065	77.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.762 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5531	0	56	185	5772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5663
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.211	7623
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.207	2158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	858
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	976

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0263	0.3549	136	0.318	2640	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0263-2.0541	0.3826	130	0.3193	2602	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0541-2.0834	0.3816	134	0.3144	2613	X-RAY DIFFRACTION	74
2.0834-2.1145	0.3344	129	0.3057	2467	X-RAY DIFFRACTION	70
2.1145-2.1475	0.3107	135	0.2779	2685	X-RAY DIFFRACTION	76
2.1475-2.1827	0.3322	127	0.2594	2751	X-RAY DIFFRACTION	79
2.1827-2.2204	0.2676	126	0.2513	2834	X-RAY DIFFRACTION	80
2.2204-2.2607	0.2842	128	0.2405	2739	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2607-2.3042	0.2722	154	0.2369	2757	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3042-2.3512	0.2837	175	0.2296	2783	X-RAY DIFFRACTION	79
2.3512-2.4023	0.3264	165	0.2313	2701	X-RAY DIFFRACTION	78
2.4023-2.4581	0.2546	143	0.2174	2725	X-RAY DIFFRACTION	77
2.4581-2.5196	0.2545	135	0.2056	2668	X-RAY DIFFRACTION	76
2.5196-2.5877	0.2411	114	0.1949	2471	X-RAY DIFFRACTION	70
2.5877-2.6638	0.2884	144	0.2029	2763	X-RAY DIFFRACTION	79
2.6638-2.7497	0.2411	148	0.1899	2850	X-RAY DIFFRACTION	81
2.7497-2.8479	0.253	133	0.1911	2821	X-RAY DIFFRACTION	80
2.8479-2.9618	0.2705	155	0.1932	2823	X-RAY DIFFRACTION	80
2.9618-3.0964	0.2575	149	0.1804	2726	X-RAY DIFFRACTION	79
3.0964-3.2595	0.2591	170	0.1802	2666	X-RAY DIFFRACTION	77
3.2595-3.4634	0.2	142	0.1723	2551	X-RAY DIFFRACTION	73
3.4634-3.7303	0.1848	135	0.1573	2904	X-RAY DIFFRACTION	82
3.7303-4.1047	0.2106	165	0.148	2824	X-RAY DIFFRACTION	81
4.1047-4.6964	0.1696	128	0.133	2793	X-RAY DIFFRACTION	80
4.6964-5.9085	0.1862	156	0.1684	2762	X-RAY DIFFRACTION	79
5.9085-28.765	0.1902	148	0.1518	2848	X-RAY DIFFRACTION	81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1751	-0.2889	-0.1103	0.7696	1.0757	2.9196	0.0436	0.0851	-0.0475	-0.2126	-0.0254	0.0319	-0.2415	-0.0221	-0.0162	0.1916	-0.0017	0.0064	0.1495	-0.0102	0.1866	19.158	-5.6451	-9.7933
2	1.7251	-0.0678	-0.4162	0.9605	-0.0619	1.5573	-0.2046	-0.2675	0.1581	0.0211	0.1393	0.0146	-0.1222	-0.2156	0.0278	0.1733	0.0571	-0.0346	0.1708	-0.0172	0.2018	9.5339	13.5203	27.5676

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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