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- PDB-3zha: Molecular basis for the action of the collagen-specific chaperone... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zha
タイトルMolecular basis for the action of the collagen-specific chaperone Hsp47 SERPINH1 and its structure-specific client recognition.
要素
  • COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
  • HSP47
キーワードCHAPERONE / COLLAGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


Collagen biosynthesis and modifying enzymes / negative regulation of endopeptidase activity / collagen trimer / collagen fibril organization / collagen binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endoplasmic reticulum / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin H1 / Serpin H1, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family ...Serpin H1 / Serpin H1, serpin domain / Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Serpin H1 / Collagen-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Widmer, C. / Gebauer, J.M. / Baumann, U.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Molecular Basis for the Action of the Collagen-Specific Chaperone Hsp47/Serpinh1 and its Structure-Specific Client Recognition.
著者: Widmer, C. / Gebauer, J.M. / Brunstein, E. / Rosenbaum, S. / Zaucke, F. / Drogemuller, C. / Leeb, T. / Baumann, U.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2013年1月9日ID: 4AWR
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HSP47
B: HSP47
C: HSP47
D: HSP47
E: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
F: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
G: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
H: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
I: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
J: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
K: HSP47
L: HSP47
M: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
N: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
O: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
P: HSP47
Q: HSP47
R: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
S: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
T: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)373,54125
ポリマ－372,95120
非ポリマー5905
水3,999222
1
A: HSP47
B: HSP47
E: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
F: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
G: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3566
ポリマ－93,2385
非ポリマー1181
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7660 Å2
ΔGint-52.6 kcal/mol
Surface area32380 Å2
手法PISA
2
P: HSP47
Q: HSP47
R: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
S: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
T: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,4747
ポリマ－93,2385
非ポリマー2362
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-44.3 kcal/mol
Surface area32760 Å2
手法PISA
3
C: HSP47
D: HSP47
H: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
I: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
J: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3566
ポリマ－93,2385
非ポリマー1181
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-46.7 kcal/mol
Surface area32620 Å2
手法PISA
4
K: HSP47
L: HSP47
M: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
N: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
O: COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3566
ポリマ－93,2385
非ポリマー1181
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7570 Å2
ΔGint-44.1 kcal/mol
Surface area32840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.709, 104.905, 171.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.71, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質
HSP47 / SERPIN PEPTIDASE INHIBITOR / CLADE H (HEAT SHOCK PROTEIN 47) / MEMBER 1 / COLLAGEN BINDING PROTEIN 1


分子量: 44283.680 Da / 分子数: 8 / 断片: RESIDUES 36-418 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CANIS LUPUS FAMILIARIS (イヌ) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: C7C419, UniProt: E2RHY7*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
COLLAGEN MODEL PEPTIDE 18-T8R11


分子量: 1556.765 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ACETYL GROUP (ACE): ACETYLATED AMINO TERMINUS
配列の詳細DISORDERED SIDE CHAINS MODELLED AS ALA,GLY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 113422 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 51.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 1.08 / Mean I/σ(I) obs: 0.94 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AU2

4au2


解像度: 2.55→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9451 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9315 / SU R Cruickshank DPI: 0.672 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.567 / SU Rfree Blow DPI: 0.251 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.261
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1780 1.57 %RANDOM
Rwork0.1952 ---
obs0.1956 113420 98.03 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1093 Å20 Å20.0861 Å2
2--6.2526 Å20 Å2
3----6.1433 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.387 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24641 0 40 222 24903
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00925257HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1434132HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d8749SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes539HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3651HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it25257HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3172SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact27360SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.62 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 132 1.66 %
Rwork0.2414 7797 -
all0.2414 7929 -
obs--98.03 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined4.0630.58470.65284.388-0.79571.8355-0.35290.4677-0.1398-0.77150.30070.8730.1598-0.2230.05210.1583-0.0926-0.17090.1797-0.02260.1867-62.2493-130.681-190.3748
2refined2.20340.42220.54562.83990.52161.1893-0.14790.02850.0788-0.3560.06660.3972-0.1743-0.08810.08140.08650.001-0.09540.09560.01110.0893-49.59-116.942-183.2844
3refined4.94090.61280.19282.09930.78034.08120.043-0.77260.14260.20380.0469-0.2532-0.09410.7152-0.08990.0831-0.0358-0.00980.3865-0.09740.1393-8.3084-88.5114-138.6249
4refined1.66650.3452-0.26881.36310.97231.92540.0851-0.27390.06880.23120.0077-0.04110.08130.1669-0.09280.04640.0035-0.0220.2-0.01130.1118-22.718-95.7892-149.6945
5refined2.1477-0.55870.23264.4036-0.16521.2860.14690.147-0.3262-0.7688-0.13661.37410.044-0.3791-0.01030.29990.0539-0.31850.2582-0.13010.7501-82.495-119.688-106.7578
6refined-70.9271-106.052-101.1136
7refined1.9254-0.6382-0.06583.42030.09360.4236-0.02030.1439-0.1498-0.4826-0.02520.6367-0.134-0.15740.04550.20120.0327-0.12530.171-0.06520.2657-63.3599-102.335-100.077
8refined2.58860.48210.24734.48490.95581.95850.13990.13650.0603-0.5502-0.1332-0.1325-0.08980.0606-0.00680.18590.0737-0.08470.1252-0.01310.1894-34.0897-83.7474-50.8359
9refined2.61630.6198-1.00650.81540.17333.06670.0853-0.763-0.46150.3335-0.10750.03060.09640.64920.02230.3074-0.0332-0.01060.53640.06420.1963-22.9785-71.4065-60.2727
10refined4.49030.58380.04042.484-1.74725.14310.0038-0.25010.82560.22330.1255-0.2992-0.7150.8821-0.12930.2154-0.193-0.02370.4571-0.07040.1983-42.9291-84.6834-66.5053
11refined1.41510.36760.04121.29411.24342.63020.0658-0.2984-0.01610.2870.0088-0.02810.0010.1999-0.07450.18460.0040.00190.22890.03260.1679-45.1472-89.6458-72.3473
12refined4.95071.31452.23710.40591.912.33190.0588-0.028-0.3479-0.02360.1314-0.27170.20230.3579-0.19010.16280.0090.03340.2509-0.00490.2088-32.4376-105.918-172.4381
13refined-0.71052.0441.99261.75750.71283.3299-0.0821-0.13820.2705-0.47660.1517-0.2438-0.28630.0292-0.06960.1604-0.08670.00390.189-0.06630.2451-32.5374-103.628-172.8526
14refined2.24223.4393.1073.8221-0.63131.4099-0.00390.3615-0.2873-0.2075-0.03720.3296-0.2799-0.08720.04110.1381-0.0765-0.08110.24250.06090.0824-32.4012-103.009-170.1585
15refined1.25982.79010.67071.28610.92952.63490.0486-0.0376-0.19970.0962-0.0890.2692-0.2511-0.09180.04040.1123-0.023-0.00880.2305-0.00940.1547-52.7494-94.7752-89.2739
16refined1.88892.70781.59450.8047-1.9392.09480.1926-0.0270.258-0.16670.0209-0.1056-0.1457-0.0341-0.21350.098-0.0535-0.00770.2067-0.06390.2356-52.8905-92.4957-89.7846
17refined1.81940.83992.01514.4217-0.92820.8749-0.03710.0475-0.1483-0.03120.05990.0189-0.33520.0282-0.02280.0705-0.0537-0.07680.0935-0.0660.104-52.7448-91.8842-87.0401
18refined0.20123.9970.78321.74431.32.55750.1662-0.2493-0.1948-0.1622-0.07920.2731-0.1821-0.016-0.0870.1350.03380.00760.17360.02130.2203-14.0818-28.91-192.4508
19refined4.1250.2354-0.54282.97531.5471.7501-0.12390.21760.2872-0.43970.3536-0.4947-0.27470.363-0.22970.0957-0.06910.11330.2146-0.03670.1379-25.4708-44.4088-188.0899
20refined2.72330.478-0.50911.70610.50480.99960.00180.0556-0.0515-0.11580.0723-0.29310.09690.2901-0.07410.06540.02010.04660.1630.00080.0114-33.2838-47.3335-186.6671
21refined5.93421.33580.84612.8188-0.13823.1892-0.0709-0.05610.098-0.10930.11490.10850.09280.0443-0.0440.0201-0.00640.08250.0436-0.0187-0.055-58.8715-72.6492-136.7256
22refined4.18240.71781.15553.2751-0.20072.36490.4231-1.3346-0.18110.73-0.22610.40850.1943-0.7898-0.1970.1831-0.13910.06540.61770.0934-0.0209-50.5441-68.5052-156.7351
23refined2.4417-0.26610.32740.994-0.91862.09950.1699-0.1333-0.1066-0.0708-0.0574-0.02290.24350.0509-0.11250.1183-0.0195-0.020.1620.00720.1085-48.3556-69.9823-148.1158
24refined3.76910.53110.75121.6514-0.83362.5280.2655-0.7969-0.22380.3172-0.1576-0.10340.108-0.1441-0.10790.0921-0.028-0.02430.24330.0325-0.0073-41.4046-56.0352-175.3843
25refined-0.22641.9247-0.0321.8256-0.41014.06560.0214-0.15620.0867-0.10780.01220.18730.23480.3443-0.03360.0742-0.01080.07420.12740.03170.0256-40.1008-59.2391-175.621
26refined2.4658-1.9115-5.2092.1141.52751.2735-0.0495-0.04150.004-0.0118-0.1016-0.28140.53960.26790.15110.11020.06820.03050.1777-0.02740.121-38.7837-61.1214-173.309
27refined-1.65493.21773.95491.1563-3.49893.8035-0.04530.1301-0.5590.2309-0.0114-0.29990.33820.42290.05670.06960.07930.12190.21880.00120.0905-34.0047-19.2057-114.1034
28refined6.18211.552-2.32635.21850.40112.88750.00171.02590.1823-0.91610.2428-1.1054-0.20280.0264-0.24460.26080.01150.20290.3994-0.04770.4255-43.375-30.0092-102.6862
29refined2.96971.10960.08372.61070.28071.0732-0.0765-0.0447-0.2194-0.15860.1228-0.55720.19720.249-0.04630.16950.08630.03960.17880.01350.3203-47.7036-30.1518-103.8248
30refined5.3111.5837-0.75473.6197-0.11211.16490.05720.10240.1471-0.18060.1042-0.30730.13120.0731-0.16140.22570.04970.03270.21460.02530.2175-78.3255-61.773-53.0769
31refined3.76840.0031.33152.68120.58972.72030.1398-1.0953-0.12880.2397-0.05670.28210.2024-0.5402-0.08320.1749-0.03410.08390.40220.04350.0704-68.3358-55.7415-72.4899
32refined2.131-0.2740.39311.5387-1.21161.96530.0318-0.20280.12880.1019-0.0814-0.05570.08730.10060.04970.21790.0195-0.01250.1479-0.04980.2315-71.5505-62.3723-63.7335
33refined2.49820.57590.30291.0545-1.03312.51630.1359-0.4901-0.30350.2632-0.03110.03310.1449-0.2292-0.10480.26130.00760.02440.20940.03460.222-61.5558-44.9316-92.4497
34refined-0.0831.5681-0.45693.3670.71495.1410.06460.03670.1682-0.25350.0190.04630.06970.1712-0.08360.0837-0.08940.01650.21040.11180.1965-61.58-47.3535-93.1854
35refined1.98842.1314-2.94810.54080.27060.5423-0.0854-0.14190.1068-0.0105-0.07870.10750.10580.16510.16410.1660.01470.01480.28510.05150.1539-60.1827-49.0528-90.3957
36-1.9214.00933.42311.8565-3.50824.21470.1526-0.0915-0.1029-0.1238-0.0894-0.02630.0540.2106-0.06320.22070.05280.08940.2640.08560.1834
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 35-186
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 187-416
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 35-204
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 205-365
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND RESID 36-195
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESID 196-366
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND RESID 367-414
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND RESID 35-120
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND RESID 126-203
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN D AND RESID 204-364
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN D AND RESID 365-412
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN E AND RESID 0-17
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN F AND RESID 0-16
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN G AND RESID 0-15
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN H AND RESID 0-17
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN I AND RESID 1-16
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN J AND RESID 0-15
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN K AND RESID 35-207
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN K AND RESID 208-366
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN K AND RESID 367-414
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN L AND RESID 35-166
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN L AND RESID 167-276
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN L AND RESID 277-414
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN M AND RESID 1-17
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN N AND RESID 1-17
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN O AND RESID 1-17
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN P AND RESID 37-158
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN P AND RESID 159-339
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN P AND RESID 340- 414
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN Q AND RESID 35-165
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN Q AND RESID 166-311
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN Q AND RESID 312-411
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN R AND RESID 0-16
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN S AND RESID 0-16
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN T AND RESID 0-16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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