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- PDB-3zhd: The crystal structure of single domain antibody 8-4 scaffold. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zhd
タイトルThe crystal structure of single domain antibody 8-4 scaffold.
要素MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
キーワードIMMUNE SYSTEM / SINGLE DOMAIN ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy variable 3-23
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.962 Å
データ登録者Song, H.-N. / Woo, E.-J. / Lim, H.-K.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Directed Evolution of Human Heavy Chain Variable Domain (Vh) Using in Vivo Protein Fitness Filter.
著者: Kim, D. / Song, H. / Nam, H.J. / Kim, S. / Park, Y. / Park, J. / Woo, E. / Lim, H.
履歴
登録2012年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Structure summary
改定 1.22014年7月16日Group: Atomic model / Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
B: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5283
ポリマ－27,4322
非ポリマー961
水5,098283
1
A: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
B: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
ヘテロ分子

A: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
B: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
ヘテロ分子

A: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
B: MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,5859
ポリマ－82,2976
非ポリマー2883
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area7860 Å2
ΔGint-56.9 kcal/mol
Surface area28900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.079, 87.079, 55.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2037-

HOH

21A-2053-

HOH

31B-2002-

HOH

41B-2013-

HOH

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要素

#1: 抗体 MG8-4 SCAFFOLD ANTIBODY


分子量: 13716.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HUMAN HEAVY CHAIN DOMAIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01764*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.6
詳細: 27% PEG4000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.5418
検出器日付: 2012年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→50 Å / Num. obs: 17772 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 15.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 48.4
反射 シェル解像度: 1.96→1.99 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 10.8 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.962→34.312 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2311 903 5.1 %
Rwork0.1779 --
obs0.1806 17770 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.139 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2655 Å20 Å20 Å2
2---0.2655 Å20 Å2
3---0.531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.962→34.312 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1778 0 5 283 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2662476
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.505638
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9622-2.08520.25021480.17712759X-RAY DIFFRACTION100
2.0852-2.24610.22661640.16812774X-RAY DIFFRACTION100
2.2461-2.47210.23091510.16932783X-RAY DIFFRACTION100
2.4721-2.82970.25351540.18422773X-RAY DIFFRACTION100
2.8297-3.56450.22071430.17472846X-RAY DIFFRACTION100
3.5645-34.31720.22311430.18472932X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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