[日本語] English
万見
- PDB-3zh7: The structure of crystal form II of Haemophilus influenzae protein E -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zh7
タイトルThe structure of crystal form II of Haemophilus influenzae protein E
要素(PROTEIN E) x 2
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Surface-adhesin protein E, Pasteurellaceae / Surface-adhesin protein E-like / Surface-adhesin protein E / Surface-adhesin protein E / Surface-adhesin protein E / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Surface-adhesin protein E
類似検索 - 構成要素
生物種HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Singh, B. / Al-Jubair, T. / Riesbeck, K. / Thunnissen, M.M.G.M.
引用ジャーナル: Infect.Immun. / 年: 2013
タイトル: The Unique Structure of Haemophilus Influenzae Protein E Reveals Multiple Binding Sites for Host Factors.
著者: Singh, B. / Al-Jubair, T. / Morgelin, M. / Thunnissen, M.M. / Riesbeck, K.
履歴
登録2012年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references / Other
改定 2.02018年1月17日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEIN E
B: PROTEIN E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7064
ポリマ－29,5822
非ポリマー1242
水84747
1
A: PROTEIN E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7822
ポリマ－14,7201
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9242
ポリマ－14,8621
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.670, 42.490, 56.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.2825, -0.2293, -0.9315), (-0.1995, -0.9638, 0.1768), (-0.9383, 0.1359, -0.318)
ベクター: 14.9717, -23.3283, 26.0555)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN E


分子量: 14719.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4F5U7, UniProt: P43961*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN E


分子量: 14861.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4F5U7
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.7 %
解説: STRUCTURE WAS SOLVED WITH STRUCTURE FROM OTHER CRYSTAL FORM OF PE.
結晶化詳細: 100 MM BISTRIS PROPANE PH 6.5, 200 MM NAI AND 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月30日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29 Å / Num. obs: 12867 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.49 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.94
反射 シェル最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.102→28.298 Å / SU ML: 0.57 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2584 671 5 %
Rwork0.2007 --
obs0.2035 13338 96.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.955 Å2 / ksol: 0.439 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.034 Å20 Å2-8.6236 Å2
2---6.9686 Å20 Å2
3---8.0025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→28.298 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2090 0 8 47 2145
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072152
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0292923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.474793
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1018-2.2640.32791250.27262161X-RAY DIFFRACTION84
2.264-2.49180.25781240.23592619X-RAY DIFFRACTION100
2.4918-2.8520.30081380.22422590X-RAY DIFFRACTION100
2.852-3.59210.25441390.18582626X-RAY DIFFRACTION100
3.5921-28.30030.23381450.18072671X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.41040.39972.2423.42411.3744.0684-0.1280.32590.5174-0.11430.00950.7633-0.2407-0.58850.11330.3503-0.0348-0.04240.31590.1520.4482-8.0862-2.56.085
28.47370.8619-2.26952.405-0.95972.9266-0.0624-0.1362-0.07840.24360.21940.55660.0446-0.438-0.12140.2595-0.0038-0.01790.26390.06150.3581-10.6743-10.556213.3913
32.1808-2.67052.93747.3301-0.00596.8381-0.09810.3168-0.0061-1.22890.0870.2126-0.0553-0.0907-0.06890.3298-0.0321-0.060.2866-0.02120.2780.7354-8.7562-0.1201
43.436-0.10480.84413.04521.09197.5673-0.1015-0.63130.21860.4424-0.0107-0.10690.20.1806-0.07670.22970.0221-0.06610.26160.00380.37338.0471-17.054731.8447
53.9899-1.1885-1.74044.13921.06943.5261-0.0991-0.9710.35760.54540.06440.2654-0.4062-0.31550.01460.35070.08380.06960.4512-0.10440.3040.1021-6.702335.9192
63.33840.1216-2.27122.7394-0.44366.55210.0317-0.14720.32350.048-0.04450.3156-0.7537-0.2370.00690.28310.0182-0.07270.2568-0.02940.28374.1978-8.680726.2139
78.91522.97230.33291.8230.35647.6046-0.26510.31550.05920.05410.4139-0.02340.33581.0141-0.31970.34150.0282-0.14470.36730.04710.384617.7708-16.602224.4148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 27:64)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 65:129)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 130:153)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESSEQ 26:64)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESSEQ 65:89)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESSEQ 90:133)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESSEQ 134:156)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る