PDB-3zhs: Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zhs

タイトル

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD, first post-decarboxylation intermediate from alpha-ketoglutarate

要素

MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

キーワード

OXIDOREDUCTASE / E1O / THIAMINE DIPHOSPHATE

機能・相同性

機能・相同性情報

2-hydroxy-3-oxoadipate synthase / 2-oxoglutarate decarboxylase / 2-oxoglutarate decarboxylase activity / 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase activity / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) / oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase activity / oxoglutarate dehydrogenase complex / thiamine pyrophosphate binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wagner, T. / Barilone, N. / Bellinzoni, M. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: A Dual Conformation of the Post-Decarboxylation Intermediate is Associated with Distinct Enzyme States in Mycobacterial Alpha-Ketoglutarate Decarboxylase (Kgd).
著者: Wagner, T. / Barilone, N. / Alzari, P.M. / Bellinzoni, M.

履歴

登録	2012年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zhs.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zhs.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zhs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zhs_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zhs_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	3zhs_validation.xml.gz	115.1 KB	表示
CIF形式データ	3zhs_validation.cif.gz	164.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zhqC 3zhrC 3zhtC 3zhuC 3zhvC 2yicS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r2d-1 3zht-2 6r2c-1 2yic-1 3zhv-1 2yic-2 6r2d-2 2xta-1 3zht-1 6kma-1 3zhr-1 3zhr-2 6r2c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (17) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (9) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

391 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

B: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

D: MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.846, 83.713, 159.940
Angle α, β, γ (deg.)	99.89, 99.03, 100.20
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.1868, 0.0613, 0.9805), (0.061, -0.9954, 0.0739), (0.9805, 0.0736, 0.1822)	45.6094, 4.1168, -38.0876
2	given	(-0.9374, -0.3482, -0.0084), (-0.3482, 0.9374, -0.0012), (0.0083, 0.0018, -1)	0.2065, 0.0902, 0.6676
3	given	(0.1613, 0.1268, -0.9787), (0.2931, -0.9531, -0.0752), (-0.9424, -0.2747, -0.1909)	46.2236, 4.1791, -37.7439

#1: タンパク質	MULTIFUNCTIONAL 2-OXOGLUTARATE METABOLISM ENZYME / 2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2- ...2-HYDROXY-3-OXOADIPATE SYNTHASE / HOA SYNTHASE / HOAS / 2-OXOGLUTARATE CARBOXY-LYASE / 2-OXOGLUTARATE DECARBOXYLASE / ALPHA-KETOGLUTARATE DECARBOXYLASE / KG DECARBOXYLASE / KGD / ALPHA-KETOGLUTARATE-GLYOXYLATE CARBOLIGASE / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / ODH E1 COMPONENT / ALPHA-KETOGLUTARATE DEHYDROGENASE E1 COMPONENT / KDH E1 COMPONENT / DIHYDROLIPOYLLYSINE-RESIDUE SUCCINYLTRANSFERASE COMPONENT OF 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX / 2-OXOGLUTARATE DEHYDROGENASE COMPLEX E2 COMPONENT / ODH E2 COMPONENT / OGDC-E2 / DIHYDROLIPOAMIDE SUCCINYLTRANSFERASE 分子量: 97166.648 Da / 分子数: 4 / 断片: SUCA-LIKE CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 361-1227 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2_155 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: A0R2B1, 2-hydroxy-3-oxoadipate synthase, 2-oxoglutarate decarboxylase, oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), dihydrolipoyllysine-residue succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-TD6 / (4S)-4-{3-[(4-amino-2-methylpyrimidin-5-yl)methyl]-5-(2-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}ethyl)-4-methyl-1,3lambda~5~-thiazol-2-yl}-4-hydroxybutanoic acid 分子量: 527.403 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₄O₁₀P₂S
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	N-TER FIRST GLYCINE RESIDUE IS A PURIFICATION TAG LEFTOVER (TEV CLEAVAGE SITE)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.6 / 詳細: 54% MPD, 22 MM NA ACETATE, pH 7.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) CHANNEL-CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.68 Å / Num. obs: 220133 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 30.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YIC

2yic

解像度: 2.1→30.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9218 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9001 / SU R Cruickshank DPI: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.196 / SU R_free Blow DPI: 0.163 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.168

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2283	10966	4.98 %	RANDOM
R_work	0.2004	-	-	-
obs	0.2018	220107	94.53 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.1573 Å²	-1.7465 Å²	1.5274 Å²
2-	-	5.6533 Å²	-0.7859 Å²
3-	-	-	0.5041 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25078	0	140	1040	26258

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	25723	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.01	34909	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		11834	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		646	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		3868	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		25723	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.37
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.64
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		3336	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		31641	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2521	828	5.06 %
R_work	0.2091	15542	-
all	0.2113	16370	-
obs	-	-	94.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4673	-0.2997	0.2184	1.159	-0.1607	0.7961	-0.0282	0.0563	0.0743	-0.0442	0.0722	0.3063	-0.0443	-0.0611	-0.0441	-0.128	0.0481	-0.0281	-0.106	0.0271	0.0615	-16.7071	15.178	-46.0789
2	0.4585	-0.134	0.1689	0.9604	-0.139	0.5354	-0.0202	-0.0529	-0.0839	0.3051	0.1009	0.0848	0.1684	0.0808	-0.0808	0.0909	0.1347	-0.0141	-0.1104	-0.0016	-0.108	6.2911	-15.3517	-19.6907
3	0.9306	0.0262	0.1863	1.173	0.1102	0.5986	0.0081	0.2345	-0.171	-0.2393	0.0607	0.0678	0.1638	0.1097	-0.0687	-0.0235	0.0444	-0.0433	-0.0669	-0.0873	-0.0955	4.7502	-15.3088	-61.6955
4	0.6411	-0.0226	-0.0425	1.1585	-0.2503	0.5786	-0.0408	-0.0098	0.1574	0.1435	0.0574	-0.2875	-0.0727	0.1673	-0.0166	-0.1334	0.0314	-0.0449	-0.0389	-0.075	0.0033	24.1676	18.355	-36.6708
5	0.3574	-0.1357	0.077	1.4449	0.1788	0.8515	-0.0369	-0.0886	0.2116	-0.1167	0.0822	-0.3478	-0.1584	0.044	-0.0453	-0.0264	0.0008	-0.0033	-0.1994	-0.0821	0.0353	10.0012	20.18	46.4234
6	0.4374	-0.0941	0.0863	1.0112	0.1247	0.6421	0.0689	0.0199	-0.0343	-0.4316	-0.0034	-0.0993	0.1187	-0.0368	-0.0654	0.2312	0.0037	0.0272	-0.2184	-0.0169	-0.1552	-0.4531	-16.7048	20.2967
7	1.0784	-0.2104	0.1958	1.2153	-0.2046	0.5627	-0.0476	-0.2644	-0.1187	0.1244	0.0961	-0.098	0.1661	-0.0704	-0.0485	-0.0104	0.0448	-0.0408	-0.0689	0.0351	-0.1264	0.3979	-16.4763	62.0773
8	0.7151	-0.2871	-0.0766	1.225	0.1927	0.7137	0.0128	-0.0309	0.0365	-0.2485	0.0073	0.331	-0.0641	-0.2118	-0.0201	-0.0276	0.0252	-0.0899	-0.0978	0.0236	-0.0664	-29.0573	8.5666	37.0801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 365-810
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 831-1227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND RESID 365-810
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND RESID 831-1227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND RESID 367-810
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND RESID 831-1227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN D AND RESID 366-810
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND RESID 831-1227

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