PDB-3zhp: Human MST3 (STK24) in complex with MO25beta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3zhp

タイトル

Human MST3 (STK24) in complex with MO25beta

要素

CALCIUM-BINDING PROTEIN 39-LIKE
SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24

キーワード

CELL CYCLE / MO25

機能・相同性

機能・相同性情報

Apoptotic execution phase / FAR/SIN/STRIPAK complex / regulation of axon regeneration / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / serine/threonine protein kinase complex / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / execution phase of apoptosis / Apoptotic cleavage of cellular proteins / negative regulation of cell migration / cellular response to starvation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Elkins, J.M. / Szklarz, M. / Krojer, T. / Mehellou, Y. / Alessi, D.R. / Chaikaud, A. / von Delft, F. / Bountra, C. / Edwards, A. / Knapp, S.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Structural Insights Into the Activation of Mst3 by Mo25.
著者: Mehellou, Y. / Alessi, D.R. / Macartney, T.J. / Szklarz, M. / Knapp, S. / Elkins, J.M.

履歴

登録	2012年12月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年4月17日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月16日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3zhp.cif.gz	456.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3zhp.ent.gz	379.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3zhp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3zhp_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3zhp_full_validation.pdf.gz	493.1 KB	表示
XML形式データ	3zhp_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	3zhp_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zh/3zhp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1upkS 2wtkS 3ckwS 3gniS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6leb-d 4o27-d 5kiy-d 4c2g-d 4hy1-d 3o8l-1 4omt-d 4f5t-d 4c2c-d 4py9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CALCIUM-BINDING PROTEIN 39-LIKE

B: CALCIUM-BINDING PROTEIN 39-LIKE

C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24

ヘテロ分子

146 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CALCIUM-BINDING PROTEIN 39-LIKE

D: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CALCIUM-BINDING PROTEIN 39-LIKE

C: SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.800, 120.340, 98.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.24846, 0.96801, 0.03509), (0.96864, -0.24827, -0.00978), (-0.00076, 0.03642, -0.99934)	51.2346, -49.251, 56.81429
2	given	(0.27547, 0.95793, 0.08058), (0.9598, -0.27876, 0.0327), (0.05378, 0.06834, -0.99621)	34.00862, -64.12675, 54.89547

#1: タンパク質	CALCIUM-BINDING PROTEIN 39-LIKE / ANTIGEN MLAA-34 / MO25BETA / MO25-LIKE PROTEIN 分子量: 39279.562 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 5-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9S4
#2: タンパク質	SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24 / MAMMALIAN STE20-LIKE PROTEIN KINASE 3 / MST-3 / STE20-LIKE KINASE MST3 / SERINE/THREONINE-PROTEIN ...MAMMALIAN STE20-LIKE PROTEIN KINASE 3 / MST-3 / STE20-LIKE KINASE MST3 / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24 36 KDA SUBUNIT / MAMMALIAN STE20-LIKE PROTEIN KINASE 3 N-TERMINAL / MST3/N / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 24 12 KDA SUBUNIT / MAMMALIAN STE20-LIKE PROTEIN KINASE 3 C-TERMINAL / MST3/C 分子量: 33303.047 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 19-289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9Y6E0, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.15 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 0.2M NA/KPO4, 10% PEG 3350, 10% ETHYLENE GLYCOL, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器	日付: 2011年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→63.88 Å / Num. obs: 32108 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 69.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.2	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3CKW 3GNI 1UPK 2WTK

解像度: 2.9→51.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.383
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2612	1627	5.07 %	RANDOM
R_work	0.2267	-	-	-
obs	0.2284	32082	96.54 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8757 Å²	0 Å²	-28.3452 Å²
2-	-	-15.1949 Å²	0 Å²
3-	-	-	16.0706 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.771 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→51.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8787	0	20	0	8807

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	8971	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.99	12223	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4087	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		206	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1305	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8971	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.92
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1272	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10473	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2912	141	4.74 %
R_work	0.2987	2834	-
all	0.2984	2975	-
obs	-	-	96.54 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1786	4.4165	5.8394	6.6738	5.0353	8.0605	0.072	0.2536	0.0327	0.0172	0.1078	0.1674	-0.0484	-0.2229	-0.1799	0.4654	-0.2459	-0.2952	0.4692	-0.3503	0.312	7.3841	-66.8731	41.3905
2	7.2446	0.7483	2.8282	4.087	1.4023	4.4296	0.4251	0.9277	-0.9993	-0.263	-0.1968	-0.3399	0.3223	0.1532	-0.2283	-0.0565	0.065	-0.1189	-0.335	-0.2302	-0.0472	30.5086	-56.0918	62.8369
3	0.8149	2.8766	0.9515	4.4456	-0.4024	10.8728	-0.013	-0.3273	0.1731	-0.0474	0.0132	0.1622	-0.3176	-0.2003	-0.0002	-0.1923	-0.0798	-0.2342	-0.3259	-0.1607	0.2677	43.1109	-36.5427	82.249
4	8.0433	-1.1741	-0.5035	4.1395	-3.4247	7.8616	0.0252	-0.2226	-0.1479	0.1544	0.0563	0.1754	0.0818	-0.2125	-0.0815	0.1441	-0.153	0.0747	0.605	-0.0001	0.3079	-10.144	-26.2854	12.95
5	5.838	1.9316	0.5492	4.8092	-0.1078	2.5343	-0.667	0.0541	0.8659	-0.6198	0.0824	0.717	-0.5421	-0.5088	0.5846	-0.2132	0.1323	-0.2732	-0.2691	-0.2858	0.1106	6.6812	-6.6528	-7.8067
6	7.4057	3.1039	-1.3878	1.7435	2.9872	7.9699	-0.0122	0.1973	0.0009	-0.0949	0.0076	-0.0874	0.0225	0.0141	0.0047	0.2982	-0.1613	-0.0327	0.3189	0.1707	0.157	29.8618	0.1212	-26.0943
7	5.3765	0.3627	0.7114	8.0373	1.9096	3.0164	0.0476	-0.9869	0.4808	0.2657	-0.1482	-0.4328	-0.0042	-0.1054	0.1005	-0.3004	0.039	-0.1886	-0.0839	-0.2318	0.0526	26.0002	-18.7487	6.7718
8	3.7684	0.185	0.6936	6.8548	-0.1121	6.2859	0.3419	-0.3782	-0.7746	0.0875	-0.5045	-0.4153	0.6305	0.5329	0.1626	-0.3514	0.048	-0.147	-0.3079	0.071	0.1104	24.7638	-39.967	-1.9363
9	3.4674	-2.5101	1.1561	7.9367	-4.6497	5.0329	0.0395	0.9299	0.1952	-0.5755	-0.4487	0.0182	-0.4441	0.049	0.4091	0.5621	0.0263	-0.0281	0.3418	0.0137	-0.3794	23.6293	-33.8193	48.0678
10	7.5737	-3.8403	1.9489	4.1652	-0.8383	5.9462	0.0964	0.7438	-0.2924	-0.4502	-0.1168	1.0274	-0.5667	-0.7934	0.0205	-0.0097	0.2546	-0.3275	0.1172	0.0694	0.0745	2.5545	-29.2143	55.4019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|13 - A\|79 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|80 - A\|295 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|296 - A\|333 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ B\|13 - B\|79 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ B\|80 - B\|295 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|296 - B\|332 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ C\|33 - C\|113 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ C\|114 - C\|288 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ D\|33 - D\|113 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ D\|114 - D\|289 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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