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- PDB-3zi8: Structure of the R17A mutant of the Ralstonia soleanacerum lectin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zi8
タイトルStructure of the R17A mutant of the Ralstonia soleanacerum lectin at 1.5 Angstrom in complex with L-fucose
要素PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / MULTIVALENCY
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #190 / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / Putative fucose-binding lectin protein
類似検索 - 構成要素
生物種RALSTONIA SOLANACEARUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Arnaud, J. / Audfray, A. / Claudinon, J. / Trondle, K. / Trosvalet, M. / Thomas, A. / Varrot, A. / Romer, W. / Imberty, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Reduction of Lectin Valency Drastically Changes Glycolipid Dynamics in Membranes, But not Surface Avidity.
著者: Arnaud, J. / Claudinon, J. / Trondle, K. / Trovaslet, M. / Larson, G. / Thomas, A. / Varrot, A. / Romer, W. / Imberty, A. / Audfray, A.
履歴
登録2013年1月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / diffrn_detector / Item: _audit_author.name / _diffrn_detector.type
改定 2.02017年11月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9544
ポリマ－9,6471
非ポリマー3073
水1,892105
1
A: PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN
ヘテロ分子

A: PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN
ヘテロ分子

A: PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,86212
ポリマ－28,9423
非ポリマー9209
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area7010 Å2
ΔGint-29.1 kcal/mol
Surface area11780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.399, 72.399, 35.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2011-

HOH

21A-2015-

HOH

31A-2030-

HOH

41A-2043-

HOH

51A-2063-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE FUCOSE-BINDING LECTIN PROTEIN / LECTIN


分子量: 9647.446 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RALSTONIA SOLANACEARUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: D8NA05
#2: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FIRST METHIONINE CLEAVED. THE NUMBERING IS ACCORDING TO THE MATURE PROTEIN AND IS SHIFTED BY ONE ...FIRST METHIONINE CLEAVED. THE NUMBERING IS ACCORDING TO THE MATURE PROTEIN AND IS SHIFTED BY ONE COMPARED TO THE DEPOSITED ONE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 30MM MGCL2, 30MM CACL2, 100MM MES/IMIDAZOLE PH 6.5, 12.5 % OF MPD, PEG1K AND PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.984
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→36.2 Å / Num. obs: 17523 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BT9

2bt9


解像度: 1.5→36.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.97 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. DISORDERED SIDE CHAIN WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1656 892 5.1 %RANDOM
Rwork0.13357 ---
obs0.1351 16628 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.041 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.33 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数682 0 19 105 806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.8971054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84631516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.849598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.77424.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8481596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg2.892152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2410.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.2395
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2070.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0560.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1981.696380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.161.688379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4772.545476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.221.9381
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.53331421
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.038543
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.4851460
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 65 -
Rwork0.125 1215 -
obs--99.61 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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